上次我是把bed bim fam 轉(zhuǎn)成 vcf ，這次反過來鲁冯，我已有的vcf 文件，要轉(zhuǎn)成 bed bim fam.
上網(wǎng)查了查撞芍，發(fā)現(xiàn)plink1.9 和 plink2.0 都可以做,但也有可能我做的是不對的跨扮。衡创。
先去官網(wǎng)下載安裝好plink1.9 和 plink2.0璃氢， 可以參考這個http://www.reibang.com/p/295fce0e82ce
準(zhǔn)備好文件
一個vcf文件
先看plink1.9
plink --vcf Arab.vcf --allow-extra-chr --maf 0.05 --recode --out Arab
生成 map 和 ped
map 和 bed
接著下一步
plink --file Arab --maf 0.05 --allow-extra-chr --make-bed --out Arab
生成了 bed bim fam
OK
在來學(xué)習(xí)plink2
首先準(zhǔn)備好一個文件
就是剛剛那個，我改了個名字
然后一個命令就可以
plink2 --vcf test.vcf --allow-extra-chr --make-bed --out test
OK抑月，然后就生成了bed bim fam
可以接著分析了
