寫(xiě)在前面
那天夏老師突然給我了一個(gè)電話汤善，大體是提了這么一個(gè)想法，亦即牧愁，「BLAST Zone」挺好的素邪，但如果可以加上「One Step ML Tree」似乎就更好了。當(dāng)然猪半，這個(gè)事情其實(shí)不是沒(méi)想過(guò)兔朦。主要還是涉及到一個(gè)多庫(kù)檢索，路徑解決以及一些調(diào)整起來(lái)相對(duì)麻煩的事情磨确。
于是也就不了了之了沽甥。不過(guò)，今晚我還是花了時(shí)間乏奥，把這個(gè)功能實(shí)現(xiàn)了摆舟。至于為什么？因?yàn)樾那榇_實(shí)不好邓了，今天一天心情都不怎樣恨诱。來(lái)來(lái)去去，也只能謝謝代碼來(lái)放松下子了骗炉。
回到主題照宝，其實(shí)，這個(gè)功能痕鳍，似乎不需要說(shuō)明。
BLAST+建樹(shù)
隨后龙巨，等就完事了笼呆。注意到，其中可以指定使用 BLAST 結(jié)果的前多少個(gè)序列拿來(lái)建樹(shù)旨别，大體如下
多條序列
當(dāng)然诗赌，我們可以輸入多條序列，BLAST 然后建樹(shù)秸弛。需要注意的是铭若，重復(fù)的 HIT ID 當(dāng)然會(huì)被去冗余洪碳。這個(gè)或許可以拿來(lái)簡(jiǎn)單看看輸入的兩個(gè)序列是不是在一個(gè)家族的同一小分支？當(dāng)然我沒(méi)想過(guò)要做多復(fù)雜的情況叼屠，畢竟有時(shí)候我們要考慮總序列如果太多瞳腌，建樹(shù)會(huì)慢了點(diǎn)。
多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)
如果只是一個(gè)BLAST數(shù)據(jù)庫(kù)镜雨，那么其實(shí)平平無(wú)奇嫂侍。有時(shí)候，我們是希望知道一個(gè)基因在多個(gè)物種中的同源基因是哪些荚坞，然后我們建個(gè)樹(shù)挑宠，看看情況。
這里我們同時(shí)選擇了擬南芥和水稻兩個(gè)蛋白序列庫(kù)颓影，等到BLAST結(jié)果各淀。注意到，實(shí)現(xiàn)邏輯是诡挂，每個(gè)庫(kù)分別BLAST碎浇，然后整合比對(duì)結(jié)果。于是 Top 10 就會(huì)變成水稻 10 個(gè) 咆畏，擬南芥 10 個(gè)南捂。彈出的圖稿如下
當(dāng)然，有時(shí)候旧找，我覺(jué)得其實(shí)如果輸入一個(gè)基因溺健，那么對(duì)應(yīng)出來(lái) Top 5 就差不多了，不需要 Top 10钮蛛。
突然想起來(lái)鞭缭，大家都在說(shuō) 荔枝的 SVP 擴(kuò)張了。然后呢魏颓，NG文稿也說(shuō)了岭辣。那么其實(shí)我們可以看看的。隨便到 TAIR 上找了一個(gè) SVP甸饱，也不知道是不是就是沦童，反正不管了。
然后叹话，我們可以得到這棵樹(shù)
果然偷遗，還是擴(kuò)張了。從基因ID來(lái)看驼壶，是一串 SVP氏豌。
寫(xiě)在最后
Emmm，好热凹，也到了下班時(shí)間了泵喘。今晚算是摸魚(yú)了兩個(gè)多小時(shí)泪电。
