作者:白介素2
某同學(xué):小張小張,我想查一下某某某雨让,你有沒(méi)有數(shù)據(jù)庫(kù)給我用下呀?
我: 我沒(méi)有關(guān)注你這個(gè)領(lǐng)域哎忿等,你要不要栖忠。。。
同學(xué):^^^^^^(看來(lái)你生信學(xué)的也不怎么樣嘛庵寞,連個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)都提供不了)狸相。
我:(勞資又不是專(zhuān)門(mén)生產(chǎn)數(shù)據(jù)庫(kù)的)
導(dǎo)師:小張啊,你那里有沒(méi)有什么新的數(shù)據(jù)庫(kù)可以用捐川,我們看看能不能豐富一下文章的內(nèi)容
我: 最近沒(méi)怎么關(guān)注脓鹃,應(yīng)該。属拾。将谊。沒(méi)有吧
導(dǎo)師:小張啊,是不是最近游戲玩多了渐白,以后要加強(qiáng)學(xué)習(xí)哈尊浓,不能松懈。
我:(數(shù)據(jù)庫(kù)那么多纯衍,我又不是電腦)
于是乎栋齿,小張苦心孤詣,大干一場(chǎng)襟诸,終于找到一艘航母瓦堵,從此生信數(shù)據(jù)庫(kù)資源了然于心。包含各類(lèi)數(shù)據(jù)庫(kù)2458個(gè)歌亲,內(nèi)容涵蓋菇用,DNA,RNA,蛋白質(zhì),基因突變陷揪,酶與通路惋鸥,基因組數(shù)據(jù)庫(kù),免疫相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)悍缠,微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)卦绣,細(xì)胞器數(shù)據(jù)庫(kù),植物數(shù)據(jù)庫(kù)飞蚓,結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)滤港,及分析工具,可謂是應(yīng)用盡有呀趴拧!
廣而告之
說(shuō)一個(gè)事溅漾,鑒于簡(jiǎn)書(shū)平臺(tái)在信息傳播方面有不足之處,應(yīng)粉絲要求著榴,白介素2的個(gè)人微信平臺(tái)已經(jīng)開(kāi)啟樟凄,繼續(xù)聊臨床與科研的故事,R語(yǔ)言兄渺,數(shù)據(jù)挖掘,文獻(xiàn)閱讀等內(nèi)容。當(dāng)然也不要期望過(guò)高挂谍,微信平臺(tái)目前的定位是作為自己的讀書(shū)筆記叔壤,如果對(duì)大家有幫助最好。如果感興趣口叙, 可以?huà)叽a關(guān)注下炼绘。
我們就展示下大家感興趣的微陣列和基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)吧:
怎么樣,是不是那么多新鮮的面龐妄田,
原來(lái)還有那么多我們不知道的俺亮,如果說(shuō)此前你擁有的是一架戰(zhàn)機(jī),那么這一次疟呐,你將得到一艘航空母艦脚曾。 這艘航母收納了來(lái)自Nucleic Acids Research,BioMed Central 中的數(shù)據(jù)庫(kù)資源启具,還包含Pubmed中篩選出的數(shù)據(jù)庫(kù)本讥。
于是我就從里面隨便挑了一個(gè)我們熟悉的關(guān)于GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的小公舉:GEOmetadb,這是專(zhuān)門(mén)有人設(shè)計(jì)的一個(gè)用于更方便的檢索GEO數(shù)據(jù)的小工具啦鲁冯,雖然咱們還不知道拷沸,早就有人用上啦,不要out奧
然后薯演,你就可以開(kāi)心的檢索啦撞芍,簡(jiǎn)單易學(xué),方便高效:
當(dāng)然跨扮,這只是一個(gè)小工具啦序无,于是我又在其中找了一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)兼工具,Allen Brain Atlas 一個(gè)關(guān)于腦的基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)好港,細(xì)胞愉镰,組織,小鼠钧汹,人類(lèi)的數(shù)據(jù)都有奧丈探。
于是我就是隨便找個(gè)基因CCL5挖掘了一下:
雖然我也不知道這些挖掘能干嘛,還是大家各自找自己喜歡的數(shù)據(jù)庫(kù)去挖掘吧拔莱,在你的航母上去找你喜歡的戰(zhàn)斗雞吧碗降。
寫(xiě)在最后:
有可能你利用得當(dāng),反手就是一批課題塘秦。也有可能你知道那么多的數(shù)據(jù)庫(kù)暫時(shí)你得不到特殊的回報(bào)讼渊,但是它有可能在將來(lái)的某些時(shí)候幫上大忙,讓你的科研思路豁然開(kāi)朗尊剔,柳暗花明爪幻。引用下關(guān)東野客的一句話(huà)“每個(gè)人的氣質(zhì)中,都藏著讀過(guò)的書(shū),走過(guò)的路挨稿,愛(ài)過(guò)的人”仇轻。
通過(guò)已有的信息,有心的小伙伴肯定能找到航母所在吧奶甘?
https://www.hsls.pitt.edu/obrc/
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