conda安裝
conda install R
安裝 Bioconductor的包
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(c("siggenes", "affy","hgu133plus2cdf"))
install.packages(),remove.packages(),update.packages()
install.packages("NMF")
remove.packages("NMF")
update.packages("NMF")
查看當(dāng)前電腦已經(jīng)安裝的package
.packages(all.available=T) #Don’t forget first dot
library()
查看已經(jīng)加載的package
search()
加載與移除包
library(affyio)
detach(package:affyio)
工作目錄顯示與設(shè)置
getwd()
setwd("directory")
工作目錄與變量
list.files() # 工作目錄中的文件
list.dirs() # 工作目錄
list.files(pattern="*.Rdata") # 后綴為Rdata的文件
a = c(); b = c(1, 2); c = c("Bio", "R"); # 變量聲明
ls() # 當(dāng)前工作區(qū)中的變量
rm(a) # 刪除單個(gè)變量
rm(list=ls()) #刪除整個(gè)工作區(qū)變量
加載和數(shù)據(jù)集
a = c(); b = c(1, 2); c = c("Bio", "R");
save(a, file="mydata.Rdata") # 保存指定對(duì)象數(shù)據(jù)
save.image("mywork.Rdata") # 保存工作區(qū)中的變量到文件中
load("mydata.Rdata") # 加載工作區(qū)中的數(shù)據(jù)相當(dāng)于matlab的mat數(shù)據(jù)文件
通過名字發(fā)現(xiàn)對(duì)象
find("find") # R中指定的函數(shù)
apropos("save") # 名字中包含save字符串的函數(shù)
