ATAC-seq,英文全稱Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing分瘦。用于研究染色質(zhì)可及性/開放性的方法。
一悦施、什么是染色質(zhì)可接近性/開放性？
DNA與組蛋白結(jié)合后形成核小體抡诞，核小體再進一步折疊壓縮后最終形成染色質(zhì)土陪。DNA的復(fù)制和轉(zhuǎn)錄都需要將染色質(zhì)緊密結(jié)構(gòu)打開，從而允許調(diào)控因子結(jié)合DNA鬼雀。這部分被打開的染色質(zhì)，就叫開放染色質(zhì)區(qū)域（Open Chromation region,OCR）鞋吉。開放染色質(zhì)允許調(diào)控因子結(jié)合的特性稱為染色質(zhì)的可接近性（Chromatin Accessibility）励烦。
二、原理
轉(zhuǎn)座子：一段可以從原位上單獨復(fù)制或斷裂下來崩侠，環(huán)化后插入另一位點坷檩，并對其后的基因起調(diào)控作用的DNA序列改抡。
轉(zhuǎn)座酶：能把轉(zhuǎn)座子從相鄰序列中脫離出來。
極活躍的Tn5轉(zhuǎn)座酶 能將測序接頭插入到染色質(zhì)可接近區(qū)域句灌。而染色質(zhì)其他區(qū)域和組蛋白緊密結(jié)合欠拾，以核小體的形式存在胰锌，轉(zhuǎn)座酶不能作用于非開放區(qū)域藐窄。之后再通過測序分析，可得到開放染色質(zhì)信息格带。
注：開放與否由激活子 promoters刹枉、增強子enhancers和其他調(diào)控元件regulatory elements以及是否能與轉(zhuǎn)錄機器accessible to transcription machinery 接觸決定。染色質(zhì)的壓縮與動態(tài)的表觀遺傳密碼有關(guān)：DNA甲基化微宝、核小體位置、組蛋白結(jié)合以及修飾镶摘、轉(zhuǎn)錄因子、染色質(zhì)重塑復(fù)合物和非編碼RNA钉稍。
測序結(jié)果 可以用于判斷區(qū)域的可接近性是否增加棺耍，也可以看轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)域和核小體的位置。
三蒙袍、步驟
1害幅、準備細胞（計數(shù)、裂解）
2以现、轉(zhuǎn)座反應(yīng)與純化
3约啊、PCR擴增
4佣赖、qPCR(構(gòu)建體系、運行憎蛤、計算CT值)
5、文庫質(zhì)量控制：凝膠電泳（凝膠電泳的替代方法:生物分析儀）
四萎胰、與ChIP-Seq的不同
ChIP-Seq原理是：首先通過染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段棚辽，并對其進行純化與文庫構(gòu)建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序灵奖。
ATAC-seq是全基因組范圍內(nèi)估盘，找出所有的OCR。
