#LncRNA從入門到精通
【01】lncRNA的一些基礎(chǔ)知識(shí)
ceRNA-芯片分析的一般流程
首先lncRNA是Non-coding RNAs的一種
長(zhǎng)鏈非編碼RNA（long noncoding RNA谜酒，lncRNA）
長(zhǎng) 度＞200bp的RNA或舞，由RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄，lncRNA具有保守的 二級(jí)結(jié)構(gòu), 大部分不編碼蛋白質(zhì)巧号，也有報(bào)道愉昆，其可以編碼多肽，多 肽大部分無功能。
LncRNA來源很廣筛峭，可以來源于基因編碼區(qū)、 非編碼區(qū)脚乡、外顯子蜒滩、內(nèi)含子滨达、正義鏈或反義鏈。
LncRNA發(fā)揮功 能的方式很廣俯艰，可以與蛋白捡遍、DNA和RNA相互作用，參與多種 生物學(xué)過程的調(diào)控竹握。
再次強(qiáng)調(diào)画株，如果你僅僅是處理數(shù)據(jù)，可以把LncRNA跟其它基因一樣的處理即可啦辐。大部分都是看表達(dá)差異罷了谓传。
這里面的17910個(gè) Long non-coding RNA genes 是需要重點(diǎn)關(guān)注的。參考：https://www.gencodegenes.org/human/stats.html
所以芹关，如果你分析LncRNA的數(shù)據(jù)续挟，最后最好是輸出的結(jié)果，以GENCODE數(shù)據(jù)庫的ID為準(zhǔn)侥衬，這樣方便你我他诗祸！再次強(qiáng)調(diào)，如果你僅僅是處理數(shù)據(jù)轴总，可以把LncRNA跟其它基因一樣的處理即可直颅。大部分都是看表達(dá)差異罷了。
lncRNA功能
有參考文獻(xiàn)
lncRNA-miRNA相互作用
這個(gè)其實(shí)是目前的數(shù)據(jù)分析重點(diǎn)怀樟，就是我們一直說的ceRNA 理論功偿。
lncRNA因其存在Introns等片段組成，長(zhǎng)度可達(dá)數(shù)千nt往堡，這就為吸附結(jié)合大量的miRNA提供了良好的物質(zhì)基礎(chǔ)械荷，通過競(jìng)爭(zhēng)占有胞內(nèi)大量的miRNA，像海綿一樣緩沖并削減其干涉靶基因mRNA編碼蛋白的能力投蝉，我們就稱這樣的lncRNA與mRNA互為ceRNA關(guān)系养葵，因此可見，作為關(guān)聯(lián)節(jié)點(diǎn)的就是miRNA瘩缆，它的靶構(gòu)成了ceRNA关拒，共同組合就是ceRNA網(wǎng)絡(luò)。
一個(gè) lncRNA 可以歸于以下五類中的一種或五種：（1）sense（2）antisense （3）bidirectional（4）intronic（5）intergenic庸娱，這個(gè)在很多綜述都可以看到着绊，我建議看最新的，就是發(fā)表在J Anim Sci Technol. 2018; 的綜述：Long non-coding RNA: its evolutionary relics and biological implications in mammals: a review
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miRNA熟尉、LncRNA归露、CircRNA靠譜小結(jié)
如何用今天的知識(shí)印PAPER？
WTF斤儿！印文章剧包？
對(duì)恐锦！你沒聽錯(cuò)！只要掌握了今天的知識(shí)概念疆液，利用往期學(xué)習(xí)的生信技能一铅，再加上一點(diǎn)ceRNA網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的小技巧，就可以輕松搞一篇SCI堕油。本著只講干貨的原則潘飘，就把我們看家糊口的本領(lǐng)交給諸位，基本方法如下（利用公共數(shù)據(jù)庫構(gòu)建癌癥ceRNA網(wǎng)絡(luò)）：
在TCGA數(shù)據(jù)庫中獲取某一癌癥的表達(dá)譜數(shù)據(jù)掉缺，設(shè)定合適的參數(shù)和閾值處理得到差異表達(dá)的mRNA卜录、miRNA和lncRNA；
利用多個(gè)數(shù)據(jù)庫眶明，如miRwalk艰毒、targetscan、miRbase等赘来，建立以miRNA為中心的互作關(guān)系现喳，即分析哪些差異表達(dá)的mRNA和lncRNA是哪些差異表達(dá)的miRNA的靶基因；
通過CytoScape等網(wǎng)絡(luò)圖搭建軟件繪制ceRNA網(wǎng)絡(luò)犬辰，根據(jù)相關(guān)性、表達(dá)變異等信息個(gè)性化網(wǎng)絡(luò)圖的呈現(xiàn)形式冰单，原則就是內(nèi)涵盡量豐富幌缝，但要保證清晰、可讀性強(qiáng)诫欠。
到這兒ceRNA網(wǎng)絡(luò)就搭建成功啦涵卵，但是要想把文章質(zhì)量發(fā)的好一些，肯定還要花哨一些的荒叼，比如：
加上數(shù)據(jù)處理過程圖（聚類熱圖或者火山圖）充個(gè)數(shù)轿偎；或者把差異表達(dá)的mRNA去做個(gè)功能富集分析；還可以搞個(gè)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)WGCNA什么的被廓；再有呢可以聯(lián)系臨床數(shù)據(jù)把意義重大的節(jié)點(diǎn)分子做個(gè)生存分析啦什么的坏晦；你要是有個(gè)實(shí)驗(yàn)室，能收點(diǎn)樣本買個(gè)芯片啥的嫁乘，做個(gè)驗(yàn)證是再好不過的咯昆婿。。蜓斧。
【02】LncRNA芯片的一般分析流程
其實(shí)主要是共調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
里面有代碼演示：test仓蛆。
主要就是：編碼和非編碼的基因的表達(dá)矩陣做差異分析。
【03】LncRNA-seq的一般分析流程
lncRNA分析跟常見的mRNA-seq分析重合度很高挎春，無非也是把測(cè)序的fastq文件mapping到參加基因組看疙，獲取轉(zhuǎn)錄本信息豆拨，轉(zhuǎn)錄本表達(dá)定量，表達(dá)量的差異分析能庆，比較新的分析就是把轉(zhuǎn)錄本分成了lncRNA和mRNA施禾，這樣可以考慮它們之間的互相作用，也可以在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的時(shí)候加入miRNA和CHIP-seq相味，這樣多種數(shù)據(jù)結(jié)合分析拾积，顯得更高大上一點(diǎn)，也能更好的刻畫機(jī)體狀態(tài)丰涉，從而回答生物學(xué)假設(shè)拓巧。要完成全部lncRNA-seq數(shù)據(jù)分析的學(xué)習(xí)，需要非常大量的文獻(xiàn)閱讀一死。
最經(jīng)典的仍然是看表達(dá)差異
所以對(duì)于這樣的lncRNA-seq數(shù)據(jù)肛度，走我們標(biāo)準(zhǔn)的RNA-seq定量流程，針對(duì)gencode數(shù)據(jù)庫的gtf文件拿到表達(dá)矩陣即可投慈，這個(gè)表達(dá)矩陣?yán)锩婢桶薼ncRNA和mRNA承耿，可以分開走走標(biāo)準(zhǔn)分析流程，火山圖伪煤，熱圖加袋，GO/KEGG數(shù)據(jù)庫注釋等等
分為：如果是芯片；如果是測(cè)序
值得注意的是RNA-seq其實(shí)比不上LncRNA芯片
LncRNA相關(guān)數(shù)據(jù)庫
11步學(xué)會(huì)LncRNA-seq數(shù)據(jù)分析
這里重要抱既，寫作時(shí)可參考职烧。文獻(xiàn)集合
【04】網(wǎng)頁工具推測(cè)非編碼RNA的生物學(xué)功能（lncRNA表達(dá)矩陣免費(fèi)分析）
需要理論模型和算法支持，LncRNA2Function網(wǎng)頁工具就是其中一個(gè)選擇防泵！
如果是想探索LncRNA在疾病研究方向的成果蚀之，還可以通過FARNA網(wǎng)頁工具，依賴的是KEGG Orthology Based Annotation System (KOBAS)數(shù)據(jù)庫捷泞，其也是多種數(shù)據(jù)庫的整合足删，包括， KEGG DISEASE, GAD and NHGRI GWAS Catalog disease databases.
https://mp.weixin.qq.com/s/UMCNnURzw5ngeA75Wb2CeQ文中關(guān)于WGCNA
查看感興趣基因的甲基化水平和RNA表達(dá)水平(數(shù)據(jù)分析免費(fèi)做)相關(guān)性
【05】lncRNA-seq數(shù)據(jù)分析之新lncRNA鑒定和注釋視頻課程眾籌【忽略】
【06】鑒定新的lncRNA之上游流程【忽略】
上游流程锁右，通常指的是ngs測(cè)序數(shù)據(jù)fastq文件失受。個(gè)人電腦難以完成，通常由公司完成骡湖。吃力不討好
而下游就是表達(dá)矩陣的一系列統(tǒng)計(jì)學(xué)分析贱纠， 包括PCA,相關(guān)性熱圖，層次聚類圖响蕴，差異分析谆焊，火山圖，表達(dá)量熱圖浦夷，GO/KEGG數(shù)據(jù)庫功能注釋等等辖试。
【07】lncRNA芯片的探針到底該如何注釋到基因組信息呢【忽略】
我很喜歡blat這個(gè)在線網(wǎng)頁工具辜王，因?yàn)楫?dāng)初聽說它的速度甩blast工具幾十條街。
在我B站視頻罐孝，多次提到它的奇妙用法呐馆，但是我也是今天才知道，它居然也可以跨越內(nèi)含子進(jìn)行比對(duì)莲兢。
