- 蛋白準(zhǔn)備
- 蛋白從pdb數(shù)據(jù)庫(kù)下載
- 下載pdb格式文件
- 小分子從pubchem或者zinc數(shù)據(jù)庫(kù)下載
- 小分子下載sdf或者mol格式文件都可以
3.打開(kāi)薛定諤軟件援雇，導(dǎo)入pdb文件
- 蛋白前處理
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點(diǎn)擊Preprocess
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點(diǎn)擊 add missing side chains
然后運(yùn)行之后再次點(diǎn)擊ok，再次回到這個(gè)界面搓逾，點(diǎn)擊Refine
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出現(xiàn)如下界面：
點(diǎn)擊optimize
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在點(diǎn)擊去水
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選擇OPLS_2005, 然后點(diǎn)擊Minimize
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- 單個(gè)小分子直接默認(rèn)處理就行
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紅框注意保持一致
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-
對(duì)接開(kāi)始
點(diǎn)擊Docking下面的Grid Generation
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定義對(duì)接位點(diǎn)轮听，選好之后點(diǎn)擊run
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點(diǎn)擊grid docking
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選好之后骗露，點(diǎn)擊Run
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