今天給大家分享幾種RNA和蛋白互作檢測(cè)的實(shí)驗(yàn)技術(shù)，實(shí)驗(yàn)方法在這里沒有詳細(xì)描述岖沛，只是讓大家對(duì)這幾種實(shí)驗(yàn)技術(shù)原理有個(gè)初步的認(rèn)識(shí)了解皂甘。感興趣的可以專門閱讀文獻(xiàn)去深入學(xué)習(xí)，下面我們來看下這幾種實(shí)驗(yàn)技術(shù)凭迹。
一、RIP
RIP技術(shù)（RNA Binding Protein Immunoprecipitation苦囱，RNA結(jié)合蛋白免疫沉淀）嗅绸，是研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白結(jié)合情況的技術(shù)。
簡而言之沿彭，RIP是在已知蛋白的情況下朽砰，利用目標(biāo)蛋白的抗體，把蛋白和RNA復(fù)合物一起沉淀下來喉刘，然后經(jīng)過分離純化獲得結(jié)合在復(fù)合物上的RNA瞧柔，最后通過microarray（RIP-Chip），定量RT-PCR或高通量測(cè)序（RIP-Seq）方法來鑒定睦裳。
如下圖顯示的就是通過RIP技術(shù)造锅，獲得RNA后，進(jìn)行的qPCR分析廉邑。
二哥蔚、RNA pull-down
RNA pull-down是檢測(cè)RNA結(jié)合蛋白與其靶RNA之間相互作用的主要實(shí)驗(yàn)手段之一倒谷。RNA pull-down使用體外轉(zhuǎn)錄法標(biāo)記生物素RNA探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育糙箍，形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物渤愁。該復(fù)合物可與鏈親和素標(biāo)記的磁珠結(jié)合，從而與孵育液中的其他成分分離深夯。復(fù)合物洗脫后抖格，通過Western Blot實(shí)驗(yàn)檢測(cè)特定的RNA結(jié)合蛋白是否與RNA相互作用。
簡而言之咕晋，就是已知RNA雹拄，去獲得未知的RNA結(jié)合蛋白的過程。
三掌呜、CLIP
Clip(crosslinking-immunprecipitation)染色質(zhì)免疫沉淀滓玖，是一項(xiàng)體內(nèi)研究RNA分子與RNA結(jié)合蛋白相互作用的革命性技術(shù)。其主要原理是基于RNA與其相應(yīng)的RNA結(jié)合蛋白會(huì)在紫外照射下會(huì)發(fā)生共價(jià)結(jié)合质蕉，以RNA結(jié)合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白復(fù)合物沉淀之后势篡，回收其中的RNA片段，進(jìn)行qRT-PCR檢測(cè)或測(cè)序分析饰剥。
四殊霞、RNA-蛋白FISH（?免疫熒光原位雜交技術(shù)）
用已知的熒光標(biāo)記單鏈核酸為探針摧阅，按照堿基互補(bǔ)的原則汰蓉，與待檢材料中未知的單鏈核酸進(jìn)行異性結(jié)合，形成可被檢測(cè)的雜交雙鏈核酸棒卷，然后用目的蛋白抗體與細(xì)胞進(jìn)行孵育顾孽，用帶熒光標(biāo)記的二抗孵育檢測(cè)細(xì)胞內(nèi)RNA和蛋白的表達(dá)和互作定位。
如下圖比规，XIST為lncRNA若厚，TAF15為RBP，黃色部分是XIST和TAF15重合部分蜒什，可以發(fā)現(xiàn)lncRNA XIST與RNA結(jié)合蛋白TAF15之間存在著互作测秸。
