http://mp.weixin.qq.com/s/pTHHqxuf0y1MCCCBaZjt9A
十一之前，出了一期畫圖專輯：好色之旅-畫圖三字經(jīng)簡(jiǎn)潔明快地總結(jié)了生信寶典推出的一系列畫圖相關(guān)文章灯荧，包括多種形式的熱圖萌丈、線圖评腺、柱狀圖切蟋、箱線圖忱辅、泡泡圖、韋恩圖霉囚、進(jìn)化樹捕仔、火山圖、生存分析等(點(diǎn)上面的鏈接還有美女相贈(zèng))盈罐，這些都是基于R代碼或簡(jiǎn)便封裝的R腳本榜跌，便于學(xué)習(xí)和使用。另外還有Cytoscape和其它作圖工具以及圖形排版的介紹盅粪，是在家作圖钓葫、出門收藏的必備良品。
代碼很簡(jiǎn)單湾揽，封裝很方便瓤逼，但在使用時(shí)還是有不少朋友遇到不少問題，那么有沒有辦法不寫代碼就可以直接出圖库物，并且既簡(jiǎn)單易用霸旗，又可定制，還能得到矢量圖戚揭。
神器來(lái)了诱告，生信寶典團(tuán)隊(duì)開發(fā)的在線繪圖工具E Chart(也請(qǐng)大家給起個(gè)名字)開始面向公測(cè)了，有問題或新增功能或用著不習(xí)慣的地方還請(qǐng)反饋民晒。
圖形支持
設(shè)計(jì)有生信分析常見的14種圖精居，都已實(shí)現(xiàn)。(公測(cè)潜必，無(wú)需注冊(cè))
[圖片上傳失敗...(image-cdc130-1513343156909)]
整體界面
初進(jìn)入是網(wǎng)站展示和圖形Demo界面靴姿。輪播圖中貼心地提供了R中支持的顏色的名字和代碼，方便繪圖時(shí)查詢使用磁滚，用戶可點(diǎn)擊右上角按鈕全屏查看佛吓。下方每個(gè)Demo圖點(diǎn)擊都可進(jìn)入相應(yīng)繪圖頁(yè)面。
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數(shù)據(jù)格式
輸入數(shù)據(jù)格式根據(jù)繪圖需要支持兩種格式垂攘，Wide format和Long format维雇。
Wide format每一列為一個(gè)變量，更像常見的基因表達(dá)數(shù)據(jù)晒他，比如每一行為一個(gè)基因吱型，每一列為一個(gè)樣品，適合于中規(guī)中矩的矩陣陨仅，可讀性好津滞。
Long format最簡(jiǎn)單的格式是兩列，一列包含所有變量類型灼伤，如前面提到的樣品据沈，一列包含所有值。常見的基因表達(dá)矩陣從Wide format轉(zhuǎn)換為Long format后有三列饺蔑，一列為GeneID, 一列為樣品名字锌介，再一列 (通常為value)為基因表達(dá)值，表示對(duì)應(yīng)基因在對(duì)應(yīng)樣品的表達(dá)量猾警。這種格式方便程序處理孔祸，也適合不規(guī)則數(shù)據(jù)。
初使用此網(wǎng)站對(duì)輸入數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)不熟悉的用戶发皿，可以試用給出的默認(rèn)輸入數(shù)據(jù)崔慧，并仿照其格式編輯自己的數(shù)據(jù)。注意表格類輸入數(shù)據(jù)要以tab分割穴墅。
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繪圖布局
繪圖頁(yè)面布局參照下圖惶室，提供數(shù)據(jù)和必選參數(shù)就可提交了温自。如果想更多調(diào)整布局和增加元素，可在對(duì)應(yīng)版塊針對(duì)性修改皇钞。成功繪出的圖片會(huì)顯示在頁(yè)面下方悼泌，并提供下載功能。繪制完后夹界，可繼續(xù)調(diào)整參數(shù)馆里，以使圖滿足需要。
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線圖
線圖支持2種輸入格式可柿，基因表達(dá)趨勢(shì)圖使用常見的Wide format鸠踪，只是樣品為行，基因?yàn)?strong>列复斥，在Excel中可以很輕松轉(zhuǎn)置营密；如果有需要，后期也會(huì)提供在線處理功能目锭。
Wide format沒有必填的參數(shù)卵贱，輸入數(shù)據(jù)后，直接點(diǎn)擊Plot就可以出圖了侣集。
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再?gòu)?fù)雜一點(diǎn)键俱，增加標(biāo)題、X-軸世分、Y-軸標(biāo)題编振，調(diào)整圖例位置和X軸旋轉(zhuǎn)，就得到了右邊的圖臭埋。(黃色字體為對(duì)應(yīng)參數(shù)踪央，綠色文字為參數(shù)設(shè)置的值)
[圖片上傳失敗...(image-e970c7-1513343156909)]
線圖還支持長(zhǎng)表格格式，需要特別注意的是value列是必須的瓢阴，而且列的名字必須是value畅蹂。這種格式下有必填項(xiàng)需要指定哪一列作為X軸X-axis variable和哪一列做分組信息 (圖例信息)Legend variable，同時(shí)需要指定X軸是數(shù)值類型Continuous還是字符串類型Discrete (數(shù)字可以做為數(shù)值處理荣恐，也可以作為字符串處理液斜，根據(jù)圖形意義的需要來(lái)選擇)。然后就可以點(diǎn)擊Plot出圖了叠穆。
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這個(gè)圖還可以繼續(xù)美化少漆，比如增加垂線標(biāo)記啟動(dòng)子區(qū)域，橫軸改為生物含義的標(biāo)示硼被，線可在不違反趨勢(shì)的條件下更圓潤(rùn)一些示损，更改線的顏色和排列順序等。注意使用到的符號(hào)為英文符號(hào)嚷硫，顏色可以是名字 (見首頁(yè)顏色表)检访，也可以是顏色代碼 (顏色參數(shù)旁邊有個(gè)調(diào)色板始鱼，可獲取顏色代碼，寫入顏色設(shè)置框中)脆贵。
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富集分析泡泡圖
富集分析泡泡圖只需要輸入Long format的輸入格式医清，也是之前推薦的富集分析工具去東方，最好用的在線GO富集分析工具和GO丹禀、GSEA富集分析一網(wǎng)打進(jìn)直接輸出的格式状勤。
輸入數(shù)據(jù)后鞋怀，必須填入的參數(shù)為X-軸類型双泪，X-軸信息所在列名字，Y-軸信息所在列名字密似，點(diǎn)的顏色變量和大小變量焙矛，具體見下圖標(biāo)識(shí) (黃色字體為對(duì)應(yīng)參數(shù)，綠色為參數(shù)設(shè)置的值)或按網(wǎng)頁(yè)提示填寫即可残腌，直接點(diǎn)擊Plot就可以出圖了村斟。
若只有一組數(shù)據(jù)，X-axis variable一般選擇GeneRatio (continuous variable)抛猫；若有多組數(shù)據(jù)蟆盹，X-axis一般選擇SampleGroup (用于標(biāo)識(shí)分組的列)。
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這是另外一種情況闺金，同時(shí)用上了GeneRatio作為X-axis variable逾滥，SampleGroup作為Shape variable，并且改變了點(diǎn)的顏色等败匹。
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熱圖
熱圖的輸入數(shù)據(jù)主要包括Data matrix (wide format)和Annotation matrix兩部分(注釋不是必須的)寨昙。
最簡(jiǎn)單情況下，只需要輸入數(shù)據(jù)矩陣掀亩，點(diǎn)擊Plot就可以出圖了舔哪。
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還可以選擇是否需要按行或列聚類，X-軸標(biāo)記傾斜角度槽棍，是否進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和更改顏色捉蚤。
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顏色設(shè)置有多種方式，可以提供兩個(gè)邊界顏色 (white,blue (colortype設(shè)置為continuous炼七，表示最小值為白色外里，最大值為藍(lán)色，生成一系列的色階))特石；如果只有有限的數(shù)盅蝗，想單獨(dú)賦給顏色，可以選擇colortype為Discrete姆蘸。
另外一個(gè)重要功能是添加注釋和更改注釋項(xiàng)的顏色墩莫，添加注釋比較簡(jiǎn)單芙委，如果是行注釋，那么文件的第一列與Data matrix的第一列內(nèi)容一致狂秦；如果是列注釋灌侣，文件第一列與Data matrix的第一行內(nèi)容一致，其它的列根據(jù)分組信息自由標(biāo)記就好裂问。系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)給注釋賦值顏色侧啼，通常都是足夠使用的。
如果想自定義顏色堪簿，就復(fù)雜一些了痊乾，按圖中的示例，連續(xù)型變量Count需要賦值一個(gè)顏色向量椭更，表示對(duì)Count列的值從小到大顏色賦值為white到red哪审。離散型變量Type，則需要對(duì)每個(gè)值分別指定顏色虑瀑。Type和Count都是注釋矩陣中的列名字湿滓，需要根據(jù)需要修改。如果是離散變量舌狗，每個(gè)值也需要修改叽奥。
箱線圖
只需要輸入數(shù)據(jù)矩陣，指定分組變量(Legend variable)和數(shù)據(jù)列(Y-axis variable)就可以了痛侍。
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美化一點(diǎn)朝氓，調(diào)整下圖例位置扫腺，box方向捆毫，X辽幌、Y祠汇、Title等轰异，Box類型
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如果數(shù)據(jù)有亞組修肠，則需同時(shí)指定橫軸變量 (X-axis variable)辨泳、亞組變量 (Legend variable)婆咸、縱軸變量 (Y-axis variable)谈截。
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散點(diǎn)圖
比較直觀筷屡，指定哪一列做橫軸、縱軸簸喂、用于上色毙死、形狀、大小 (大小除了可以是某一列喻鳄，也可以是一個(gè)數(shù)字)
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柱狀圖
只需要輸入符合格式的數(shù)據(jù)扼倘，就可以出圖了
[圖片上傳失敗...(image-d02da8-1513343156909)]
[圖片上傳失敗...(image-bdc6d0-1513343156909)]
如果需要顯示Error-bar，則需要使用Long format，并且指定哪一列數(shù)據(jù)是平均值, 哪一列是標(biāo)準(zhǔn)差再菊。
[圖片上傳失敗...(image-36201c-1513343156909)]
火山圖
最少需要2列數(shù)據(jù)爪喘，設(shè)置下閾值，就可以了纠拔。
[圖片上傳失敗...(image-9c7c8f-1513343156909)]
也可以提供計(jì)算好的差異基因秉剑，如果需要標(biāo)記基因，則需提供一列 (列內(nèi)的非'-'都會(huì)被標(biāo)記)
[圖片上傳失敗...(image-572857-1513343156909)]
維恩圖
直接上圖吧
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UpsetView
更多集合的維恩圖時(shí)稠诲，推薦使用
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共表達(dá)密度圖
輸入常規(guī)矩陣就可以
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直方圖
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PCA
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生信寶典培訓(xùn)班
生信寶典系列培訓(xùn)班開班了侦鹏，前兩期已經(jīng)完成，視頻課程詳見培訓(xùn)網(wǎng)站 (www.ehbio.com/Training)臀叙。
三段式培訓(xùn)模式略水，教-學(xué)-練-答充分結(jié)合，不怕你學(xué)不會(huì)匹耕，就怕你不努力聚请。
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激動(dòng)人心的訪問地址
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生信寶典炸卑，一起學(xué)生信
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