常用參考基因組數據庫

1逻澳、Ensembl

是由 European Bioinformatics Institute（EBI）與Wellcome Trust Sanger Institute（WTSI）共同合作開發(fā)的數據庫項目坦袍。涵蓋大量物種的參考基因組信息物遇，并且數據更新及時咨油，是參考基因組下載的好選擇滔金。

http://www.ensembl.org/index.html

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2解阅、NCBI

是National Centerfor Biotechnology Information的縮寫换吧，指美國國立生物技術信息中心。NCBI的全面和強大甲抖，相信大家都深有感觸漆改，NCBI在參考基因組信息分享上同樣表現出色。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/howto/submit-sequence-data

3准谚、UCSC能查找到的數據有限挫剑，使用率比不上前兩個數據庫。

http://genome.ucsc.edu

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4柱衔、Private Database在以上數據庫查找不到的參考基因組樊破，還可以嘗試一些Private Database愉棱。例如JGI（Phytozome），可用于植物參考基因組的查找哲戚。

http://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

5奔滑、FlyBase

對于模式生物，一些比較個性化的網站也非常實用顺少。例如 FlyBase 朋其， 整合了果蠅遺傳和基因組數據，并提供了基因和分子水平的檢索和可視化脆炎，目前網站的 Beta 版本也已經上線梅猿。

http://flybase.org/

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補充

分享一下常用物種的參考基因組數據下載網址：

illumina的iGenomes打包了各物種齊全的參考數據信息：

https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html

三大基因組數據庫基因組各種版本對應關系（生信菜鳥團博客）：

http://www.bio-info-trainee.com/1469.html

查找參考基因組方法

不同數據庫下載的基因組數據略有差異，主要是體現在版本的編號秒裕，序列id的命名等袱蚓，但在編碼序列上是一致的。另外几蜻，不同數據庫提供的注釋文件格式不同喇潘，在進行格式轉換時，要保證基因組的版本號一致梭稚。這里簡單介紹舉例幾種方法：

1.Ensemble：

適用于動物參考基因組查找响蓉，網站也包括動物、植物及真菌基因組等哨毁；

第一種方法：

（1）進入Ensembl數據庫是這樣的：

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（2）點擊View full list of all Ensembl species枫甲，進入以物種名稱排序的數據列表：

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（3）如果列表中含有目標物種，可直接點擊名稱進入扼褪；如沒有目標物種想幻，需要在空白框“Filter”中輸入物種英文名。例如輸入“dolphin”话浇，將會篩選留下該物種的數據信息脏毯，界面如下：

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（4）點擊物種名稱，進入如下界面：

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（5）點擊Download DNA sequences（FASTA）幔崖，現在進入的就是參考基因組的下載頁面啦食店！

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后綴為toplevel.fa.gz的壓縮文件，即為我們要下載的該物種全基因組序列赏寇，點擊即可馬上下載吉嫩，該數據可直接用于該物種的重測序研究。

第二種方法

通過Downloads進入：如果您想要一次下載多個參考基因組數據嗅定，那么建議選擇第二種方法自娩。

（1）首先進入Ensembl數據庫，找到Downloads：

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（2）然后點擊Downloads渠退，進入如下頁面：

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（3）點擊右側的“Download data via FTP”忙迁，進入FTP Download界面：

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（4）點擊FTP site脐彩，進入ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 的索引頁面，我們現在已經離參考基因組越來越近啦姊扔！

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下拉惠奸，可以看到有多個參考基因組數據版本可供選擇，不同版本之間差異微小恰梢。

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（5）我們以release-79版本為例晨川，進行介紹。點擊release-79删豺， 出現如下界面：

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（6）點擊fasta，進入ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-79/fasta/的索引頁面愧怜，會出現以不同物種拉丁名命名的文件包呀页。

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（7）點擊您感興趣的物種，進入該物種的文件包拥坛∨畹可根據您的需求選擇數據，如果打算進行重測序研究猜惋，則點擊進入dna文件包丸氛。

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（8）后綴為toplevel.fa.gz的壓縮文件，即為我們要找的該物種全基因組序列著摔，點擊即可馬上下載缓窜，該序列可直接用來進行后續(xù)的重測序研究。

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2.JGI（Phytozome）

適用于植物參考基因組查找谍咆，網站也包括動物等其他物種禾锤，這個網站植物基因組更新比較快，動物基因組更新較慢

（1）打開網址：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#摹察；點擊“species”（如下圖）或者點擊紅色框中的圖片恩掷，再輸入基因序列號即可查找到序列:

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（2）植物有參考基因組的物種數不是很多，直接在species中也可以查看供嚎，可不需要搜索黄娘。如果這個網站沒有對應的參考基因組，則需要去NCBI上試試看克滴。

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（3）點擊download下載數據：

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PS：這個數據也可以進行一些其他的分析逼争，如下圖：

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小結

動物和植物的參考基因組查找就講完了，以上兩個網站基本包括了目前已有參考基因組的物種劝赔，如還想確認氮凝，可進入NCBI查詢。

3.NCBI查詢

這種方法也比較簡單望忆，下拉框中選擇“Genome”罩阵，在搜索框中輸入物種名竿秆，根據得到的結果選定你需要的基因(紅色框標記內容)，打開查看或者下載就好了稿壁。

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參考文章：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mid=2247484413&idx=1&sn=e6371faadd979fad48cd0e01cdd157e3&scene=21#wechat_redirect