1.安裝包
# ClustalW
wget http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1.tar.gz
cd clustalw-2.1
./configure
make
make install
#或者conda 安裝
conda install clustalw
#phylip
conda install phylip
軟件使用：
ClustalW 提供了兩種操作方式：
1雁仲、鍵盤交互的菜單界面
2躯泰、命令行方式
由于命令行模式參數(shù)比較長进肯，看起來也比較復(fù)雜牡彻，
我們主要介紹鍵盤交互的菜單界面運行方式估灿。
運行culstal W崇呵，
我們看到會彈出一個窗口。
各選項含義如下馅袁，2域慷、3、4 分別代表了該軟件的三個功能：多序列比對汗销、基于已有剖面的比
對犹褒、構(gòu)建進化樹。
按照提示選擇不同的選項將得到你需要的結(jié)果弛针。
1 輸入待比對序列叠骑；
2 進行多序列比對；
3 進行基于已有剖面（profile）的比對削茁；
4 構(gòu)建進化樹宙枷；
S 執(zhí)行非clustalw 的系統(tǒng)命令；
H 打開幫助文件茧跋；
X 退出程序慰丛；
2.使用ClustalW進行比對
可以在線進行比對 http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/
本地化比對，交互模式
若使用在線建樹瘾杭，運行clustalW璧帝，先按1回車，附上fa文件的完整路徑（建議）回車富寿，按2回車，再按一次2回車锣夹，等待页徐，完了之后，會讓輸入輸出完整路徑芥颈。接著就可以退出clustalW了伶唯，按x站绪。得到的dnd文件稚失。
若用phylip 建樹
１搀绣、輸入 ./clustalw2 或者 clustalw 進入交互模式
2飞袋、選擇1 并輸入文件名字或者文件路徑和名字
注：比對序列需放在一個文件夾中
3、輸入2链患， 進行多序列比對
4巧鸭、如果要修改輸入格式，則點9
5麻捻、若要輸出格式為phylip纲仍，則點4，并關(guān)閉1
6贸毕、按下回車郑叠，后退
7、選擇1進行比對, 因為phylip輸入文件為名infile明棍， 所以這里直接改名字infile乡革，并退出軟件即可
進入phulip 軟件的 exe 文件, 并將剛才比對結(jié)果infile 的路徑移到exe中。
３摊腋、構(gòu)建樹：
得到的dnd文件可以通過http://itol.embl.de/來在線建樹沸版，非常方便快速。
使用phylip 建樹
1歌豺、最大似然
直接輸入./proml 推穷， 輸入y進行確定參數(shù)，得到兩個文件类咧，outtree 和outfile馒铃，若想圖形化，則將outtree 改為outtree.tre 可在mega上查看
2痕惋、臨接法
先輸入./protdist. 計算各個序列中兩兩序列的距離区宇，得到距離矩陣。將該結(jié)果文件改名為infile值戳，并進行臨接法構(gòu)進化樹议谷，方法為；輸入./neighbor.用同樣的方法可以在mega上查看圖像
