一般使用gatk 之后會得到變異的vcf 文件，然后我們要對得到的變異數(shù)據(jù)進(jìn)行注釋。
官網(wǎng)如下http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html#databases
1下載
2按照官網(wǎng)的步驟操作
Go to home dir
cd
Download latest version
wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip
Unzip file
unzip snpEff_latest_core.zip
database 基本網(wǎng)上都有的下載
但是。烈炭。我的服務(wù)器不能聯(lián)網(wǎng)。。所以我學(xué)了自己如何做注釋的database
制作database
參考一下幾篇文章：
http://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/77103620
https://www.cnblogs.com/freemao/p/3975927.html
https://www.plob.org/article/9936.html
下載基因組文件 和注釋文件况芒，文件格式不同，采用的方式也不一樣
- 進(jìn)入文件夾：
/public/home/name/tool/snpEff_latest_core/snpEff
OK .png
哈哈，有一些是我分析生成的結(jié)果文件绝骚，原諒我沒有整理好耐版。。
- 我以MH63.fa 作為參考基因組压汪，注釋文件是genes.gff
3.編輯一下snpEFF.config 加入一下文字
- 退出
然后 mkdir data
cd data
創(chuàng)建一個genomes 和MH63的文件夾
5 把注釋文件放入 MH63
把基因組文件放入 genomes
6 回到前一個目錄 執(zhí)行
java -jar snpEff.jar build -gff3 -v MH63
7 測試
把BSA.vcf 文件放入 data 里面
回到snpEFF目錄
然后執(zhí)行
java -jar snpEff.jar MH63 data/BSA.vcf > BSA.eff.vcf
8 出現(xiàn)三個文件
snpEff_genes.txt
snpEff_summary.html
BSA.eff.vcf
進(jìn)一步學(xué)習(xí)就要進(jìn)入官網(wǎng)仔細(xì)學(xué)習(xí)了
