structure軟件使用

PCA和進化樹雖然也可以分析群體結(jié)構(gòu)赐劣，但是一些細節(jié)的信息無法做出判斷嫉拐，這時候就需要單獨的對群體結(jié)構(gòu)進行一個解讀了怀骤。

  • 在做structure的時候冤馏，用全部的SNP做好，還是隨機抽樣5000SNP做好一些敬矩？
    實際上你看structure軟件說明咐汞，structure分析的時候最好是用非連鎖標(biāo)記盖呼，所以用全基因組用structure標(biāo)記是有問題的。所以化撕，應(yīng)該隨機抽樣部分標(biāo)記進行分析才是正確的几晤。另外structure運算過程非常慢，如果用全部SNP分析需要算非常長時間植阴。因為選擇的SNP是獨立的位點蟹瘾，所以需要先分析LD衰減值，在進行分析掠手。

參考：
fastStructure
Structure Software
群體結(jié)構(gòu)分析軟件Structure了解和使用
Structure Harvester
我是structure醬憾朴，一個集美貌與智慧于一身的圖形
群體結(jié)構(gòu)分析之Structure 篇完整版
文獻: Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study.

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