建樹是分子系統(tǒng)發(fā)育與進化研究中繞不過去的一道坎立美，本文就本人實際經(jīng)驗介紹貝葉斯樹的實際操作：
基于不同原理的系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建方法的比較
Bayesian Inference (BI）建樹
需要使用的軟件包括: PAUP议纯、SequenceMatrix耕肩、MrModeltest逼友、Mrbayes軟件
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
1.1 數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換
將fasta數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)為nex文件格式，可使用MEGA等軟件。
Paup中fasta轉(zhuǎn)換nex格式代碼：
export file=newfile.nex format=nexus interleaved=no;
1.2 為nex格式文件添加MrModelblock命令文本
2. 使用Paup計算Score值
直接使用windows-PAUP打開上一步粘貼有MrModelblock的nex文件炼七。
3. 使用mrmodeltest計算推薦模型 （MrMTgui軟件已失效）
本文使用的是linux版本的mrmodeltest，命令行如下布持；
4. 準(zhǔn)備mrbayes輸入文件
4.1 打開界面版windows-PAUP特石，運行，open鳖链， execute ----選擇.nex格式文件姆蘸，
轉(zhuǎn)換至標(biāo)準(zhǔn)NEXUS。
Paup中fasta轉(zhuǎn)換nex格式代碼：
export file=newfile.nex format=nexus interleaved=no;
4.2 將3步驟得到的best-fit model粘貼到到Mrbayes block參考腳本中芙委，復(fù)制粘貼到轉(zhuǎn)換好的nexus標(biāo)準(zhǔn)文件末尾中逞敷。 請根據(jù)自己的實際情況更改Mrbayes block。
5. 運行mrBayes軟件
雙擊軟件中mrbayes.3.2.7-win64.exe灌侣，輸入帶有Mrbayes block的nex文件推捐。命令如下：
From Rindy
6. 運算結(jié)束后，可進行后續(xù)可視化操作（figtree）
mrbayes運行結(jié)束后輸出結(jié)果
