2021-06-11 EigenGWAS 用在哪里比較好

最近真的有點(diǎn)倒霉捞镰,骨折了,已經(jīng)躺了好多天毙替,所有的事情都暫停了下來(lái)岸售。

可能這就是命運(yùn)吧,讓我老老實(shí)實(shí)呆在家中厂画,哪里也去不了凸丸。

北京之行也直接中斷了,好在已經(jīng)把EigenGWAS的技術(shù)問(wèn)題解決了袱院。

目前來(lái)說(shuō)屎慢,EigenGWAS的發(fā)展進(jìn)入了一個(gè)新的時(shí)期瞭稼,理論部分已經(jīng)由陳老師全部證明完畢,數(shù)學(xué)上的解析解已經(jīng)沒(méi)有任何問(wèn)題了腻惠。自交环肘,異交群體的模型也全部構(gòu)建完成,師弟已經(jīng)把最新的版本更新到shiny上集灌,配合上命令行版的軟件悔雹,基本上所有的數(shù)據(jù)集都能分析了。

現(xiàn)在我發(fā)現(xiàn)在實(shí)際使用軟件的課題組遇到的問(wèn)題绝页,主要還是解釋上荠商。這其實(shí)是個(gè)復(fù)雜的問(wèn)題,不同的課題組研究對(duì)象不一樣续誉,材料群體數(shù)量不一樣莱没,很難統(tǒng)一一種方法。

EigenGWAS官方的稱呼是 非監(jiān)督遺傳選擇位點(diǎn)搜尋算法酷鸦。

顧名思義饰躲,首先這個(gè)軟件可以找到你研究群體中受到自然選擇的位點(diǎn),然后由于是非監(jiān)督的臼隔,我們不需要提前知道分組信息嘹裂。

其實(shí)就是這么樸素的思想,不需要過(guò)多地拓展摔握,當(dāng)然寄狼,在使用中,因?yàn)閿?shù)據(jù)質(zhì)量的問(wèn)題氨淌,很多組分析完之后泊愧,發(fā)現(xiàn)結(jié)果不滿足自己的預(yù)期,這其實(shí)也很正常的盛正,主要看你后續(xù)的分析思路和方法删咱,從哪個(gè)角度去寫(xiě)你的故事。

基本上我覺(jué)得豪筝,現(xiàn)在有群體數(shù)據(jù)的痰滋,都可以跑一下EigenGWAS,不要一定有很好的預(yù)期续崖,跑出結(jié)果過(guò)后敲街,再來(lái)仔細(xì)分析。

躺著打字太累了严望,先總結(jié)那么多多艇。

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