比較幾種主要的構(gòu)樹方法奔垦，一般情況下，若有合適的分子進(jìn)化模型可供選擇少漆，用最大似然法（ML）構(gòu)樹獲得的結(jié)果較好臼膏；對于近緣物種序列，通常情況下使用最大簡約法(MP)检疫；而對于遠(yuǎn)緣物種序列讶请，一般使用鄰接法(NJ)或最大似然法(ML)。對于相似度很低的序列屎媳，鄰接法往往出現(xiàn)長枝吸引(branch attraction)現(xiàn)象夺溢，有時嚴(yán)重干擾進(jìn)化樹的構(gòu)建。對于各種方法重建進(jìn)化樹的準(zhǔn)確性烛谊，Hall (2005)認(rèn)為貝葉斯法最好风响，其次是最大似然法(ML)，然后是最大簡約法(MP)丹禀。其實如果序列的相似性較高状勤，各種方法都會得到不錯的結(jié)果鞋怀，模型間的差別也不大。鄰接法和最大似然法是需要選擇模型的持搜。蛋白質(zhì)序列和DNA序列的模型選擇是不同的密似。蛋白質(zhì)序列的構(gòu)樹模型一般選擇Poissoncorrection(泊松修正)，而核酸序列的構(gòu)樹模型一般選擇Kimura2-parameter (Kimura一2參數(shù))葫盼。如果對各種模型的理解并不深入残腌，最好不要使用其他復(fù)雜的模型。參數(shù)的設(shè)置推薦使用缺省的參數(shù)贫导。
NJ法
它的特點是重建的樹相對準(zhǔn)確抛猫，假設(shè)少，計算速度快孩灯，只得到一棵樹闺金。其缺點主要表現(xiàn)在將序列上的所有位點同等對待，且所分析序列的進(jìn)化距離不能太大峰档。故NJ法適用于進(jìn)化距離不大败匹，信息位點少的短序列。
MP法
適用于序列殘基差別小面哥，具有近似變異率哎壳，包含信息位點比較多的長序列。
ML法
在進(jìn)化模型選擇合理的情況下尚卫，ML法是與進(jìn)化事實吻合最好的建樹算法归榕。其缺點是計算強(qiáng)度非常大，極為耗時吱涉。
