SAS編程-ADaM:Efficacy Analysis Flag的兩種生成方法

臨床試驗(yàn)會(huì)針對Efficacy Endpoints進(jìn)行Efficacy分析浅辙,這些分析是針對特定的Efficacy Paramters丙笋。納入Efficacy分析的人群,通常是基線以及基線后至少一次訪視值不為空 (With non-missing values at baseline and at least on post-baseine visit)芦劣。

在SAP中,分析人群會(huì)有明確定義虚吟。在ADaM中寸认,會(huì)建立特定Flag變量來標(biāo)識(shí)每一個(gè)分析人群串慰。例如,F(xiàn)ull Analysis Set對應(yīng)參與隨機(jī)化或參與入組的人群模庐,對于符合條件的受試者油宜,變量FASFL賦值為“Y”掂碱。

1. Efficacy Analysis Flag說明

Efficacy分析是基于Parameter-Level的,即針對受試者的特定Paramter進(jìn)行疼燥。只要特定Paramter滿足,基線以及基線后至少一次訪視值不為空的條件蚁堤,就將受試者的這個(gè)Paramter納入分析。對于歷時(shí)較長或多階段試驗(yàn)披诗,Efficacy分析可能是分階段進(jìn)行。

基線值保存在Base變量中呈队,訪視檢測值保存在AVAL變量中剥槐,只要基線后訪視中宪摧,有一條記錄這兩個(gè)變量都不為空,即n(base, aval)=2或者chg ne .几于,該受試者的Paramter就滿足條件蕊苗,納入Efficacy分析。(chg = aval - base)

以一個(gè)3期試驗(yàn)舉例沿彭,該試驗(yàn)主體研究為3年時(shí)間朽砰,對應(yīng)的訪視值A(chǔ)VISIT為Baeline、Month 12、Month 24瞧柔、Month 36熔掺,對應(yīng)的AVISITN為0、12非剃、24置逻、36,生成4個(gè)Efficacy Flag:

  • EFFPFL: Efficacy Parameter-Level Flag
  • EPM12FL: Eff Parameter-Level Flag at Month12
  • EPM24FL: Eff Parameter-Level Flag at Month24
  • EPM36FL: Eff Parameter-Level Flag at Month36

這篇文章介紹兩種生成Efficacy Analysis Flag的方法备绽,分別使用Data步和Proc SQL進(jìn)行實(shí)現(xiàn)券坞。

2. 方法1:Data步

獲取Efficacy Analysis Flag的整體思路是,在per usubjid per paramcd的維度下肺素,篩選出基線后訪視AVAL和BASE值都不為空的記錄恨锚,將對應(yīng)的Flag賦值為“Y”,然后再將Flag拼接回原數(shù)據(jù)集中倍靡。

Efficacy分析只會(huì)針對特定的Paramter猴伶,SAP中會(huì)規(guī)定好,一般也都有具體條件進(jìn)行篩選塌西,例如parcat1 = "XXXXX"他挎,paramcd in ("XX1" "XX2" "XX3"),舉例代碼中就不再演示捡需。

Data 步實(shí)現(xiàn)的思路是办桨,篩選出符合條件的USUBJID-PARAMCD組合,為其賦上對應(yīng)的Flag站辉,然后去重呢撞,最后拼接回?cái)?shù)據(jù)集。

演示代碼如下:

**effpfl;
data effpfl;
  set adxx;
  where avisitn > 0 and chg ne.;
  effpfl = "Y";

  keep usubjid paramcd effpfl; 

  proc sort nodupkey;
    by usubjid paramcd;
run;

**epm12fl;
data epm12fl;
  set adxx;
  where 0<avisitn<=12 and chg ne.;
  epm12fl= "Y";

  keep usubjid paramcd epm12fl; 

  proc sort nodupkey;
    by usubjid paramcd;
run;

**epm24fl;
data epm24fl;
  set adxx;
  where 0<avisitn<=24 and chg ne.;
  epm12fl= "Y";

  keep usubjid paramcd epm24fl; 

  proc sort nodupkey;
    by usubjid paramcd;
run;

**epm36fl;
data epm24fl;
  set adxx;
  where 0<avisitn<=36 and chg ne.;
  epm36fl= "Y";

  keep usubjid paramcd epm36fl; 

  proc sort nodupkey;
    by usubjid paramcd;
run;

**Combine flags above;
data adxx1;
  merge adxx effpfl epm12fl epm24fl epm36fl;
  by usubjid paramcd;
run;

整個(gè)過程饰剥,看起來長了些殊霞,但是條理清晰,容易理解汰蓉。

3. 方法2:Proc SQL

獲取Efficacy Analysis Flag的整體思路肯定不會(huì)變绷蹲,但是基于自身語法的特性,SQL實(shí)現(xiàn)起來比較簡潔古沥。

主體程序依舊是左拼接瘸右,只不過各個(gè)Flag的生成聚合在子查詢中,通過group by以及聚合函數(shù)max實(shí)現(xiàn)了去重的功能岩齿。

proc sql noprint;
  create table adxx2 as
    select a.*, b.effpfl, b.epm12fl, b.epm24fl, b.epm36fl
    from adxx as a
      left join
    (
        select usubjid, paramcd, "Y" as effpfl,
          max(case when avisitn<=3012 then "Y" else " " end) as epm12fl,
          max(case when avisitn<=3024 then "Y" else " " end) as epm24fl,
          max(case when avisitn<=3036 then "Y" else " " end) as epm36fl
      from adxx
      where avisitn > 0 and chg ne.
      group by usubjid, paramcd

    ) as b

    on a.usubjid = b. usubjid and a.paramcd = b.paramcd
    group by a.usubjid, a.paramcd, a.avisitn
  ;
quit;

若只生成EFFPFL變量太颤,子查詢中需添加distinct選項(xiàng)去重。因?yàn)閷τ诒A粝聛淼腅FFPFL記錄盹沈,值都為“Y”龄章,聚合函數(shù)會(huì)直接保留 1條記錄吃谣,沒有聚合函數(shù),就需要添加去重選項(xiàng)岗憋。

SQL程序,濃縮簡潔仔戈,易讀性上差了點(diǎn)。

這里注意一個(gè)小點(diǎn)监徘,這個(gè)點(diǎn)不常遇到,SQL拼接生成新變量時(shí)吧碾,新變量名不能在原數(shù)據(jù)中存在,如果存在會(huì)造成賦值失敗户敬。

總結(jié)

文章介紹了Efficacy Analysis Flag,以及對應(yīng)的兩種生成方式——Data步和Proc SQL尿庐。兩種方法添履,各有特點(diǎn),編程時(shí)按自己喜好使用暮胧。

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