OHIF-Viewer 系統(tǒng)搭建過程

OHIF (Open Health Image Foundation)
https://ohif.org

重要

本文只適合初級(jí)小白閱讀(就是那種小白中的戰(zhàn)斗機(jī)類型)撮抓,內(nèi)容很口水猪钮,稍微懂點(diǎn)的建議直接劃走茁帽,不要浪費(fèi)您寶貴時(shí)間試圖在本文中找到什么有價(jià)值的信息拄衰,我寫這篇文章的初衷也不是為了幫助小白科普裆馒,完全是為了給自己做備忘榛了,畢竟已經(jīng)開始老年癡呆,如果不記錄下來啊胶,幾天后就會(huì)全部忘光了。

基本術(shù)語

Study (研究)

其實(shí)就是一次拍攝垛贤;

Series(序列)

本次拍攝中的多個(gè)片子(比如一個(gè)腦CT片子,假設(shè)要切100片趣倾,每片都是一張圖片聘惦,這100片都在同一個(gè)series中)

Instance(實(shí)例)

一張具體的圖片,就是上面說的那100片中的1片儒恋;

DICOM 文件規(guī)范

若有余力善绎,可前往 https://www.dicomstandard.org/current/ 閱讀DICOM規(guī)范,畢竟要開始做一個(gè) dcm 文件閱讀器來忽悠老板和客戶了诫尽,多少需要了解一些相關(guān)的基礎(chǔ)知識(shí)禀酱;

OHIF Viewer

基于cornerstone(JS) + React 前端框架構(gòu)建,提供了功能完善的醫(yī)學(xué)影像顯示及閱讀功能牧嫉;OHIF-Viewer是開源系統(tǒng)剂跟。
conerstoen 框架系統(tǒng)在整個(gè)世界來看也是排名最靠前的系統(tǒng),而OHIFViewer是眾多基于conerstone框架完美實(shí)現(xiàn)的前端案例之一酣藻;

OHIFViewer支持多種查看影像文件的方式曹洽,影像文件的格式為 *.dcm,dcm文件保存在PACS系統(tǒng)或自建的云服務(wù)器中(例如阿里云的OSS對(duì)象存儲(chǔ)等)

方式1:

OHIFViewer與PACS系統(tǒng)建立關(guān)聯(lián)辽剧,然后就可以通過指定 Study Instance UID的方式查看影像送淆,例如:

http://localhost:3000/viewer/1.2.826.0.1.3680043.8.1055.1.20111102150758591.92402465.76095170

在上面的URL中,viewer/ 后面的一大堆數(shù)字就是 Study Instance UID怕轿。

方式2:

使用DicomJson來描述dcm文件的信息(影像類型 偷崩、參數(shù)、文件路徑等)撞羽,DicomJson就是一個(gè)Json文件阐斜,可以保存在任何可以被網(wǎng)絡(luò)訪問到地方。
OHIFViewer通過指定這個(gè)Json文件來查看影像放吩,例如:

http://localhost:3000/viewer/?url=https://ohif-dicom-json-example.s3.amazonaws.com/LIDC-IDRI-0001.json

在上面的URL中智听,viewer/?url= 后面的內(nèi)容就是這個(gè)json文件的網(wǎng)絡(luò)地址;

搭建PACS渡紫,并與OHIFViewer建立關(guān)聯(lián)(方式1)

在OHIF-Viewer 的官方文檔中提供了2個(gè)PACS系統(tǒng)的搭建幫助到推,一個(gè)是Orthanc,一個(gè)是dcm4chee。詳情參見官方文檔:

https://v3-docs.ohif.org/configuration/dataSources/dicom-web

本文中列舉的是dcm4chee惕澎,
請(qǐng)打開下面的內(nèi)容仔細(xì)閱讀莉测,并按照文檔中的命令逐條執(zhí)行,不要跳躍或亂序唧喉。
https://github.com/dcm4che/dcm4chee-arc-light/wiki/Run-minimum-set-of-archive-services-on-a-single-host

一共有7個(gè)步驟捣卤,前4個(gè)是關(guān)鍵步驟忍抽,以下僅做簡要的摘抄,用于記錄線索董朝。

Use Docker Command Line

  1. Create an user-defined bridge network
$ docker network create dcm4chee_network
  1. Start OpenLDAP Server

Launch a container providing the LDAP server into the created network, e.g:

$ docker run --network=dcm4chee_network --name ldap \
           -p 389:389 \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/ldap:/var/lib/openldap/openldap-data \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/slapd.d:/etc/openldap/slapd.d \
           -d dcm4che/slapd-dcm4chee:2.6.3-29.2
  1. Start PostgreSQL Server

Launch a container providing the database server into the created network, e.g:

$ docker run --network=dcm4chee_network --name db \
           -p 5432:5432 \
           -e POSTGRES_DB=pacsdb \
           -e POSTGRES_USER=pacs \
           -e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
           -v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
           -v /etc/timezone:/etc/timezone:ro \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/db:/var/lib/postgresql/data \
           -d dcm4che/postgres-dcm4chee:14.5-29
  1. Start Wildfly with deployed dcm4che Archive 5 application

Launch a container providing Wildfly with deployed dcm4che Archive 5 application into the created network, e.g:

$ docker run --network=dcm4chee_network --name arc \
           -p 8080:8080 \
           -p 8443:8443 \
           -p 9990:9990 \
           -p 9993:9993 \
           -p 11112:11112 \
           -p 2762:2762 \
           -p 2575:2575 \
           -p 12575:12575 \
           -e POSTGRES_DB=pacsdb \
           -e POSTGRES_USER=pacs \
           -e POSTGRES_PASSWORD=pacs \
           -e WILDFLY_WAIT_FOR="ldap:389 db:5432" \
           -v /etc/localtime:/etc/localtime:ro \
           -v /etc/timezone:/etc/timezone:ro \
           -v /var/local/dcm4chee-arc/wildfly:/opt/wildfly/standalone \
           -d dcm4che/dcm4chee-arc-psql:5.29.2

其他

dwv 是另外一個(gè)膾炙人口的醫(yī)學(xué)影像處理框架鸠项,也是基于JS的:
https://ivmartel.github.io/dwv/doc/stable/tutorial-architecture.html

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末,一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市子姜,隨后出現(xiàn)的幾起案子祟绊,更是在濱河造成了極大的恐慌,老刑警劉巖哥捕,帶你破解...
    沈念sama閱讀 219,490評(píng)論 6 508
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件牧抽,死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異,居然都是意外死亡遥赚,警方通過查閱死者的電腦和手機(jī)扬舒,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 93,581評(píng)論 3 395
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來凫佛,“玉大人讲坎,你說我怎么就攤上這事∮眩” “怎么了衣赶?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 165,830評(píng)論 0 356
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵,是天一觀的道長厚满。 經(jīng)常有香客問我府瞄,道長,這世上最難降的妖魔是什么碘箍? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 58,957評(píng)論 1 295
  • 正文 為了忘掉前任遵馆,我火速辦了婚禮,結(jié)果婚禮上丰榴,老公的妹妹穿的比我還像新娘货邓。我一直安慰自己,他們只是感情好四濒,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 67,974評(píng)論 6 393
  • 文/花漫 我一把揭開白布换况。 她就那樣靜靜地躺著,像睡著了一般盗蟆。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪戈二。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上,一...
    開封第一講書人閱讀 51,754評(píng)論 1 307
  • 那天喳资,我揣著相機(jī)與錄音觉吭,去河邊找鬼。 笑死仆邓,一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛鲜滩,可吹牛的內(nèi)容都是我干的伴鳖。 我是一名探鬼主播,決...
    沈念sama閱讀 40,464評(píng)論 3 420
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼徙硅,長吁一口氣:“原來是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼榜聂!你這毒婦竟也來了?” 一聲冷哼從身側(cè)響起嗓蘑,我...
    開封第一講書人閱讀 39,357評(píng)論 0 276
  • 序言:老撾萬榮一對(duì)情侶失蹤峻汉,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎,沒想到半個(gè)月后脐往,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,847評(píng)論 1 317
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡扳埂,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,995評(píng)論 3 338
  • 正文 我和宋清朗相戀三年业簿,在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片阳懂。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 40,137評(píng)論 1 351
  • 序言:一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡梅尤,死狀恐怖,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出岩调,到底是詐尸還是另有隱情巷燥,我是刑警寧澤,帶...
    沈念sama閱讀 35,819評(píng)論 5 346
  • 正文 年R本政府宣布号枕,位于F島的核電站缰揪,受9級(jí)特大地震影響,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏葱淳。R本人自食惡果不足惜钝腺,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 41,482評(píng)論 3 331
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望赞厕。 院中可真熱鬧艳狐,春花似錦、人聲如沸皿桑。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 32,023評(píng)論 0 22
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽诲侮。三九已至镀虐,卻和暖如春,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間浆西,已是汗流浹背粉私。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 33,149評(píng)論 1 272
  • 我被黑心中介騙來泰國打工, 沒想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留近零,地道東北人诺核。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 48,409評(píng)論 3 373
  • 正文 我出身青樓抄肖,卻偏偏與公主長得像,于是被迫代替她去往敵國和親窖杀。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子漓摩,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 45,086評(píng)論 2 355

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容