森言森語
畢業(yè)季，總會有各種各樣的遺憾薇溃，但我們還是期望認(rèn)真嗅骄、努力，好好對待遇見的人和遭遇的事欧啤，少一些遺憾，多一些收獲。畢業(yè)前我們總是嚷嚷著要畢業(yè)末盔，馬上就要離開學(xué)校的時候，其實也有很多人值得感恩座慰，有很多事值得回憶陨舱，但終究遺憾會更多一些。我常說版仔，但愿每次回憶游盲，對生活的都不感到負(fù)疚。這句話被我安排在了簡歷的最后蛮粮，我想等我畢業(yè)的時候益缎，這句話也要被放在答辯PPT最后一頁。畢業(yè)論文中的遺憾
畢業(yè)論文是一個人一生中極為重要的知識產(chǎn)出然想，每一個階段的畢業(yè)論文也是那一階段在學(xué)術(shù)莺奔，生活，情緒各方面的總結(jié)变泄，是一個階段最具代表性的材料令哟。但是我們都知道熙卡，畢業(yè)論文不可能完美，只要愿意去檢查励饵，總能發(fā)現(xiàn)這樣那樣的問題驳癌，不同的時期回過頭去看，發(fā)現(xiàn)的問題就更多役听。因此颓鲜，我們實在是有必要有意識的從邏輯、措辭典予、格式等各方面不斷提高畢業(yè)論文的水準(zhǔn)甜滨，以最大限度推敲邏輯上的合理性，措辭上的嚴(yán)密性瘤袖，格式上的規(guī)范性衣摩。這樣，若干年后再回首捂敌，翻開論文的時候艾扮，才不至滿是遺憾。多序列比對結(jié)果的可視化效果
畢業(yè)論文中的多序列比對結(jié)果模糊不清晰是一個廣泛存在的通病占婉，存在這一問題的原因是多數(shù)時候我們都選擇了把多序列比對結(jié)果以圖片的形式插入Word泡嘴，如果圖片本身不是矢量圖，那插入Word只會讓自己的比對結(jié)果糟糕的展示在答辯評審老師面前逆济，如果圖片本身是矢量圖酌予，插入Word后或許還說的過去，但終究比不上嵌入Word文檔中的字符形式所呈現(xiàn)出來的效果奖慌，達(dá)不到絕對的高清抛虫，絕對的矢量。在我的本科論文中當(dāng)然也存在這個問題简僧，那就是多序列比對結(jié)果展示效果不佳建椰，但是當(dāng)時我還意識不到這個問題，后來的一年多涎劈，在我翻過的博碩士論文中广凸，該問題普遍存在，顯然沒有得到大家普遍的足夠重視蛛枚。但既然作為論文中的一個圖谅海，我們就有必要讓展示在論文中的圖表滿足自明、嚴(yán)謹(jǐn)蹦浦、科學(xué)扭吁、矢量、清晰的特性。關(guān)于多序列比對
關(guān)于多序列比對結(jié)果的可視化侥袜，前面的推文中提到了很多的軟件蝌诡，其中DNAMAN軟件是我用的時間最長的多序列比對及可視化軟件，但是自從發(fā)現(xiàn)某些bug之后枫吧，我就卸載了浦旱；后來發(fā)現(xiàn)Jalview很不錯，起碼沒有上述的bug九杂，另外其具有豐富的比對策略颁湖，比如Muscle和mafft，比對之后同樣可以進(jìn)行一定程度的美化例隆，其內(nèi)置的clustalX配色盡管還能說的過去甥捺，但還是過于花里胡哨，不符合我的審美镀层，其他的配色方案操作起來其實蠻有難度镰禾，主要是自定義模式對個人的審美要求更高，反正我達(dá)不到自定義一個符合自我審美的配色方案唱逢。何況Jalview軟件中的gene name好像只能是斜體吴侦，這就讓我很不爽啊，或許可以改惶我，只是我沒找到更改辦法妈倔。于是不得不尋找下一款替代軟件博投，那就是GeneDoc绸贡，簡簡單單，又很樸素毅哗，挺好听怕。但是GeneDoc只能對比對結(jié)果進(jìn)行進(jìn)一步編輯和美化，其自身不具有比對功能虑绵，這一點可以接受尿瞭，主要是該軟件出圖效果極好，可以直接將比對結(jié)果嵌入word文檔翅睛，而且是矢量效果声搁，嵌入Word后還可以隨意修改，因為輸出結(jié)果并不是圖片捕发，而是字符疏旨，可以對其中的任何元素進(jìn)行任意編輯，但似乎沒必要扎酷。無法導(dǎo)出圖片格式的可視化結(jié)果算是個缺點檐涝。但是不重要，只要可以導(dǎo)入Word那就可以保存為pdf，只要能保存為pdf谁榜，就可以用AI處理后輸出矢量圖片幅聘。最重要的是Jalview和GeneDoc免費，所以窃植，使用Jalview進(jìn)行多序列比對帝蒿，然后將比對結(jié)果導(dǎo)入GeneDoc美化，再然后將可視化結(jié)果嵌入你的畢業(yè)論文Word文檔中巷怜，就再也不會有評審老師說你的多序列比對結(jié)果不清晰了Ａ赀础！丛版！下載地址
http://www.jalview.org/getdown/release/https://github.com/karlnicholas/GeneDoc
安裝說明：下載后一路next即可完成安裝巩掺。
由于軟件使用過于簡單，就不對GeneDoc的功能逐一演示了页畦。直接出效果圖來看差異胖替。使用的序列還是之前多次用到的Athsp20氨基酸序列。（DNAMAN已經(jīng)被我卸載豫缨，所以這里不再拿DNAMAN做可視化独令。）
示例一：Jalview可視化結(jié)果-ClustalX配色
缺點：
gene name是斜體，這點不好好芭；
配色過于復(fù)雜燃箭，整體視覺效果不是很好；
png為非矢量圖舍败，看上去就很糊招狸；
導(dǎo)出的圖片下面還有一大片空白，還需要通過截圖編輯邻薯，越編輯越糊裙戏。
示例二：GeneDoc可視化結(jié)果
（由于GeneDoc無法導(dǎo)出圖片，因此這里展示了截圖效果厕诡，但總體看起來真的很不錯累榜。這里默認(rèn)模式為黑白灰配色，其實用戶可以自定義配色灵嫌，但是黑白灰逼格很高好吧壹罚，還自定義費那勁干啥。）
下面寿羞，將其保存為pdf來看看效果猖凛。
無疑，是絕對的矢量圖稠曼，絕對的清晰形病，看起來逼格也蠻高的客年。
這應(yīng)該是畢業(yè)論文中嵌入多序列比對可視化結(jié)果的最優(yōu)方式了吧？
如果你的論文中需要嵌入多序列比對結(jié)果漠吻，不論答辯結(jié)束與否量瓜，不妨試一試。
一些思考
對于很多軟件開發(fā)者來說途乃，他們其實實際上也不能窮盡所有的功能做出最優(yōu)的可視化結(jié)果绍傲，比如R語言ggplot2包，一句話總結(jié)耍共，他們盡管開發(fā)了軟件烫饼，但至于如何使用軟件，全在用戶自己试读。因此杠纵，在這篇推文中我極力推薦各位朋友使用GeneDoc來產(chǎn)生多序列比對結(jié)果，然后將其嵌入Word文檔中钩骇，這種方式展示出來的效果堪稱完美比藻。
本文使用 文章同步助手 同步
