OmicsSuite
v1.3.9
OmicsSuite: 定制的流程化多組學(xué)大數(shù)據(jù)分析及可視化的桌面端套件坷牛。
Note:OmicsSuite前名為BioSciToolsGithub: https://github.com/omicssuite/
Website: https://omicssuite.github.io
Website (faster): https://omicssuite.onrender.com
Courses: https://space.bilibili.com/34105515開發(fā)者1: 苗奔奔 (廈門大學(xué)在讀博士)
GitHub: https://github.com/benben-miao/
開發(fā)者2: 董煒 (中山大學(xué)在讀博士后)
GitHub: https://github.com/dongwei1220/Ben-ben Miao, Wei Dong, Yi-xin Gu, Zhao-fang Han, Xuan Luo, Cai-huan Ke, Wei-wei You, OmicsSuite: a customized and pipelined suite for analysis and visualization of multi-omics big data, Horticulture Research, 2023;, uhad195, https://doi.org/10.1093/hr/uhad195.
親愛(ài)的OmicsSuite科研者:
此文我將對(duì)OmicsSuite進(jìn)行故事線回顧和階段性進(jìn)展匯報(bào)婉宰。
1. OmicsSuite原創(chuàng)架構(gòu)與界面
1.1 設(shè)計(jì)開發(fā)技術(shù)架構(gòu)
OmicsSuite內(nèi)部集成Java運(yùn)行時(shí)環(huán)境JRE（v11.0.11）和R運(yùn)行時(shí)（v4.2.2）症汹，用戶安裝后無(wú)需額外配置即可正常運(yùn)行滔吠。多組學(xué)分析功能是基于BioJava和R CRAN和Bioconductor社區(qū)提供的300+包開發(fā)，它包含超過(guò)3000+可調(diào)參數(shù)接口。
1.2 交互界面設(shè)計(jì)美化
OmicsSuite為科研者提供現(xiàn)代化的適合生物多組學(xué)數(shù)據(jù)分析的操作界面。默認(rèn)布局窗口頂部為多級(jí)菜單欄邪驮，底部為快捷訪問(wèn)欄，左側(cè)為可折疊的工具箱傲茄，中間為主頁(yè)包含統(tǒng)計(jì)花瓣圖毅访，右側(cè)為元信息和版本更新記錄面板。當(dāng)啟動(dòng)子應(yīng)用時(shí)盘榨，布局會(huì)切換到用戶分析交互界面俺抽，中間為分析頁(yè)面，右側(cè)是應(yīng)用詳情信息包含參考文獻(xiàn)较曼，分析頁(yè)面從上到下依次為數(shù)據(jù)部分磷斧、參數(shù)組件部分、結(jié)果部分組成。固定組件Progress弛饭、Demo冕末、Clear、Submit是任務(wù)管理組件侣颂，分別用于顯示當(dāng)前運(yùn)行進(jìn)度档桃、運(yùn)行示例數(shù)據(jù)、清除當(dāng)前任務(wù)憔晒、提交新任務(wù)新參數(shù)藻肄。其他常見(jiàn)組件如Themes主題, Colors顏色, Fonts字體, Figure Width圖寬, Figure Height圖高, 和Figure DPI圖DPI屬于參數(shù)規(guī)范組件。這些組件為OmicsSuite實(shí)現(xiàn)統(tǒng)一的主題和配色拒担，并以10.00×6.18英寸（300 dpi）的形式標(biāo)準(zhǔn)化輸出圖像嘹屯，遵循黃金分割比例。
1.3 OmicsSuite支持多組學(xué)格式
OmicsSuite可以分析幾乎所有的多組學(xué)數(shù)據(jù)从撼，每個(gè)分類對(duì)應(yīng)不同類型的專業(yè)多組學(xué)數(shù)據(jù)格式州弟。Sequence類別中的應(yīng)用程序通常需要FastA、GenBank格式的序列文件低零，Genomics類別中的應(yīng)用程序可以讀取MAF（Mutation Annotation Format）格式文件中的數(shù)據(jù)婆翔；Metabolomics類別中的應(yīng)用程序用于解析液相質(zhì)譜數(shù)據(jù)mzML格式文件，此外Single-Cell類別的應(yīng)用程序用于分析Matrix或HDF5格式的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組或空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)掏婶。
2. App應(yīng)用分類概覽
OmicsSuite包含12個(gè)類別共175個(gè)子應(yīng)用程序啃奴，類別以此為：Sequence序列編輯、Statistics統(tǒng)計(jì)學(xué)雄妥、Algorithm算法最蕾、Genomics基因組學(xué)、Transcriptomics轉(zhuǎn)錄組學(xué)茎芭、Enrichment富集分析揖膜、Proteomics蛋白質(zhì)組學(xué)、Metabolomics代謝組學(xué)梅桩、Clinical臨床醫(yī)學(xué)壹粟、Microorganism微生物學(xué)、Single Cell單細(xì)胞和表格操作宿百。
2.1 序列編輯與可視化
Sequences分類中包含20個(gè)Apps趁仙，如序列GC含量統(tǒng)計(jì)、序列反向互補(bǔ)垦页、雙序列比對(duì)雀费、多序列比對(duì)及可視化、序列編輯痊焊、氨基酸序列翻譯等盏袄。
2.2 基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)可視化
Statistics分類中包含16個(gè)Apps忿峻，如散點(diǎn)圖、柱狀圖辕羽、折線圖逛尚、餅狀圖、同心圓刁愿、小提琴圖绰寞、箱線圖、等高線铣口、雷達(dá)圖滤钱、文字云等。
2.3 算法實(shí)現(xiàn)可視化
Algorithm分類中包含24個(gè)Apps脑题，如矩形熱圖件缸、圈狀熱圖、Venn圖旭蠕、降維分析（PCA停团、PCoA旷坦、tSNE掏熬、UMAP、NMDS秒梅、RDA）旗芬、聚類分析、結(jié)構(gòu)方程模型等捆蜀。
2.4 基因組部分程序
Genomics分類中包含21個(gè)Apps疮丛，如常規(guī)基因組可視化，線粒體與葉綠體基因組圈圖辆它，比較基因組分析中的多基因組共線性可視化誊薄，GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析，MAF變異信息可視化等锰茉。
2.5 轉(zhuǎn)錄組部分程序
Transcriptomics分類中包含14個(gè)Apps呢蔫，如樣本相關(guān)性熱圖、差異表達(dá)基因火山圖飒筑、基因表達(dá)趨勢(shì)圖片吊、弦圖、WGCNA加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析协屡、miRNA靶基因預(yù)測(cè)俏脊、通路分析等。
2.6 蛋白質(zhì)組與代謝組
Proteomics和Metabolomics分類中分別包含5和18個(gè)Apps肤晓，如蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析可視化爷贫、蛋白質(zhì)群體分析认然、質(zhì)譜mzML文件讀取、代謝物離子峰漫萄、代謝物峰密度季眷、得分PLS-DA、得分OPLS-DA分析及可視化等卷胯。
2.7 微生物多組學(xué)分析
Microbe分類中分別包含8個(gè)Apps子刮，如三元圖、OTU分類單元可視化等窑睁。
2.8 單細(xì)胞分析流程
SingleCell分類中分別包含22個(gè)Apps挺峡，基于Seurat、Monocle2進(jìn)一步開發(fā)的步驟化担钮、流程化的單細(xì)胞分析橱赠，其中包含空間轉(zhuǎn)錄組分析流程。
3. OmicsSuite版本更新
3.1 版本更新歷史記錄
OmicsSuite原名為BioSciTools箫津，至今已經(jīng)更新到v1.3.9狭姨，期間經(jīng)過(guò)新增程序、修復(fù)Bug、美化界面正林、定制安裝過(guò)程拐云、修改Logo、修改程序名师抄，一路走來(lái)終于成就了OmicsSuite，至此伴隨文章發(fā)表階段性工作暫告段落教硫。
3.2 OmicsSuite新網(wǎng)站設(shè)計(jì)
OmicsSuite基于Vite + Vue3 + Element-plus重新設(shè)計(jì)官網(wǎng)叨吮，顯得更加正式，并將伴隨程序更新不斷發(fā)布新的設(shè)計(jì)概念瞬矩。
3.3 OmicsSuite安裝界面美化
OmicsSuite安裝界面美化茶鉴，在安裝過(guò)程中展示OmicsSuite的功能介紹滑動(dòng)窗口，使得安裝更加便捷和有趣景用。
