1?GPS-Uber：一個(gè)用于預(yù)測(cè)一般和e3特異性賴氨酸泛素化位點(diǎn)的混合學(xué)習(xí)框架
文章鏈接：https://academic.oup.com/bib/advance-article-abstract/doi/10.1093/bib/bbab574/6509047
DOI：10.1093/bib/bbab574/6509047
期刊：BiB
發(fā)布時(shí)間：2022 年 1 月 17 日
初始基準(zhǔn)數(shù)據(jù)集、二次訓(xùn)練數(shù)據(jù)集和獨(dú)立測(cè)試數(shù)據(jù)集均可在：http://gpsuber.biocuckoo.cn/userguide.php上免費(fèi)下載诵竭。
CSDN上的文獻(xiàn)解讀：https://blog.csdn.net/weixin_45156147/article/details/123329775?spm=1001.2101.3001.6650.5&utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7ERate-5.pc_relevant_antiscanv2&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromBaidu%7ERate-5.pc_relevant_antiscanv2&utm_relevant_index=6
在線預(yù)測(cè)網(wǎng)址：http://gpsuber.biocuckoo.cn/index.php
可以預(yù)測(cè)特定E3對(duì)特定底物的泛素化位點(diǎn)
2 UbiNet2.0
網(wǎng)址：https://awi.cuhk.edu.cn/~ubinet/index.php
2021年發(fā)布
一個(gè)包含兩千多對(duì)人類E3和底物互作關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)未妹，有實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證憔鬼，比較全，同時(shí)也可以下載PPI數(shù)據(jù)
還從各個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)收錄了100多萬(wàn)對(duì)人類的蛋白質(zhì)互作信息
3 PLMD賴氨酸修飾數(shù)據(jù)庫(kù)
http://plmd.biocuckoo.org/
似乎也是GPS系列的
內(nèi)有很多修飾臼氨，應(yīng)該是可以用作修飾機(jī)器學(xué)習(xí)的數(shù)據(jù)集代兵。每個(gè)基因都標(biāo)注了修飾位點(diǎn)。
先寫這么多
