細(xì)胞內(nèi)的蛋白之間的相互作用關(guān)系能方便我們了解蛋白如何在細(xì)胞中以協(xié)調(diào)方式運(yùn)作埠对。PPI對(duì)單個(gè)蛋白功能至關(guān)重要络断，它能形成各種細(xì)胞通路，也參與疾病的發(fā)生發(fā)展项玛。PPI數(shù)據(jù)直接用于識(shí)別蛋白多聚復(fù)合體和預(yù)測(cè)蛋白功能妓羊，也可用于藥物設(shè)計(jì)。
到底是什么工具可以幫我們做PPI分析稍计？
String數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)在線(xiàn)搜索已知蛋白之間和預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)之間互作關(guān)系的數(shù)據(jù)庫(kù)。它除了包含有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)裕循、從PubMed摘要中挖掘的結(jié)果和綜合其他數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)外臣嚣，還利用了生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)的結(jié)果净刮。
那String數(shù)據(jù)庫(kù)可以做什么樣的研究呢？
可參閱這篇去年印度的科研團(tuán)隊(duì)在《Bioinformation》在線(xiàn)發(fā)表的文章“Protein-Protein interaction network analyses of human WNT proteins involved in neural development”硅则，看摘要淹父，就能知道他們也曾利用過(guò)String數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘WNT3a, WNT5a 和?WNT7b各種數(shù)據(jù)信息，并分析這三種蛋白如何參與到人類(lèi)神經(jīng)細(xì)胞發(fā)育的怎虫。
https://doi.org/10.6026/97320630015307
接下來(lái)小編將給大家簡(jiǎn)要介紹String數(shù)據(jù)庫(kù)如何使用暑认。
我們可以通過(guò)蛋白名稱(chēng)、蛋白序列大审、蛋白家族等方式進(jìn)行搜索蘸际。下面以“人源BAI3蛋白”為例：
首先在這里輸入“bai3”，再點(diǎn)擊“搜尋”徒扶。
頁(yè)面跳轉(zhuǎn)后粮彤，你會(huì)看到不同來(lái)源的bai3，有人類(lèi)姜骡、鼠類(lèi)导坟。這里要搜尋“人源bai3蛋白”，于是小編這樣選擇圈澈。
頁(yè)面就出現(xiàn)了一個(gè)網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)圖惫周，這代表著bai3蛋白同時(shí)與CQ1L3、ELMO1等蛋白具有相互作用關(guān)系康栈。圖中每個(gè)節(jié)點(diǎn)代表一個(gè)蛋白递递，在默認(rèn)情況下節(jié)點(diǎn)的顏色分為紅色和白色，紅色代表你要查詢(xún)的蛋白谅将，白色代表與查詢(xún)蛋白具有互作關(guān)系的其他蛋白漾狼。然而String會(huì)根據(jù)與蛋白互作關(guān)系的分值對(duì)顏色進(jìn)行映射。而不同顏色的線(xiàn)代表著蛋白與蛋白之間是如何相互作用的饥臂，如融合在一起逊躁、相鄰靠在一起、共表達(dá)等隅熙。
在“Legend”頁(yè)面稽煤，可以看到每個(gè)蛋白的顏色和其對(duì)應(yīng)的分值，以及每個(gè)蛋白的功能囚戚。示意圖如下：
還可直接點(diǎn)擊圓圈節(jié)點(diǎn)酵熙，就能看到蛋白的具體信息，如下圖：
點(diǎn)擊圓圈之間的線(xiàn)驰坊，就能知道兩種蛋白之間的互作關(guān)系匾二。如下圖：
在“Export”頁(yè)面，你可以導(dǎo)出相互作用網(wǎng)絡(luò)的圖片，支持PNG察藐、SVG格式皮璧，也可導(dǎo)出對(duì)應(yīng)的相互作用的表格和蛋白序列、注釋等信息分飞，如下圖：
若你想了解同行有沒(méi)有做過(guò)跟bai3有關(guān)的研究悴务，你還可點(diǎn)擊這個(gè)，進(jìn)一步閱讀譬猫。
如你有多個(gè)感興趣的目標(biāo)蛋白讯檐，想查看它們之間的互作關(guān)系，可以在搜索界面選擇多個(gè)蛋白進(jìn)行搜索染服。
需要注意的是别洪，如果我們輸入的是單個(gè)蛋白質(zhì)名稱(chēng)，數(shù)據(jù)庫(kù)將會(huì)輸出與該蛋白質(zhì)互作的所有蛋白質(zhì)的互作圖肌索；但如果我們一次輸入多個(gè)蛋白質(zhì)名稱(chēng)或者序列蕉拢，數(shù)據(jù)庫(kù)將只輸出蛋白質(zhì)之間的互作網(wǎng)絡(luò)圖。
今天就介紹到這里诚亚，希望能幫大家用生信方法做SCI論文晕换。
