大火的seurat分析軟件，我沒法安裝晾咪，怎么辦收擦？
單細胞分析的文章在近幾年如雨后春筍一般，熱度一直有增無減谍倦。而用于分析單細胞轉(zhuǎn)錄組的基于R的Seurat安裝包塞赂，很多人表示安裝總是出問題，甚至你無論嘗試什么類型的R版本昼蛀，都不能正常安裝宴猾，到最后不得不采用下載到本地進行加載安裝包方法，甚至有些缺省安裝包的安裝還需要root權限叼旋。巧婦難為無米之炊仇哆，碼農(nóng)最恨bug常追。在這里推薦大家使用Anaconda進行安裝夫植，安裝教程得益于堯小飛大神的指導讹剔，該方法完美的解決了Seurat安裝包版本的問題油讯，甚至，你都不用擔心鏡像的選擇延欠。如此方便的方法陌兑，你也來試試吧。
第一步：Anaconda下載和安裝
Anaconda可從官網(wǎng)下載所需要的版本：https://repo.anaconda.com/archive/
Anaconda安裝：Anaconda安裝較為簡單由捎，我下載的文件最新版本的Anaconda：Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
接下來兔综，放心的安裝吧：命令行如下：
sh?Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh
接下來是交互界面，一直回車狞玛，到出現(xiàn)是否接受許可協(xié)議软驰。
輸入：yes
接下來會提示選擇安裝路徑，默認是在個人home目錄下为居，也可以選擇指定安裝目錄碌宴。需要注意的是，當你指定的安裝目錄已經(jīng)存在了蒙畴，就會出現(xiàn)以下報錯贰镣，甚至你刪掉了該目錄還是會報同樣的錯誤。
不用慌膳凝，根據(jù)界面顯示使用sh?Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh -u 進行安裝碑隆。然后選擇你自己要安裝的位置。安裝最后會提示是否將Anaconda3添加到~/bashrc文件中蹬音，可以根據(jù)自己需要選擇上煤。
接下來，設置環(huán)境變量：export PATH=/my/home/Anaconda3/bin/:$PATH
第二步：安裝R
安裝R之前著淆，首先需要配置conda：
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda??
安裝R
conda install r
anaconda會隨著其版本安裝默認的R版本號劫狠，我的是3.6.1，如果要升級或安裝之前的版本永部，可使用?conda update r?r=3.5.2
anaconda裝的R中其鏡像沒有清華的鏡像独泞，但對于國人來說，清華鏡像能滿足你大部分的需求苔埋。
# 添加Anaconda的TUNA鏡像
conda config --add channels?https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# 設置搜索時顯示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
conda安裝R包有兩種方式：
一種是使用conda命令安裝：conda?install?-c?r?package-name懦砂，需要注意的是conda下面的r包的名稱與普通R包的名稱不一樣，具體名稱可以在官網(wǎng)上面查詢（http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/）组橄；
另外一種是直接進入conda下面的R交互界面荞膘，安裝普通安裝R包的方式進行安裝，比如bioconductor或者install.packages方式玉工。
Anaconda安裝的R自身帶的R包比較少羽资，?用命令（.packages(all.available=T)）查看自帶的基礎包，可用的包只有52個遵班，像常用的ggplot都沒有削罩，因此需要安裝很多基礎包瞄勾，如果一個一個的安裝，實在是太麻煩弥激，Anaconda提供了一個快捷安裝很多基礎包的命令：conda install -c r r-essentials，里面自帶了100個常用的科學計數(shù)包愿阐。查詢conda官網(wǎng)的R包的鏈接如下：http://docs.anaconda.com/anaconda/packages/r-language-pkg-docs/微服。
上述描敘來源于堯小飛的描述。在此做一個搬運工缨历。吼吼吼以蕴。。辛孵。
第三步：安裝seurat包
安裝Seurat時丛肮，我直接使用R進行安裝，發(fā)現(xiàn)所選擇的鏡像似乎都不能正常安裝魄缚，無奈采用 conda install -c r?package-name的方式進行安裝宝与。
seurat的安裝方式是conda install -c conda-forge r-seurat?
該方法速度很快哦，比R的交互界面安裝包速度大概提升了10倍~當然冶匹，這個數(shù)字也得看個人網(wǎng)絡問題习劫。
又雙叒叕，導入包還是報錯了嚼隘。
> library(Seurat)
Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/annoroad/data1/bioinfo/PMO/chenjing/anaconda3/lib/R/library/Rtsne/libs/Rtsne.so':
??libopenblas.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
系統(tǒng)告訴我诽里，沒有libopenblas包。沒關系飞蛹，方法總比困難多嘛谤狡。
根據(jù)官方網(wǎng)站?https://anaconda.org/conda-forge/libopenblas提供的方法安裝libopenblas，選其中之一即可卧檐。兩種方法均不需要root權限哦~
To install this package with conda run one of the following:
1: conda install -c conda-forge libopenblas
2: conda install -c conda-forge/label/broken libopenblas
導入包后墓懂，提示默認的R版本中裝globals和listenv的版本比較低，根據(jù)提示的版本信息泄隔，采用conda升級即可拒贱。
conda install -c r r-globals=0.12.5
conda install -c r r-listenv=0.8.0
終于裝好了啦，此處應該有掌聲７疰摇逻澳！
踩坑太多，且行且珍惜~~~
參考：
