Linux環(huán)境下的軟件安裝
- 不同的生信實(shí)戰(zhàn)項(xiàng)目芬萍，需要定制conda的分身。
- conda相當(dāng)于Linux的應(yīng)用商店搔啊，日常生信使用小而精的miniconda即可柬祠，90%以上的軟件都能夠搜到。
安裝步驟
- 輸入命令
uname -a负芋，查看服務(wù)器是多少位的漫蛔。 -
cd ~/biosoft切換工作目錄至biosoft文件夾。 -
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh下載Miniconda旧蛾。 -
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh開始安裝程序莽龟。 -
source ~/.bashrc激活conda重要。 - 為加快下載軟件的速度锨天，使用清華鏡像毯盈。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
初次使用conda
-
conda list查看當(dāng)前所有軟件列表。 -
conda search fastqc搜索軟件fastqc病袄。 -
conda install fastqc -y安裝軟件奶镶，短選項(xiàng)-y表示自動(dòng)安裝迟赃。 - 如若需要指定版本號，可以
conda install fastqc=0.11.7 -厂镇。 -
conda remove fastqc -y卸載軟件纤壁。 -
conda info --envs查看當(dāng)前conda有哪些環(huán)境，前面帶*就是默認(rèn)的捺信。 -
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y如轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目酌媒，先建立名叫rna-seq的conda環(huán)境，指定python版本是3迄靠，同時(shí)安裝fastqc秒咨、trimmomatic兩個(gè)軟件。 -
conda activate rna-seq激活新的conda環(huán)境掌挚。 -
fastqc查看幫助信息確認(rèn)安裝是否成功雨席。
備注
- conda 環(huán)境，即conda environment吠式，不同生信項(xiàng)目需要不同的軟件或軟件的不同版本陡厘，為了相互獨(dú)立，避免干擾特占，需要配置不同的軟件環(huán)境糙置。這個(gè)環(huán)境就是conda環(huán)境。
- 軟件下載過程中網(wǎng)絡(luò)的穩(wěn)定至關(guān)重要是目。
- 安裝過程出現(xiàn)問題不要怕谤饭，有時(shí)重裝一次就成功了。
- Linux操作系統(tǒng)中的軟件懊纳，安裝后需要激活揉抵，這點(diǎn)和Windows不同。
