之前使用IGV查看ChIP-seq結(jié)果的時(shí)候，一般就是只看某一個(gè)基因附近的peaks紊册，或者同時(shí)打開好幾個(gè)IGV界面(sessions)查看多個(gè)基因骚秦。從來沒有幾個(gè)基因一起查看過理澎，今天偶然發(fā)現(xiàn)了一個(gè)小trick，可以在同一個(gè)界面里顯示多個(gè)基因（或區(qū)域）附近的peaks。
兩種方法：
（一）查看基因附近的peaks
打開IGV鸡号，導(dǎo)入你的數(shù)據(jù)琼牧，這里我用tdf格式的文件作為例子：
導(dǎo)入數(shù)據(jù)后，這是整個(gè)基因組的情況蔫仙，當(dāng)然你需要按照自己的需求調(diào)整格式以及scale
比如我這里想看p53, Sox9和klf4這3個(gè)基因附近的peaks, 在搜索框里輸入多個(gè)基因名稱料睛，然后點(diǎn)擊“Go”，之后就會(huì)出現(xiàn)下面這種展示方式，你會(huì)發(fā)現(xiàn)當(dāng)前的界面被分成了3個(gè)部分恤煞，這樣當(dāng)你需要同時(shí)查看多個(gè)基因的時(shí)候屎勘，更方便你比較peak在不同樣品、不同基因之間的差異：
image.png
（二）查看gene body以外的基因組區(qū)域
還有一種情況居扒，你想查看的基因組區(qū)域在兩個(gè)基因之間概漱，比如enhancers。點(diǎn)擊IGV最上方的菜單欄里的“Regions”苔货，選擇“my lists”：
先點(diǎn)擊“my list”犀概，然后在點(diǎn)擊“New”
然后彈出下面這個(gè)窗口：
點(diǎn)擊OK后，會(huì)返回之前的窗口夜惭，這時(shí)右面會(huì)顯示你剛才輸入的區(qū)域：
點(diǎn)擊View姻灶，就可以愉快的查看多個(gè)區(qū)域的peaks了~
