Aspera及SRAToolkit的安裝運行

一：Aspera的安裝
1.建立安裝文件夾

mkdir ~/Biosofts
cd ~/Biosofts

2.下載源代碼
wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
3.解壓
tar zvxf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
4.加入shell腳本
sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh
5.測試Aspera是否安裝成功
~/.aspera/connect/bin/ascp -h

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6.配置環(huán)境變量
echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
7.測試Aspera路徑是否成功加入環(huán)境變量
ascp -h

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二：SRAToolkit的安裝
1.下載源代碼到Biosofts
wget -P ~/Biosofts/ https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
2.解壓
tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts
3.測試安裝是否成功
~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h

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4.配置環(huán)境變量
echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
5.再次測試安裝是否成功
fastq-dump

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三：Aspera下載SRA文件
1.建立Seqs文件夾保存下載序列
mkdir ~/Seqs
2.下載SRA文件到Seqs文件夾
ascp -T -i /home/huangxun/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/

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3.批量下載
nano ~/Seqs/sra_list.txt
/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR623/SRR6232298/SRR6232298.sra
/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR623/SRR6232299/SRR6232299.sra
按ctrl+x保存退出
4.批量下載sra_list.txt列表中的文件
ascp -T -i /home/huangxun/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -l 200m --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp --file-list ~/Seqs/sra_list.txt ~/Seqs/

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四：prefetch命令下載SRA文件
1.下載單個文件
prefetch SRR6232298

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2.下載多個文件
prefetch --option-file Seqs/SRR_lists.txt

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五：解壓SRA文件
1.解壓為gz文件属提，節(jié)省空間
fastq-dump --split-files ~/ncbi/public/sra/SRR6232298.sra

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2.批量解壓

#!/bin/sh
for i in *sra
do
echo $i
fastq-dump --gzip --split-files $i
done

Fastqc安裝及運行

一：java環(huán)境安裝
1.建立/usr/java目錄
sudo mkdir /usr/java
2.解壓
sudo tar -zvxf ~/Biosofts/jdk-8u172-linux-x64.tar.gz -C /usr/java/
3.相關目錄建立軟連接

sudo cd /usr/java
sudo ln -s jdk1.8.0_172 latest
sudo ln -s /usr/java/latest default

4.配置環(huán)境變量

sudo echo 'export PATH=$JAVA_HOME/bin:$JAVA_HOME/jre/bin:$PATH'>> /etc/profile
sudo echo 'export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/dt.jar:$JAVA_HOME/lib/tools.jar'>> /etc/profile
source /etc/profile

5.測試是否安裝成功
java -version

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二：fastqc安裝
1.創(chuàng)建安裝文件夾
cd ~/Biosofts
2.下載
wegt http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
3.建立子目錄
mkdir ~/Biosofts/fastqc
4.解壓
unzip ~/Biosofts/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/
chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc
~/Biosofts/FastQC/fastqc -h
5.配置環(huán)境變量
echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc
source ~/.bashrc
6.檢測是否安裝成功
fastqc -h

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