我的生信之路--linux安裝和基本配置

? ? ? ? 計(jì)算機(jī)和人工智能的快速發(fā)展,加之新的測(cè)序技術(shù)的革新和成本的下降崇决,生命科學(xué)和計(jì)算機(jī)科學(xué)的交融也越來(lái)越密切缭裆。谷歌的alphafold已經(jīng)揭示了蛋白質(zhì)的折疊密碼,被稱之為解密了上帝的最后一層面紗渤昌。從DNA序列虽抄,到RNA序列走搁,到密碼子的發(fā)現(xiàn)和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的解析。生命科學(xué)領(lǐng)域里迈窟,人工智能和計(jì)算機(jī)科學(xué)的應(yīng)用不斷加強(qiáng)私植。生信這門功課,做生物這塊的不學(xué)车酣,似乎有點(diǎn)舉步維艱了曲稼。

??????? 按照自己的學(xué)習(xí)路徑,用簡(jiǎn)書(shū)把學(xué)習(xí)的過(guò)程和體會(huì)記錄下來(lái)湖员,一方面方便自己回頭看贫悄,另一方面也是為后來(lái)人留點(diǎn)不用走彎路的點(diǎn)子,我的生信之路娘摔,前面都會(huì)是非痴梗基礎(chǔ)的內(nèi)容,也希望自己以后不要犯這些簡(jiǎn)單的錯(cuò)誤晰筛。

??????? 學(xué)習(xí)生信嫡丙,第一步就是安裝linux系統(tǒng)。

??????? linux在國(guó)內(nèi)用的最多的有兩個(gè)版本读第,一個(gè)是源自紅帽(Red hat)centos曙博,一個(gè)是可視化比較好的ubuntu。生信小白基本用的都是ubuntu怜瞒。下載地址可以直接去linux的官網(wǎng)下載(https://www.linux.org/pages/download/)父泳,或者上國(guó)內(nèi)的鏡像下載(清華鏡像:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/),我是在官網(wǎng)下載的ubuntu桌面版18.04.2(https://ubuntu.com/download/desktop)吴汪。不用國(guó)內(nèi)鏡像是因?yàn)椴粫?huì)用惠窄,哈哈。

?????? windows下安裝可以參考鏈接:https://tutorials.ubuntu.com/tutorial/tutorial-create-a-usb-stick-on-windows?_ga=2.181842407.1996168906.1561620142-889606199.1561620142#0

下載后準(zhǔn)備一個(gè)空的U盤漾橙,建議4G以上杆融,下載U盤系統(tǒng)建立工具Rufus(https://rufus.ie/)下載后打開(kāi)就能直接用,這個(gè)軟件小巧方便霜运。用Rufus制作好安裝U盤后脾歇,就可以準(zhǔn)備安裝ubuntu了。

如果是安裝雙系統(tǒng)淘捡,則需要在電腦的硬盤分出一個(gè)額外的區(qū)域(Win10的磁盤管理可以直接分區(qū))藕各,或者買一個(gè)新的硬盤(推薦固態(tài)硬盤)。然后重啟電腦焦除,再開(kāi)機(jī)的時(shí)候狂按F12激况,然后選擇U盤啟動(dòng),如果不行就自己百度看要怎么去進(jìn)入選擇開(kāi)機(jī)進(jìn)入系統(tǒng)的頁(yè)面了,有的電腦還需要在bios里面做一些更改乌逐,進(jìn)入bios則是在電腦啟動(dòng)時(shí)狂按F2(不同的電腦可能不一樣)竭讳。進(jìn)入之后選擇第一個(gè)是進(jìn)入U(xiǎn)盤的ubuntu系統(tǒng),第二個(gè)則是直接進(jìn)行安裝黔帕,具體的安裝唯一要注意的就是選擇安裝盤代咸,不要把自己windows下的數(shù)據(jù)給刪除了蹈丸。另外建議安裝時(shí)候選擇最小安裝成黄,這樣安裝起來(lái)比較快且不會(huì)裝一些用不到的軟件(比如辦公軟件等,因?yàn)檫@些可以換到windows下去做)逻杖》芩辏【安裝過(guò)程中如果選擇自己的硬盤分區(qū),我的是一共50G固態(tài)荸百,分區(qū)詳細(xì)為:1G efi(主分區(qū)闻伶,起始),8G交換空間(我的內(nèi)存是8G够话,交換空間一般和內(nèi)存一樣大)蓝翰,/ 分區(qū)10G(邏輯,起始女嘲,ext4)畜份,/urs 分區(qū)15G(邏輯,起始欣尼,ext4,用于安裝軟甲)爆雹,/home 剩下的全給了(邏輯,起始愕鼓,ext4,用于存放數(shù)據(jù))】

安裝完之后第一件事钙态,就是選擇更新源,更新源的方法比較簡(jiǎn)單菇晃。打開(kāi)電腦的livepatch册倒,選擇ubuntu軟件,點(diǎn)擊下面的下載自的下箭頭磺送,選擇其他站點(diǎn)(截圖是我已經(jīng)選擇了清華的鏡像)驻子。

點(diǎn)進(jìn)去后在中國(guó)的下拉欄里面選擇清華源。


點(diǎn)擊選擇服務(wù)器册着,然后點(diǎn)擊關(guān)閉拴孤,系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)更新下載。更新完之后打開(kāi)終端甲捏,輸入sudo apt-get update演熟。等待更新后就OK了。如果有軟件需要更新,再輸入 sudo apt-get upgrade就好了芒粹,一路Yes下去兄纺。

至此,生信入門第一步化漆,安裝linux系統(tǒng)已經(jīng)結(jié)束估脆,后續(xù)開(kāi)始配置環(huán)境和安裝軟件了。

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