1.進入UCSC官網(wǎng)（
577d17fcefb881ba31e31fdae6b57889.png
2.進入table browser工具后進行選擇：
8db70d1f5087dd644d12c0ad319d64a3.png
track里可以選擇NCBI RefSeq或者UCSC gene疾掰，這里選了NCBI
group一般不變
table里如果track選擇NCBI RefSeq，這里就選擇RefSeq礁凡；如果track選擇UCSC gene，這里就選knownGene
output format根據(jù)自己的需求選擇
file type returned這里選gzip compressed渗钉，這樣就可以下載到壓縮包格式的輸出文件筋蓖。選text則下載文本格式。
output file一定要寫上一個文件名字祠饺，如果為空則后面無法下載，而只能在瀏覽器上查看昭灵。
最后點擊get output即可吠裆。
2df16c548c93dfa3ff7451723384edb4.png
這里我選擇了它默認的whole gene伐谈。點擊get bed即可開始下載文件。下載完成后拖到服務器试疙。
或者使用鏈接下載
hg38
#下載地址诵棵，下載refFlat.txt.gz
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/refFlat.txt.gz
#轉(zhuǎn)為bed文件
zcat refFlat.txt.gz | awk '{print $3"\t"$5"\t"$5"\t"$2"\t"$1"\t"$4}' > hg38.tss.bed
hg19
#下載地址，下載refFlat.txt.gz
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refFlat.txt.gz
#轉(zhuǎn)為bed文件
zcat refFlat.txt.gz | awk '{print $3"\t"$5"\t"$5"\t"$2"\t"$1"\t"$4}' > hg19.tss.bed
