細胞計數(shù)怎么整姆涩？
靠心算？
那小編只能向您致以崇高的敬意了惭每。
養(yǎng)細胞骨饿、拍照、計數(shù)可謂是科研界的鐵人三項台腥。
減輕科研壓力宏赘，從應用軟件做起！
This? ? is ?? the ?? dividing ?? line.
01? ?裝載“Image J”及計數(shù)插件及計數(shù)
Image J是一款開源的黎侈，基于Java構建的生物醫(yī)學專用軟件察署。這一點，從它的圖標就能看出來了峻汉。
聊點學術公眾號之前講過如何使用Image J分析Western Blot條帶贴汪。本期，小編想從手動和自動2個方面說明如何使用Image J做細胞計數(shù)休吠。
如果還有伙伴沒裝載Image J扳埂，可以在公眾號后臺回復“Image J”，獲取軟件瘤礁，常規(guī)安裝即可使用阳懂。
02? ??Image J手動計數(shù)
手動計數(shù)之前需要確認自己的Image J軟件是否已轉載計數(shù)插件“Cell Counter Plugin”。
確認方法如下：
如果沒有此插件蔚携，可以手動添加希太。進入以下網(wǎng)頁下載插件。
https://imagej.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html
然后將下載的插件“Cell Counter.jar”復制粘貼到Image J的裝載盤目錄下酝蜒，如下所示 ↓
隨后誊辉，重啟Image J軟件即可。
手動計數(shù)的原理就是每次手動點擊圖中元素(如細胞)亡脑，并通過彩色的小方框標記該細胞堕澄。最多可以用4種顏色標記不同元素，并分別統(tǒng)計數(shù)據(jù)霉咨。
由上面的原理可得出手動計數(shù)可以標記圖中不同顏色或相同顏色蛙紫，那么RGB彩色圖或者灰度黑白圖都是可以計數(shù)的。值得注意的是途戒，對于灰度圖而言坑傅，可能比較難以通過標記符號的顏色進行圖中元素分類。
手動分析更適合于少量圖片的細胞計數(shù)喷斋，優(yōu)點是精確唁毒，缺點是慢蒜茴。
計數(shù)步驟：
（1）打開Image J，點擊File→Open打開一張圖片浆西；
（2）點擊軟件plugin→Analyze→Cell Counter粉私，打開計數(shù)器。注意：計數(shù)器僅對單張圖片有效近零，而不能同時分析一組圖片诺核。
（3）打開計數(shù)器后可以看到，計數(shù)器有多個通道Type久信，對于圖中不同元素窖杀，則要通過不同的通道標記。
（4）首先點擊Initalize初始化圖片入篮，接著選擇計數(shù)器左側的通道陈瘦，一般從Type1開始。然后點擊圖中你要計數(shù)的細胞潮售，每點擊一處痊项，則該細胞處會被標記成相應的數(shù)值1。如下圖所示酥诽。
（5）當選擇另一種細胞時鞍泉，需要換到Type2，同樣的點擊圖中細胞肮帐，被計數(shù)的細胞會被標記上2咖驮。若是有點錯的，可以通過remove撤回上一步操作训枢，delete則是消除全部標記托修。
（6）當所有計數(shù)結束后，點擊Results查看計數(shù)結果恒界，并可通結果表的file鍵輸出計數(shù)結果睦刃。如下圖所示。
03? ??Image J自動計數(shù)
手動計數(shù)的適用范圍較小十酣，自動計數(shù)更加貼近我們的科研日常涩拙。并且自動計數(shù)不需要使用插件。
自動計數(shù)首先需要將彩色圖片轉換為灰度圖耸采。
（1）首先確認Image J已經(jīng)設置了計數(shù)時采用灰度圖兴泥，如下↓
（2）點擊Image→Type→16-bit，將圖片轉換為灰度圖虾宇。
（3）使用快捷鍵“ctrl+shift+T”打開控制滑塊搓彻。通過拖動滑塊，將目標元素全部填滿紅色，而背景則越干凈越好好唯，減少計數(shù)誤差竭沫，其它設置可默認∑锔荩或者可以點擊set鍵設置一個范圍，這樣也會比較方便森书，但前提是你的這批圖片染色程度要盡量均勻一致靶端。
如果你想要做的更精細，那么你需要從一開始就將重疊在一塊的細胞分割或者將依然未填滿的細胞填充凛膏。適當參考一下Image J官方教程杨名，貼上鏈接。
http://rsbweb.nih.gov/ij/docs/index.html
（3）首先確認一下你的圖片是以像素為單位的猖毫，快捷鍵“Ctrl+shift+P”查看一下台谍，若不是則修改，方便下一步吁断。然后點擊Analyze →Analyze Particles趁蕊，其中0-無窮大的單位是像素，因此仔役，我們可以通過手動設置一個閾值來過濾掉圖中一些很小的雜點掷伙，提高精確度。
其它選項的設置又兵，小編建議如下任柜。但你還是需要根據(jù)自己的圖片特點來勾選，這直接決定了最后數(shù)據(jù)的精確性沛厨。
（4）需要說一點宙地，我們可以點擊show下拉鍵中的outline，來預覽圖中選定的對象逆皮。如果覺得不對宅粥，就修改O-無窮大中的數(shù)值，或適當調(diào)整其它設置页屠，直到你滿意為止粹胯。
（4）最后自動輸出的結果如下。說明圖中共有109個目標元素辰企。
基本上风纠，Image J的計數(shù)方法已經(jīng)說完了，雖然初看起來比較繁瑣牢贸，但是使用熟練后還是比較方便的竹观，伙伴們可以自己動動手試試。
完結，撒花臭增！
