這算是筆記笛求。。糕簿。探入。
- 前提是總vcf文件已經(jīng)用snpeff注釋過(guò)了
vcftools --gzvcf ../chicken.477.chr1Z.indel.zk.tc.zk.zs.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --recode-INFO-all --out sig.indel.vcf
vcftools --gzvcf ../chicken.477.chr1Z.indel.zk.tc.zk.zs.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --recode-INFO-all --stdout |grep -v "#" |cut -f8 |tr "|" "\t" |cut -f5|tr "-" "\n"|sort|uniq >ensebmlID