一菠劝、RDKit簡介
Linux（CentOS 7_x64位）系統(tǒng)下安裝RDkitLinux（CentOS 7_x64位）系統(tǒng)下安裝RDkit - AspirinCode - CSDN博客
前面寫的一篇CentOS 7下安裝RDkit的文章竭缝，在測(cè)試的時(shí)候有很多報(bào)錯(cuò)兔辅，且不支持InChI和Avalon toolkit夺刑，后面使用中經(jīng)常會(huì)報(bào)錯(cuò)次酌。
現(xiàn)在更新一下新的測(cè)試全通過的安裝方法酣栈。
二、安裝環(huán)境
系 ? ? ? 統(tǒng)：CentOS 7.3（64位）
硬件環(huán)境：
三、安裝過程
安裝boost庫
python2 -m pip install boost #視自己安裝命令而定
安裝依賴
yum install cmake tk-devel readline-devel zlib-devel bzip2-devel sqlite-devel
RDKit安裝過程（安裝在/opt文件夾下）
tar zxvf rdkit-Release_2017_09_1.tar.gz
mv rdkit-Release_2017_09_1 rdkit
cd opt/rdkit
mkdir build
cd build
cmake -DBOOST_ROOT=/opt/rdkit -DRDK_BUILD_PYTHON_WRAPPERS=OFF -DRDK_BUILD_INCHI_SUPPORT=ON -DRDK_BUILD_AVALON_SUPPORT=ON ..
make -j14
make install
ctest
環(huán)境變量配置（根據(jù)自己的安裝文件夾簡單修改）
gedit ~/.bashrc
#RDkit
export RDBASE=/opt/rdkit
export PYTHONPATH=$RDBASE
export LD_LIBRARY_PATH=$RDBASE/lib:/opt/rdkit/lib
source ~/.bashrc
安裝后測(cè)試：
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
def depict_pic(smiles='c1ccccc1',mol_name='benzene',size=(300,300),kekulize=True,wedgeBonds=True):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
#mol_name ='/home/liuwei/' + mol_name + '.jpg'
mol_name = mol_name + '.jpg' Draw.MolToImageFile(mol,mol_name,size,kekulize,wedgeBonds)
if __name__ == '__main__': depict_pic(mol_name = 'test')?
