目標(biāo)
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
依然查看help界面的Protein domains
在上傳數(shù)據(jù)的時候我們發(fā)現(xiàn)多了按鈕箭跳，可以從PFAM上上傳數(shù)據(jù)寝并，evolview使用的標(biāo)簽名必須與PFAM的URL API 是一樣的
手動上傳
示例數(shù)據(jù)
KLF9_HUMAN 244 189,212,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,5.4e-05,32.80 159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,0.0036,27.00
tab分割
第一列，基因名，第二列，長度剩拢，第三列（189,212,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,5.4e-05,32.80），結(jié)構(gòu)域信息，用逗號分割禁熏，一共有八個內(nèi)容，如果有多個結(jié)構(gòu)域邑彪，就用空格添加多個
其實結(jié)構(gòu)與信息也不用全部加上瞧毙，這樣的例子也可以
159,186
159,186,WD40
159,186,WD40,Pfam-A
159,186,,Pfam-A
159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465 中間有內(nèi)容缺失要補(bǔ)上逗號
159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,,0.0036,27.00
159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,0.0036,27.00
還有一些對輸出圖形的屬性更改
使用示例數(shù)據(jù)作圖
成品圖
可以看到我沒有添加group和color，系統(tǒng)會自動給我分類并用不同的顏色顯示
還有個方法寄症，我們可以去看示例數(shù)據(jù)的圖比如DEMOS下的protein domains
查看該進(jìn)化樹的protein domain信息宙彪，可以為我們的作圖提供幫助
其他的進(jìn)化樹美化方法可以自己去參考help界面尋找?guī)椭?/p>
轉(zhuǎn)載請注明：周小釗的博客>>>進(jìn)化樹+蛋白結(jié)構(gòu)域
