背景及原理
BSA（Bulk Segregation Analysis）最早是由Michelmore等人（Michelmore et al., 1991）提出，該實驗室起初是為了鑒定F2群體中和Dm5/8（生菜霜霉病抗性位點）連鎖的分子標記叠赦。該實驗通過對極端表型分組（每組內(nèi)20個左右單株形成混池），然后基于分子標記（AFLP鳍征，RAPD掌猛，SCAR熔脂，SSR等）觀察混池中的條帶多態(tài)性情況，從而鎖定與目標位點連鎖的分子標記铜犬。
BSA的基本原理：如果某個標記在同一個分組內(nèi)所有混池中的條帶有差異舞终，且兩極端性狀分組混池的條帶一致，則說明該標記和目標序列區(qū)段不連鎖癣猾；如果一個混池中條帶無差異敛劝，且在兩極端混池條帶呈現(xiàn)多態(tài)性，則說明該標記和目標序列區(qū)段連鎖纷宇。即在兩個混池之間夸盟，與目標性狀相關的等位基因以及與其連鎖的等位基因頻率存在差異，而其他等位基因的頻率大致相同呐粘。因此满俗，BSA單次也只能研究1個目標性狀转捕，考慮到遺傳背景較復雜，可能導致定位結果不理想唆垃，所以不太推薦使用自然群體進行BSA研究五芝。
分析流程
BSA的分析流程一般包括以下幾步：
1、選擇合適親本辕万，構建遺傳群體枢步；
2、調(diào)查表型渐尿，選取極端表型的個體構建親本及極端混池醉途；
3、對極端混池及親本進行高通量測序砖茸，選擇合適的算法進行數(shù)據(jù)分析隘擎；
4、結合物種的參考基因組序列凉夯，對定位區(qū)間基因做功能注釋货葬，做進一步的分析。
＞⒐弧Ｕ鹜啊！好的開頭可以事半功倍征绎，BSA分析的關鍵就是前期群體構建蹲姐、表型選擇測定及測序數(shù)據(jù)的完整性。
發(fā)展史
時間軸主要參考2022年發(fā)表的關于BSA的萬字綜述（Xu et al., 2022）人柿，并對后續(xù)時間線做了些許補充柴墩。
相關工具及工具包含算法
該圖也是在Li & Xu發(fā)表的綜述（Xu et al., 2022）的基礎上做了后續(xù)時間點的一點補充。主要說明了不同群體一般適用的算法顷扩，以及已發(fā)表的工具所包含的算法種類拐邪。后續(xù)推文中會詳細介紹一些常見軟件的下載安裝使用慰毅，這里不再贅述隘截。
適用群體
BSA定位性狀適用的群體包括遺傳分離群體汹胃、自然群體婶芭、多家系群體等。
遺傳分離群體包括F1着饥、F2或F2:3衍生群體犀农、回交BC（back crossing）群體、重組自交系RIL（recombined inbred lines）群體宰掉、近等基因系NIL（near isogenic lines）群體呵哨、雙單倍體DH（doubled haploid）群體以及多親本的NAM群體赁濒，MAGIC（Multiparent Advanced Generation Intercross）群體，ROAM（Random-Open-Parent Association Mapping）群體等孟害。另外拒炎，還包括一些次級分離群體，比如染色體片段代換系（Chromosome Segment Substitution Lines挨务，CSSL）击你，剩余雜合系（Residual Heterozygous Line，RHL）等等谎柄。理論上只要是一個雙親的分離群體丁侄，均可以進行BSA分析。
Pool-GWAS適合于多家系的材料朝巫；XP-GWAS適用于自然群體鸿摇，依據(jù)感興趣的表型進行極端混池的構建，與遺傳分離群體類似劈猿。
常見遺傳分離群體構建
暫時性分離群體：如F1户辱、F2、BC1等糙臼，這類群體可以在短期內(nèi)構建庐镐，其分離單位是個體，不穩(wěn)定变逃，一經(jīng)自交或近交其遺傳組成就會發(fā)生變化必逆，無法永久使用。
永久性分離群體：如RIL揽乱、DH群體等名眉，這類群體構建費時費力，其分離單位是株系凰棉，不同株系之間存在基因型的差異损拢，而株系內(nèi)個體間的基因型是相同且純合的，是自交不分離的撒犀。這類群體可通過自交或近交繁殖后代福压，而不會改變?nèi)后w的遺傳組成，可以永久使用或舞。
參考文獻
Michelmore RW, Paran I, Kesseli RV. Identification of markers linked to disease-resistance genes by bulked segregant analysis: a rapid method to detect markers in specific genomic regions by using segregating populations. Proc Natl Acad Sci U S A. 1991 Nov 1;88(21):9828-32. doi: 10.1073/pnas.88.21.9828. PMID: 1682921; PMCID: PMC52814.
Zou C, Wang P, Xu Y. Bulked sample analysis in genetics, genomics and crop improvement. Plant Biotechnol J. 2016 Oct;14(10):1941-55. doi: 10.1111/pbi.12559. Epub 2016 Apr 28. PMID: 26990124; PMCID: PMC5043468.
Li Z, Xu Y. Bulk segregation analysis in the NGS era: a review of its teenage years. Plant J. 2022 Mar;109(6):1355-1374. doi: 10.1111/tpj.15646. Epub 2022 Feb 14. PMID: 34931728.
