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2020年1月的4分左右的生信文章，發(fā)表在[Front Oncol.]莫辨。期刊收費 A類文章US$ 2,490
摘要
由于目前尚無治愈性療法，因此對于轉移性卵巢癌和基底樣乳腺癌的新療法存在未滿足的需求毅访。免疫療法已在多種實體瘤中表現出活性沮榜，但在確實存在預先激活的免疫狀態(tài)的腫瘤中尤其如此。在這項工作中喻粹，我們旨在鑒定可以區(qū)分免疫激活的腫瘤并預測對卵巢和基底樣乳腺癌的治療反應以及它們與腫瘤免疫浸潤水平的關系的生物標志物蟆融。我們發(fā)現在晚期卵巢癌中，IFNG守呜，CD30型酥，CXCL13和PRF1的聯合表達與更好的總生存期（OS）相關。
使用來自TCGA的獨立數據集證實了這一點弛饭。有趣的是，我們觀察到該基因組合還預測了具有低突變負荷的卵巢腫瘤的更好預后萍歉，該突變負荷通常對免疫療法的反應較小侣颂。 IFNG，CD30枪孩，CXCL13和PRF1的表達與腫瘤內免疫浸潤液（CD8 + T細胞憔晒，樹突狀細胞和嗜中性粒細胞）的水平升高有關藻肄。此外，我們發(fā)現這些基因標記還與基底樣乳腺癌中的OS升高和腫瘤免疫浸潤（B細胞拒担，CD8 + T細胞嘹屯，CD4 + T細胞，嗜中性粒細胞和樹突狀細胞）水平升高相關从撼≈莸埽總之，我們的分析確定了具有識別免疫激活的卵巢癌和基底樣乳腺癌的潛力的基因特征低零，這些癌癥的預后良好婆翔，并且在低突變負荷的腫瘤中具有顯著的預測能力。提出的結果導致提出了一個假設掏婶，但需要前瞻性臨床研究來支持潛在的臨床應用啃奴。
實驗方法
- 驗證的轉錄組免疫特征
使用了先前描述的三個基因集，即IFN雄妥，擴展的免疫基因標記最蕾，細胞毒性T淋巴細胞（CTL）標記以及HLA-A和HLA-B基因作為 他們已將其與預后相關聯，以研究組成不同特征的基因與卵巢癌和基底樣乳腺癌患者臨床結果的關系老厌。
2.分析（KM）繪圖的結果分析
KM Plotter在線工具（http://www.kmplot.com）是一個公開可用的數據庫瘟则，用于研究已驗證的免疫特征中不同基因的表達與卵巢癌患者臨床結局之間的關系。
還挺好用
3.通過TIMER估計選擇的基因的表達與腫瘤浸潤免疫細胞的關聯
通過腫瘤免疫估計資源（B細胞梅桩，CD4 + T細胞壹粟，CD8 + T細胞，樹突狀細胞宿百，巨噬細胞和嗜中性粒細胞）與所選基因表達之間的關聯進行分析 TIMER）平臺趁仙，這是一個網絡服務器，其中包含TCGA中提供的10,897種來自不同癌癥類型的樣本垦页。（https://cistrome.shinyapps.io/timer/
）
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結果分析
1.免疫特征選擇
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2.基于來自四個免疫特征的基因表達雀费，對卵巢癌I + II和III + IV期進行預后生存分析
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3.通過基因組合的方式預測卵巢癌III和IV期總生存期（OS）的關聯
發(fā)現基因組合是否能夠以更高的強度預測存活率
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4.基因組合對總階段的卵巢癌患者預測和低突變負荷的卵巢腫瘤生存率的關系
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5.IFNG，CXCL13痊焊，CD30和PRF1的表達與腫瘤免疫浸潤的相關性
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發(fā)現IFNG的表達水平與CD8 + T細胞的存在有關（part.cor = 0.311）和樹突狀細胞（part.cor = 0.203）; CXCL13的表達水平與CD8 + T細胞（part.cor = 0.339）盏袄，CD4 + T細胞（part.cor = 0.308），樹突狀細胞（part.cor = 0.358）和中性白細胞（part薄啥。 cor = 0.371）辕羽；最后，PRF1的表達水平與CD8 + T細胞（部分cor = 0.485）垄惧，樹突狀細胞（部分cor = 0.358）和中性粒細胞（部分cor = 0.357）的浸潤水平相關（圖4） 刁愿。對于CD30，我們發(fā)現其表達水平與所研究的任何人群（包括B細胞）的免疫浸潤水平均無關聯（圖4）到逊。
6.基因表達對基底樣乳腺腫瘤的預后分析和免疫浸潤水平影響
image.基底樣乳腺腫瘤的預后分析和免疫浸潤水平png
