? ? ? ? 最近在分析sQTL，用到了一款軟件叫LeafCutter，?這個軟件在做的第三步鑒定Differential Splicing時锯蛀，是用封裝好的leafcutter包來進行后續(xù)分析的价说。至此歹啼，我就開始了一個很crushing的安裝過程。

? ? ? ? 原軟件的安裝過程參見https://davidaknowles.github.io/leafcutter/articles/Installation.html晋涣。

1仪媒、安裝rstan包

? ? ? ? Stan是由哥倫比亞大學應(yīng)用統(tǒng)計系的研究人員在2012年開發(fā)的一款基于貝葉斯統(tǒng)計的計算軟件。由C++編譯而來的Stan谢鹊，可在Windows算吩、Linux、Mac平臺進行安裝佃扼，而且它提供了不同語言的接口偎巢，如R、Python兼耀、Matlab压昼、Julia、Scala等翠订，但目前大多數(shù)Stan使用者及資源來自R社群巢音。

? ? ? ? 首先在服務(wù)器上進行安裝，基于RedHat內(nèi)核尽超。

module load r

R

install.packages("rstan")

運行一段時間后報錯官撼，c++14 standard requested but cxx14 is not defined windows

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于是按照官網(wǎng)給的安裝提示進行排查（https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/RStan-Getting-Started），如下添加dotR<-file.path(Sys.getenv("HOME"),".R")

if(!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)

M<-file.path(dotR, ifelse(.Platform$OS.type=="windows","Makevars.win","Makevars"))

if(!file.exists(M)) file.create(M)

cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native",if( grepl("^darwin",R.version$os))"CXX14FLAGS += -arch x86_64 -ftemplate-depth-256"elseif(.Platform$OS.type=="windows")"CXX11FLAGS=-O3 -march=corei7 -mtune=corei7"else"CXX14FLAGS += -fPIC",file=M,sep="\n",append=TRUE)

M<-file.path(Sys.getenv("HOME"),".R",ifelse(.Platform$OS.type=="windows","Makevars.win","Makevars"))

file.edit(M)

之后再添加CXX14=g++似谁，保存傲绣，運行

install.packages("rstan",repos="https://cloud.r-project.org/",dependencies=TRUE)

但依舊報錯c++14 standard requested but cxx14 is not defined windows。

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于是又開始排查巩踏，發(fā)現(xiàn)rstan網(wǎng)站上安裝時用的是gcc 4.9（https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Linux）秃诵，而在服務(wù)器上的gcc?版本是4.8（cat /proc/version），因此對gcc進行了升級安裝（在https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/文件夾下選擇下載）塞琼。由于是非root用戶菠净，只能在自己的目錄下安裝，安裝過程如下：

cd /home/myname/software/

tar -zxvf gcc-4.9.4.tar.gz

cd gcc-4.9.4/

./contrib/download_prerequisites

mkdir gcc_compile

cd gcc_compile/

../configure --disable-checking --enable-languages=c,c++ --disable-multilib --prefix=/home/myname/software/gcc-4.9.4/gcc_compile --enable-threads=posix

make -j12

make install

g++ -v

之后再安裝仍舊未成功

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再搜索彪杉，參考https://medium.com/@samstatsinn/r-and-stan-%E5%AE%89%E8%A3%9D%E8%88%87%E8%A8%AD%E5%AE%9A-f63b764279a7中的linux部分對Makevars進行再次編輯毅往，但是仍出錯

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接著搜索，最后在這個網(wǎng)站又找到了一個提示（https://discourse.mc-stan.org/t/rstan-installation-on-rhel-6/6558/8）派近，即在Makevars中添加CXX14 = g++ -std=c++1y攀唯，照做。最終Makevars的內(nèi)容為

CXXFLAGS=-O3 -mtune=native -march=native -Wno-unused-variable -Wno-unused-function -Wno-macro-redefined

CXXFLAGS+=-flto -Wno-unused-local-typedefs

CXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC

CXX14=g++ -std=c++1y

保存渴丸，運行install.packages("rstan",repos="https://cloud.r-project.org/",dependencies=TRUE)侯嘀，仍舊有錯誤另凌，但這次的錯誤不一樣，

unable to load shared object '/home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rstan/libs/rstan.so':

/usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found (required by /home/myname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rstan/libs/rstan.so)

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google一下“version glibcxx_3.4.20' not found (required by”的錯誤戒幔。按照https://itbilu.com/linux/management/NymXRUieg.html上的進行查看吠谢。

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC之后的確在系統(tǒng)路徑中沒有找到GLIBCXX_3.4.20，但在自己目錄下安裝的gcc文件夾中是有的诗茎。

cd?/home/myname/software/gcc-4.9.4/gcc_compile/lib64

ls ##發(fā)現(xiàn)libstdc++.so.6.0.20

strings libstdc++.so.6 | grep GLIBC ##發(fā)現(xiàn)GLIBCXX_3.4.20

于是按照官網(wǎng)的提示（https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Linux的Special Note: CentOS 7.0部分）囊卜，退出R，并將export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:/usr/lib:/usr/local/lib64:/usr/lib64改為export LD_LIBRARY_PATH=/home/myname/software/gcc-4.9.4/gcc_compile/lib64错沃，然后打開R栅组，運行install.packages("rstan",repos="https://cloud.r-project.org/",dependencies=TRUE)

至此，linux上的rstan安裝成功枢析。

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最近又出現(xiàn)了新的問題玉掸。前段時間由于需要重新安裝了一版R，把之前的文件覆蓋掉了醒叁，rstan和leafcutter都不可以用了司浪。下面是安裝過程。

export LD_LIBRARY_PATH=/home/myname/software/gcc-9.1.0/gcc_compile/lib64把沼，然后打開R啊易，運行install.packages("rstan",repos="https://cloud.r-project.org/",dependencies=TRUE)

之后出現(xiàn)了下問題。g++: error: unrecognized command line option ‘-std=gnu++14’饮睬。這是由于系統(tǒng)默認的gcc版本太低租谈，只有4.8.5（gcc --version，或者在R下system('g++ -v')查看）捆愁，但安裝rstan需要更高版本割去，而之前已經(jīng)在自己的home目錄下安裝了新版本gcc，現(xiàn)在只需要在安裝的時候指定gcc的版本即可昼丑，此時就需要更改R的配置文件呻逆。即更改/home/.R/Makevars文件，更改后的內(nèi)容如下：

CXXFLAGS=-O3 -mtune=native -march=native -Wno-unused-variable -Wno-unused-function -Wno-macro-redefined

CXXFLAGS+=-flto -Wno-unused-local-typedefs

CXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC

CC=/home/myname/software/gcc-9.1.0/gcc_compile/bin/gcc

CXX=/home/myname/software/gcc-9.1.0/gcc_compile/bin/g++

保存后退出菩帝。

之后下載rstan包（https://cran.r-project.org/src/contrib/rstan_2.21.2.tar.gz）到/home/myname/software/R-3.6.2/library咖城。

現(xiàn)在開始安裝如下

cd?home/myname/software/R-3.6.2/library

/home/myname/software/R-3.6.2/bin/R CMD INSTALL rstan_2.21.2.tar.gz

安裝成功

過程中如果遇到00LOCK-*類似的問題，直接 cd /home/myanme/software/R-3.6.2/library下刪除

在windows上安裝rstan開始也有錯誤呼奢，但比較好解決宜雀。

參照官網(wǎng)即可，https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-from-source-on-Windows

在Mac上安裝完全沒問題控妻。

2州袒、安裝leafcutter包

首先是在服務(wù)器上

if (!require("devtools"))

install.packages("devtools", repos='http://cran.us.r-project.org')

devtools::install_github("stan-dev/rstantools")

沒問題揭绑，安裝成功

在windows上

比較坑的是弓候，需要的一個包doMC的新版本只能使用與Linux版的R郎哭，在windows上的R不適用，但是可以在https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/doMC/下到舊版的菇存，這里我下的是1.3.5夸研。下載下來存放到C:\Program Files\R\R-3.6.1\library下，然后從Rstudio里安裝依鸥。之后按以下步驟進行l(wèi)eafcutter的安裝即可亥至，注意中間要求是否更新，選擇不更新即可贱迟，或者直接回車姐扮。

if (!require("devtools")) install.packages("devtools", repos='http://cran.us.r-project.org')

devtools::install_github("stan-dev/rstantools")

devtools::install_github("davidaknowles/leafcutter/leafcutter")

在Mac上安裝完全沒問題

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總之，要注意的是需要修改Makevars.win中內(nèi)容衣吠，且windows和Linux下的內(nèi)容不一樣茶敏。

一般windows下Makevars.win文件存放在C:\Users\Myname\Documents\.R文件下，服務(wù)器上該文件存放于自己的根目錄下./R缚俏。