Plant Com | 浙大張國平&湖南農(nóng)大吳德志：解析鹽生植物海大麥基因組及其耐鹽機制
The genome and gene editing system of sea barleygrass provide a novel platform for cereal domestication and stress tolerance studies
海大麥 (Hordeum marinum Huds., 2n = 2x = 14, XaXa) 是大、小麥的野生近緣種瘤泪，屬于鹽生植物激涤，具有耐鹽、耐漬等優(yōu)異特性凳谦，且與普通小麥有一定的可交配性份蝴，可為作物抗逆遺傳改良提供優(yōu)異基因資源犁功。目前，由于缺乏基因組信息及有效的遺傳轉(zhuǎn)化體系婚夫，海大麥的相關(guān)研究及其育種利用進展緩慢浸卦。
浙江大學(xué)張國平教授團隊聯(lián)合湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)、諾禾致源生物科技公司等單位歷時五年完成了海大麥參考基因組組裝及高效基因編輯體系構(gòu)建案糙。利用PacBio SMRT限嫌、Illumina PE、10×Genomics和Hi-C技術(shù)組裝了一個3,816 Mb的染色體水平基因組时捌，Contig和Super-scaffold N50值分別為6.83 Mb和524.47 Mb怒医，96.8% (3.69 Gb) 的序列被定位到7條染色體上。在全基因組序列中注釋得到41,405個高置信度基因奢讨，BUSCO完整性指數(shù)為98.4%稚叹；LTR組裝指數(shù)（LAI）為12.7，屬于參考基因組級別拿诸。
在組裝基因組的基礎(chǔ)上扒袖，構(gòu)建了海大麥的高效轉(zhuǎn)化體系和基因編輯體系，遺傳轉(zhuǎn)化效率為28.7%.
點評：我喜歡這樣的合作方式亩码，我只負責(zé)分析就好季率。可是我沒有描沟，好累~~~
Plant Com｜法國農(nóng)業(yè)發(fā)展研究中心：香莢蘭基因組組裝與基因組部分核內(nèi)復(fù)制現(xiàn)象
**A chromosome-level, haplotype-phased genome assembly for Vanilla planifolia highlights that partial endoreplication challenges accurate whole genome assembly **
通過整合流式細胞術(shù)（FCM）飒泻、細胞遺傳學(xué)和全基因組測序相關(guān)技術(shù)鞭光，組裝了蘭科植物香莢蘭（Vanilla planifolia）在染色體水平上的基因組序列，并證實其基因組的部分核內(nèi)復(fù)制泞遗，為香莢蘭的部分核內(nèi)復(fù)制現(xiàn)象提供了首個分子證據(jù)衰猛。
點評：亮點核內(nèi)復(fù)制。
Mol Plant | 湖南農(nóng)科院柏連陽&康奈爾大學(xué)費章君：稻田雜草千金子基因組揭示其在中國的傳播機制
**Genomic insights into the origin, adaptive evolution and herbicide resistance of Leptochloa chinensis, a devastating tetraploid weedy grass in rice fields **
首次公布了稻田惡性雜草千金子的染色體級別參考基因組刹孔，揭示了千金子的基因組特征及虎尾草亞科的進化機制啡省。鑒定到與除草劑耐受性有關(guān)的基因家族特異性擴張，并揭示了中國千金子的群體結(jié)構(gòu)及傳播機制髓霞。
研究發(fā)現(xiàn)四倍體千金子基因組約在1090萬年前由兩個二倍體祖先結(jié)合形成卦睹，作者首次對千金子的兩套亞基因組進行了劃分，研究表明千金子的兩套亞基因組既沒有發(fā)生分離偏好性也沒有發(fā)生亞基因組表達量的偏好性方库。通過比較基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)结序，千金子從其虎尾草亞科共同祖先分離出來后，發(fā)生了大量的染色體重排纵潦，結(jié)合轉(zhuǎn)錄組分析發(fā)現(xiàn)徐鹤，千金子中許多抗除草劑相關(guān)基因來源于千金子的四倍化。
對89份來自中國的千金子進行群體基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)邀层，來自中國南部和西南部省份的千金子的核苷酸多樣性顯著高于長江中下游地區(qū)的千金子返敬。表明千金子在中國的傳播路徑很有可能是由南部，西南部省份傳向長江中下游地區(qū)寥院。在這一傳播過程中劲赠，千金子表現(xiàn)出越來越強的抗除草劑能力，并有大量抗除草劑相關(guān)基因受到了選擇秸谢。
點評：懂的都懂凛澎，我愿稱之費老師的作品。
Hortic Res | 南京農(nóng)大：海濱木槿基因組解析其對于水淹和高鹽環(huán)境的適應(yīng)性
The genome of hibiscus hamabo reveals its adaptation to saline and waterlogged habitat
完成了海濱木槿全基因組測序和分析估蹄，揭示了海濱木槿對水淹和高鹽環(huán)境的耐受機制塑煎，并提示多倍化對其適應(yīng)性進化具有重要貢獻。
組裝（1.7Gb臭蚁，46條染色體）最铁，比較基因組，轉(zhuǎn)錄組刊棕。
PNAS | 美國農(nóng)業(yè)部：利用異花授粉作物地方品種優(yōu)化基因組選擇育種
Theoretical and experimental assessment of genome-based prediction in landraces of allogamous crops
該項研究開創(chuàng)了一個理論框架的發(fā)展炭晒，即將植物遺傳資源的分子組成與表型變異聯(lián)系起來，從而可以對地方品種及其雜交伙伴進行有依據(jù)的選擇甥角。
與配子捕獲相比，DH方法具有明顯的優(yōu)勢识樱，通常具有更高的預(yù)測精度嗤无，并且沒有此種風(fēng)險—即掩蓋地方品種有價值的變異震束。
Hortic Res | 群體遺傳合集
有空看看。
