簡單理解RNA-Seq

今天就當(dāng)一個小故事看吧财喳，看了statQuest，感覺講的很棒，于是分享給大家
原版視頻后臺回復(fù)“RNAseq”??
花花今天效率太低寫不完推送耳高，于是我從晚上10點(diǎn)半開始幫她扎瓶，有點(diǎn)緊張呀

背景 1

假設(shè)有一群正常的神經(jīng)細(xì)胞（藍(lán)色）和一群變異的神經(jīng)細(xì)胞（紅色）

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那么，為什么它們會出現(xiàn)差別呢泌枪？是什么遺傳機(jī)制導(dǎo)致了這個事情呢概荷？

因此，我們需要看一看它們的基因表達(dá)差異

背景 2

我們知道碌燕，每個細(xì)胞都由一堆染色體組成误证，每個染色體由一堆基因組成，當(dāng)然并不是所有的基因都是活躍的陆蟆，只有一部分基因是可以表達(dá)雷厂，而表達(dá)的中間過程就要經(jīng)歷mRNA轉(zhuǎn)錄本，通過高通量測序叠殷，我們就能得知：哪些基因是活躍可以表達(dá)的改鲫，并且產(chǎn)生了多少轉(zhuǎn)錄本（也就是衡量基因表達(dá)量的指標(biāo)）

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背景 3

將正常的細(xì)胞測一遍，再將變異的細(xì)胞測一遍林束，得到它們的表達(dá)量像棘，我們后來就是比較它們的表達(dá)量差異

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可以看出，基因1在兩組樣本中差異不大或者沒有差異壶冒；基因2在正常組中基本不表達(dá)缕题，而在變異組中表達(dá)量很高，二者差別甚大胖腾；基因3有差別但比較小

RNA-seq主要的3步

Step1 構(gòu)建測序文庫

分離RNA=》將RNA打斷成小片段=〉將小RNA片段反轉(zhuǎn)錄成DNA=》加接頭

接頭兩個作用：測序儀識別烟零；允許一臺測序儀同時運(yùn)行多個樣本，提高性價比

但是需要注意：加接頭的過程是隨機(jī)的咸作，并不是所有的接頭都被加上锨阿，有些反轉(zhuǎn)錄的DNA片段沒有加上接頭

=》PCR擴(kuò)增（只有加上接頭的測序片段才能被擴(kuò)增）=〉質(zhì)量檢查QC（看下文庫的濃度和片段長度）

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對文庫進(jìn)行測序

一塊測序板上（想象下載玻片，其實人家真名是Flowcell）能包含多于400,000,000個片段记罚，垂直于測序板排列墅诡。

測序儀有四種顏色的熒光探針A、T桐智、C末早、G，與測序片段上堿基互補(bǔ)说庭，結(jié)合上就“放煙花”表示慶祝??（就是閃一下自己帶的熒光然磷，比如A帶紅光，G帶藍(lán)光刊驴，C綠光姿搜，T橙光）。當(dāng)然痪欲，這一切都逃不過測序儀自帶的高精度照相機(jī)的法眼【測序儀為什么貴？就是在于它的高精度照相機(jī)业踢，想想要分辨這么微小的亮光，密密麻麻知举，密集恐機(jī)癥都犯了??】許許多多的測序片段中同一排的堿基測完了，就把原來熒光的那個堿基沖掉了雇锡，再放下一個熒光堿基進(jìn)來結(jié)合逛钻、放光