背景知識(shí)
????SnapGene viewer 是SnapGene 的免費(fèi)版本带膜，雖然它刪減了一些功能，但對(duì)于初學(xué)者來(lái)說(shuō)依然很實(shí)用哦抽碌。SnapGene Viewer包含與完全啟用的SnapGene軟件相同的豐富可視化，注釋和共享功能。SnapGene viewer 是一款專(zhuān)業(yè)的質(zhì)粒圖譜繪制軟件肚逸，是做分子克隆常用的一個(gè)工具，讓實(shí)驗(yàn)變得簡(jiǎn)單與快捷彬坏，提高實(shí)驗(yàn)效率朦促。
頁(yè)面介紹：
網(wǎng)址：https://www.snapgene.com/
Map：顯示圖譜；
Sequence：顯示序列信息栓始；
File：打開(kāi)务冕、建立、保存相關(guān)文件等幻赚；
Edit：編輯功能禀忆，包括復(fù)制選中一些序列等；
View：切換幾個(gè)視圖等落恼；
Enzymes：顯示箩退、選擇酶切位點(diǎn)等；
Feature：顯示佳谦、注釋?zhuān)┮恍┢蔚确Φ拢籔rimers：添加引物等；
使用教程
1 ?質(zhì)练驼眩可視化與酶切位點(diǎn)的選擇
1.1?打開(kāi) NCBI喊括，下載你所需要表達(dá)的gene，這里選擇的是opaR基因,下載fasta文件矢棚；
1.2?打開(kāi)fasta文件郑什，觀看酶切位點(diǎn)信息，一般會(huì)直接出現(xiàn)常見(jiàn)的酶切位點(diǎn)信息蒲肋，目的基因的酶切位點(diǎn)與PET-32a的酶切位點(diǎn)相比較,在PET-32a里的酶切位點(diǎn)選擇時(shí)蘑拯，不能選擇目的基因里的酶切位點(diǎn)钝满，以免造成目的基因切斷的現(xiàn)象。
1.3?打開(kāi)蛋白表達(dá)載體PET-32a申窘，最好選取粘性末端與酶切條件一致(反應(yīng)溫度與緩沖液）的酶EcoR I與Xho I弯蚜。（這里指的是雙酶切體系）‘
2?引物設(shè)計(jì)
2.1?酶切位點(diǎn)的方向的選擇
????從這里我可以看出這個(gè)質(zhì)粒基因表達(dá)的方向剃法，EcoR I與Xho I的方向一定要看清哦碎捺，小伙伴們，看下面的氨基酸表達(dá)的箭頭贷洲，EcoR I酶切位點(diǎn)雖然在后面收厨，但是它要加在上游引物的前面哦，不要弄反了优构，這樣你的基因會(huì)表達(dá)不出來(lái)的诵叁。
2.2?引物長(zhǎng)度
????在目的基因的上下游截取15-21bp序列，點(diǎn)擊Primers里的Add primers,根據(jù)小編的經(jīng)驗(yàn)選取Tm值在50-60℃左右钦椭，在上述范圍內(nèi)選取合適的bp.
2.3?上下游引物設(shè)計(jì)
????給該引物命名拧额，然后點(diǎn)擊Insertion，在該引物上添加之前選擇好的酶切位點(diǎn)序列彪腔，如圖選擇了EcoR I侥锦，點(diǎn)擊Insert即可完成（必要時(shí)需要加保護(hù)堿基）,GC含量為40-60%，然后opaR-F引物為保護(hù)堿基CCG漫仆，EcoR I酶切位點(diǎn)GAATTC與目的基因18bp; opaR-R 下游序列的選取時(shí)點(diǎn)擊Reverse Complement,這樣就可以反向互補(bǔ)了，引物方向必須是5'-3'泪幌。
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