1 Lammps輸入腳本結(jié)構(gòu)
1.1 初始化命令
設(shè)置在創(chuàng)建原子或從文件中讀取原子之前需要定義的參數(shù)缩多。
相關(guān)命令：units, dimension, newton, processors, boundary, atom_style, atom_modify.
如果力場(chǎng)參數(shù)出現(xiàn)在將要讀取的文件中，則這些命令會(huì)告訴LAMMPS使用哪種力場(chǎng)： pair_style，bond_style， angle_style，dihedral_style， improper_style。
1.2 原子定義命令
在LAMMPS中定義原子的方式有3種县爬。通過(guò)read_data或 read_restart命令從數(shù)據(jù)中讀取它們或重新啟動(dòng)文件。這些文件可以包含分子拓?fù)湫畔⑻硪辍财喳；蚴褂靡韵旅钤跊](méi)有分子拓?fù)涞木Ц裆蟿?chuàng)建原子：lattice， region斩狱，create_box耳高， create_atoms。使用replicate命令可以復(fù)制整個(gè)原子集以進(jìn)行更大的模擬 喊废。
1.3 設(shè)置命令
一旦定義了原子和分子拓?fù)渥８撸涂梢灾付ǘ喾N設(shè)置：力場(chǎng)系數(shù)，模擬參數(shù)污筷，輸出選項(xiàng)等工闺。
力場(chǎng)系數(shù)由這些命令中設(shè)置：pair_coeff， bond_coeff瓣蛀，angle_coeff陆蟆， dihedral_coeff， improper_coeff惋增， kspace_style叠殷， special_bonds。
這些命令設(shè)置了各種模擬參數(shù)： neighbor诈皿，neigh_modify林束， group像棘，timestep， reset_timestep壶冒，run_style缕题， min_style，min_modify胖腾。
輸出選項(xiàng)由thermo烟零，dump和restart命令設(shè)置。
1.4 運(yùn)行命令
使用run 命令運(yùn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬咸作。使用minimize命令執(zhí)行能量最小化锨阿。
2 Lammps基礎(chǔ)命令
2.1 echo命令
使用語(yǔ)法
echo none/screen/log/both
使用介紹
該命令決定在LAMMPS讀入并處理輸入腳本中的命令時(shí)，是否將它們輸出到屏幕和/或日志文件中记罚。如果你的輸入腳本有錯(cuò)誤墅诡，使用這個(gè)命令可以讓你看到最后一個(gè)被處理的命令是什么。
默認(rèn)設(shè)置
echo log
2.2 units命令
使用語(yǔ)法
units lj/real/metal/si/cgs/electron
使用介紹
該命令用來(lái)設(shè)置模擬中使用的單位類(lèi)型毫胜。它決定了所有輸入腳本书斜、數(shù)據(jù)文件和所有輸出到屏幕诬辈、日志文件以及dump文件中物理量的單位酵使。一般來(lái)說(shuō)，該命令用在輸入腳本最開(kāi)始的位置焙糟。
默認(rèn)設(shè)置
units lj
2.3 dimension命令
使用語(yǔ)法
dimension 2/3
使用介紹
該命令用來(lái)定義模擬的維度口渔。默認(rèn)情況下，LAMMPS運(yùn)行三維模擬穿撮。
默認(rèn)設(shè)置
dimension 3
2.4 newton命令
使用語(yǔ)法
newton flag/flag1/flag2
- flag：開(kāi)關(guān)對(duì)勢(shì)和鍵相互作用[on/off]
- flag1：開(kāi)關(guān)對(duì)勢(shì)相互作用[on/off]
- flag2：flag2：開(kāi)關(guān)鍵相互作用[on/off]
使用介紹
該命令用來(lái)開(kāi)啟或關(guān)閉對(duì)勢(shì)或鍵相互作用中的第三運(yùn)動(dòng)定律缺脉。對(duì)于大多數(shù)問(wèn)題而言，將牛頓第三定律設(shè)置為開(kāi)啟是一種可以節(jié)省2倍及以上計(jì)算量的做法悦穿。具體到是否會(huì)更快攻礼，則取決于問(wèn)題的規(guī)模、力截?cái)嚅L(zhǎng)度栗柒、機(jī)器的計(jì)算/交換比礁扮、以及所使用的處理器數(shù)量。
默認(rèn)設(shè)置
newton on
2.5 boundary命令
使用語(yǔ)法
boundary x y z
x,y,z可取p/s/f/m中的一個(gè)字母或兩個(gè)字母的組合瞬沦。
- p：周期性邊界條件periodic
- f：非周期性固定邊界條件fixed
- s：非周期性包覆邊界條件shrink-wrapped
- m：非周期性包覆最小值邊界條件minimum value
使用介紹
設(shè)置模擬盒子沿著各個(gè)方向的邊界條件太伊。單獨(dú)的一個(gè)字母會(huì)將模擬盒子沿著某個(gè)方向的兩個(gè)面設(shè)置為一樣的邊界條件。兩個(gè)字母會(huì)將這兩個(gè)面分別設(shè)置為不同的邊界條件逛钻。
p代表周期性邊界條件僚焦，就是說(shuō)原子在跨越模擬盒子的邊界時(shí)，會(huì)從盒子的另外一邊再進(jìn)入盒子里曙痘。
默認(rèn)設(shè)置
boundary p p p
2.6 atom_style命令
使用語(yǔ)法
atom_style style args
- style可确急：angle/atomic/body/bond/charge/dipole/electron/ellipsoid/full/line/meso/molecular/peri/sphere/tri/hybrid
- args：只有body和hybrid需要設(shè)置args
使用介紹
定義模擬過(guò)程中原子的類(lèi)型立肘，它會(huì)決定原子包括哪些屬性。一定原子的類(lèi)型被設(shè)置了名扛，在模擬過(guò)程中就不能在改變了赛不，因此盡量更加通用的類(lèi)型，以免某些屬性沒(méi)有被包括卻被用到了罢洲。盡量使用更加通用的類(lèi)型踢故，雖然這可能會(huì)因?yàn)槟承傩詻](méi)有用到，同時(shí)會(huì)稍微降低效率惹苗，但總比出錯(cuò)好殿较。
一般來(lái)說(shuō)，模擬時(shí)需要單獨(dú)一種的原子類(lèi)型桩蓉。但如果模擬中的有些原子不需要某些性質(zhì)淋纲，但其他的原子需要，那么就要使用包含所有這些性質(zhì)的類(lèi)型院究。比如洽瞬，如果有些原子需要電荷，而另外一些不需要业汰，要使用類(lèi)型charge伙窃；如果有些原子有鍵，而另外一些沒(méi)有样漆，要使用類(lèi)型bond为障。
默認(rèn)設(shè)置
atom_style atomic
2.7 pair_style命令
使用語(yǔ)法
pair_style style args
- style可取：none/hybrid/coul/cut...
- args：特點(diǎn)style需要設(shè)置args
使用介紹
定義模擬過(guò)程中原子間對(duì)相互作用的類(lèi)型放祟△⒃梗可以通過(guò)pair_coeff命令指定相關(guān)的系數(shù)。
默認(rèn)設(shè)置
pair_style none
2.8 bond_style命令
使用語(yǔ)法
bond_style style args
- style可裙蛲住：none/hybrid/harmonic/mm3...
- args：特點(diǎn)style需要設(shè)置args
使用介紹
定義模擬過(guò)程中原子間鍵相互作用的類(lèi)型鞋喇。可以通過(guò)bond_coeff命令指定相關(guān)的系數(shù)眉撵。
默認(rèn)設(shè)置
bond_style none
2.9 angle_style命令
使用語(yǔ)法
angle_style style
- style可日煜恪：none/hybrid/harmonic/mm3...
使用介紹
定義模擬過(guò)程中原子鍵間角相互作用的類(lèi)型≈醋溃可以通過(guò)angle_coeff命令指定相關(guān)的系數(shù)鄙皇。
默認(rèn)設(shè)置
angle_style none
2.10 pair_coeff命令
使用語(yǔ)法
pair_coeff I J args
- I,J：原子類(lèi)型
- args：一對(duì)或多對(duì)原子類(lèi)型的系數(shù)
使用介紹
定義一對(duì)或多對(duì)原子類(lèi)型的成對(duì)力場(chǎng)系數(shù)。
2.11 bond_coeff命令
使用語(yǔ)法
bond_coeff N args
- N：鍵類(lèi)型
- args：一種或多種鍵類(lèi)型的系數(shù)
使用介紹
定義一對(duì)或多對(duì)原子類(lèi)型的成對(duì)力場(chǎng)系數(shù)仰挣。
2.12 angle_coeff命令
使用語(yǔ)法
angle_coeff N args
- N：角類(lèi)型
- args：一種或多種角類(lèi)型的系數(shù)
使用介紹
定義一種或多種角度類(lèi)型的角度力場(chǎng)系數(shù)伴逸，取決于角度樣式。
2.13 lattice命令
使用語(yǔ)法
lattice style scale keyword values ...
- style可缺旌：none/sc/bcc/fcc/hcp/diamond/sq/sq2/hex/custom
- scale：晶格和模擬盒子的比例因子
- 可以不添加或添加多個(gè)keyword/value
- keyword：origin/orient/spacing/a1/a2/a3/basis
使用介紹
該命令用來(lái)定義晶格错蝴，以便其他命令使用洲愤。在LAMMPS中，晶格對(duì)應(yīng)空間中的一些列陣點(diǎn)顷锰，這些陣點(diǎn)的位置是由相應(yīng)原胞中基本原子的位置決定的柬赐。這些陣點(diǎn)會(huì)在所有的方向上無(wú)限的復(fù)制。lattice命令的參數(shù)可以用來(lái)定義很多晶體學(xué)晶格官紫。
在LAMMPS肛宋，晶格有兩種使用方式。第一種束世，使用命令create_atoms在模擬盒子內(nèi)的晶格陣點(diǎn)上創(chuàng)建原子酝陈。需要注意的是，使用命令create_atoms可以在一個(gè)晶格的不同格點(diǎn)上創(chuàng)建不同類(lèi)型的原子毁涉。第二種沉帮，晶格沿著x,y,z三個(gè)方向的晶格間距可以被其他的命令（比如命令create_box, region, velocity）用作距離單位。
晶格類(lèi)型必須要與模擬的維度（參考命令dimension）要匹配贫堰。類(lèi)型sc or bcc or fcc or hcp or diamond屬于三維問(wèn)題穆壕。類(lèi)型sq or sq2 or hex屬于二維問(wèn)題。類(lèi)型custom既可以用于二維其屏，也可以用于三維問(wèn)題喇勋。
對(duì)于LAMMPS中一個(gè)晶格來(lái)說(shuō)，它是由單胞漫玄、一些基本原子和一些在模擬盒子安放單胞的變換參數(shù)（比例因子茄蚯、原點(diǎn)和方位）組成。矢量a1, a2, a3是單胞的邊向量睦优。需要注意的是，LAMMPS中使用的單胞是不同于具有最小體積的原胞壮不。
- 類(lèi)型none并沒(méi)有定義原胞和相關(guān)基組汗盘，因此用它定義的晶格不能被命令create_atoms使用。但它定義了由比例參數(shù)scale指定的晶格間距询一。上面已經(jīng)提到了隐孽，晶格間距可以被其他命令用作距離單位。對(duì)于類(lèi)型none來(lái)說(shuō)健蕊，不能添加額外的keyword/value菱阵。默認(rèn)定義的是lattice none 1.0，就是說(shuō)晶格距離與命令units定義的單位長(zhǎng)度相等缩功。
- 類(lèi)型sc, fcc, bcc, diamond是三維晶格晴及。其中sc, fcc, bcc, diamond定義了邊長(zhǎng)為1.0的立方單胞，其單胞的邊矢量為a1 = 1 0 0, a2 = 0 1 0, a3 = 0 0 1嫡锌。類(lèi)型hcp的邊矢量是a1 = 1 0 0, a2 = 0 sqrt(3) 0, a3 = 0 0 sqrt(8/3)虑稼。
- sc晶格有1個(gè)基本原子琳钉，在立方體左下角后面的位置。
- bcc晶格有2個(gè)基本原子蛛倦，分別在立方體的角上和中心的位置歌懒。
- fcc晶格有4個(gè)基本原子，有1個(gè)在角上溯壶，另外3個(gè)在面心的位置及皂。
- hcp晶格有4個(gè)基本原子，有2個(gè)在z=0的平面上且改，另外2個(gè)在z=0.5的平面上躲庄。
- diamond晶格有8個(gè)基本原子。
-
類(lèi)型sqandsq2是二維晶格钾虐，定義了邊長(zhǎng)為1.0的正方形單胞噪窘，其單胞的邊向量是a1 = 1 0 0和a2 = 0 1 0。類(lèi)型hex定義的也是二維晶格效扫，但單胞是長(zhǎng)方形的倔监，其單胞邊矢量為a1 = 1 0 0和a2 = 0 sqrt(3) 0。
- sq晶格有1個(gè)基本原子菌仁，在正方形的左下角的位置浩习。
- sq2晶格有2個(gè)基本原子，分別在正方形的角上和中心的位置济丘。
- hex晶格有2個(gè)基本原子谱秽，分別在長(zhǎng)方形的角上和中心的位置。
下面這部分介紹將理想單胞變換為模擬盒子中晶格陣點(diǎn)的相關(guān)參數(shù)摹迷。
參數(shù)scale決定在模擬盒子中布置單胞時(shí)疟赊，它的實(shí)際尺寸。也就是說(shuō)峡碉，將該參數(shù)作為乘法因子作用在單胞上近哟，從而可以獲得所需尺寸的晶格。參數(shù)scale的意義依賴(lài)于在模擬過(guò)程中使用的單位類(lèi)型（參考命令units）鲫寄。
對(duì)于除了lj之外的所有單位類(lèi)型吉执，參數(shù)scale都是由相應(yīng)單位類(lèi)型所定義的長(zhǎng)度單位指定。舉例來(lái)說(shuō)地来，對(duì)于real或metal的單位類(lèi)型戳玫，如果立方單胞的邊長(zhǎng)為1.0，指定scale=3.52未斑，那么就會(huì)創(chuàng)建一個(gè)間距3.52A的立方晶格咕宿。對(duì)于cgs單位類(lèi)型而言，間距是3.52cm。
origin選項(xiàng)指定在將單胞布置在模擬盒子中的時(shí)候荠列，如何對(duì)其進(jìn)行平移类浪。參數(shù)x,y,z是分?jǐn)?shù)值（0.0 <= x,y,z < 1.0）隧枫，意思是說(shuō)按著相應(yīng)方向上的晶格間距的分?jǐn)?shù)倍進(jìn)行平移心肪。
orient選項(xiàng)指定在將單胞布置在模擬盒子中的時(shí)候，如何對(duì)其進(jìn)行旋轉(zhuǎn)冷尉。參數(shù)dim是模擬盒子3個(gè)坐標(biāo)軸中的一個(gè)川队。另外3個(gè)參數(shù)定義一個(gè)晶體學(xué)方向力细，你的單胞將會(huì)沿著那個(gè)方向擺放；需要指定為整數(shù)固额，比如orient x 2 1 0的意思就是說(shuō)模擬盒子的x方向是沿著晶格的[210]方向眠蚂。你所指定的三個(gè)晶格方向必須是相互正交的，并且滿(mǎn)足右手定則斗躏，即X叉乘Y的方向與Z相同逝慧。需要注意的是，這里的介紹只對(duì)正交晶格是適用的啄糙。如果你要使用custom類(lèi)型定義非正交的邊矢量a1,a2,a3笛臣，那么你可以認(rèn)為orient選項(xiàng)定義了3x3的旋轉(zhuǎn)矩陣，并將其作用于a1,a2,a3對(duì)最初的單胞進(jìn)行旋轉(zhuǎn)隧饼，從而得到新的擺向沈堡。
使用舉例
lattice fcc 3.52
lattice hex 0.85
lattice sq 0.8 origin 0.0 0.5 0.0 orient x 1 1 0 orient y -1 1 0
lattice custom 3.52 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.5 1.0 0.0 a3 0.0 0.0 0.5 basis 0.0 0.0 0.0 basis 0.5 0.5 0.5
默認(rèn)設(shè)置
lattice none 1.0
2.14 region命令
使用語(yǔ)法
region ID style args keyword arg ...
- ID：待定義區(qū)域的ID
- style可取：delete / block / cone / cylinder / plane / prism / sphere / union / intersect
使用介紹
該命令用于定義一個(gè)空間幾何區(qū)域燕雁。很多其他命令都會(huì)使用該命令定義的區(qū)域诞丽。舉例來(lái)說(shuō)，create_atoms可以在定義區(qū)域中創(chuàng)建原子拐格，create_box命令可以根據(jù)定義區(qū)域定義模擬盒子僧免，group命令可以將定義區(qū)域中包括的原子定義為一個(gè)組，delete_atoms命令可以將定義區(qū)域中的原子刪掉禁荒，fix wall/region可以將定義區(qū)域的表面定義為壁面（boundary wall）猬膨。
2.15 create_box命令
使用語(yǔ)法
create_box N region-ID keyword value ...
- N： 模擬中使用的原子類(lèi)型數(shù)
- region-ID：用作模擬域的區(qū)域ID
- keyword：bond/types or angle/types or dihedral/types or improper/types or extra/bond/per/atom or extra/angle/per/atom or extra/dihedral/per/atom or extra/improper/per/atom
使用介紹
基于指定的區(qū)域創(chuàng)建一個(gè)模擬框。首先必須使用region命令來(lái)定義幾何域呛伴。
2.16 create_atoms命令
使用語(yǔ)法
create_atoms type style args keyword values ...
- type：要?jiǎng)?chuàng)建的原子類(lèi)型（用1到N的數(shù)字代替）
- style：box / region / single / random
使用介紹
該命令用來(lái)在晶格陣點(diǎn)上創(chuàng)建原子，或創(chuàng)建一個(gè)單獨(dú)的原子谒所，或創(chuàng)建一些列隨機(jī)原子热康。也可以用命令read_data或read_restart通過(guò)直接給出原子坐標(biāo)的方式創(chuàng)建原子。在使用該命令之前劣领，模擬盒子必須是存在的（使用create_box命令創(chuàng)建）姐军，同時(shí)晶格也必須已經(jīng)被定義（使用lattice命令）。但對(duì)于創(chuàng)建single類(lèi)型且以box為單位的原子，或創(chuàng)建random類(lèi)型的原子時(shí)奕锌，不需要先定義晶格著觉。
該命令是向已經(jīng)存在的體系中繼續(xù)添加原子。換句話(huà)說(shuō)惊暴，該命令可以多次使用饼丘，從而可以在模擬盒子中創(chuàng)建多組原子。通過(guò)交錯(cuò)地使用create_atoms命令和lattice命令（配置為不同晶向orientations）辽话，就可以創(chuàng)建晶界肄鸽；聯(lián)合使用create_atoms命令和delete_atoms命令，可以創(chuàng)建非常復(fù)雜的體系油啤。create_atoms命令也可以在已經(jīng)讀入的體系中繼續(xù)創(chuàng)建原子典徘。在所有列舉的這些情況中，都需要注意不要讓新創(chuàng)建的原子與已經(jīng)存在的原子重疊益咬〈澹可以使用delete_atoms命令來(lái)處理重疊原子的問(wèn)題。
box類(lèi)型：該命令在整個(gè)模擬盒子中所有的晶格陣點(diǎn)上創(chuàng)建原子幽告。如果你的模擬盒子是周期性的梅鹦，你應(yīng)該確保其尺寸是晶格距離的整數(shù)倍，從而避免在盒子邊界處可能存在的原子重疊评腺。如果你的盒子是周期性的帘瞭，并且在某個(gè)方向上盒子的尺寸是晶格距離的整數(shù)倍，那么LAMMPS會(huì)在邊界上只放置一個(gè)原子（譯注：邊界上的原子不會(huì)丟失或在兩個(gè)面同時(shí)出現(xiàn)）蒿讥。
region類(lèi)型：該命令會(huì)在region-ID所指定的區(qū)域與模擬盒子相交的公共區(qū)域內(nèi)創(chuàng)建原子蝶念。需要注意的是，這里定義的區(qū)域可以在模擬盒子內(nèi)芋绸，也可以在模擬盒子外媒殉。還需要注意，即便你在這里定義的區(qū)域與周期性模擬盒子的尺寸是一樣的摔敛，LAMMPS所執(zhí)行的邏輯跟box類(lèi)型也不一樣廷蓉，就是說(shuō)并不能像box類(lèi)型那樣確保在邊界上只有一個(gè)原子。所以如果你希望達(dá)成像box類(lèi)型那樣的效果马昙，你最好使用box類(lèi)型桃犬，或者就是非常精確的調(diào)整region的尺寸來(lái)獲得你想要的原子。
single類(lèi)型：將指定坐標(biāo)的原子添加到系統(tǒng)中行楞。對(duì)于調(diào)試或者創(chuàng)建一些列手動(dòng)添加的原子會(huì)比較有用攒暇。
random類(lèi)型：在系統(tǒng)中按著隨機(jī)坐標(biāo)產(chǎn)生N各原子，這對(duì)于產(chǎn)生無(wú)定形系統(tǒng)會(huì)比較有用子房。根據(jù)指定的隨機(jī)種子數(shù)seed形用，程序會(huì)依次創(chuàng)建N個(gè)隨機(jī)原子就轧。這N個(gè)隨機(jī)原子的坐標(biāo)與所使用處理器的個(gè)數(shù)沒(méi)有關(guān)系。另外田度，如果region-ID設(shè)置為NULL妒御，那么創(chuàng)建的原子會(huì)隨機(jī)填充模擬盒子的任何位置；如果指定了特定的region-ID镇饺，那么原子就只會(huì)隨機(jī)填充在模擬盒子與region-ID所共同指定的區(qū)域乎莉。
注意：使用random類(lèi)型產(chǎn)生的原子很有可能是相互重疊的,或者是距離較近，不太符合實(shí)際物理兰怠，從而導(dǎo)致計(jì)算出較大的力或能量梦鉴。因此，在開(kāi)始進(jìn)行正常的動(dòng)力學(xué)計(jì)算時(shí)揭保，最好先使用minimize對(duì)體系進(jìn)行能量最小化肥橙，或先使用fix nve/limit進(jìn)行動(dòng)力學(xué)計(jì)算。
2.17 fix命令
使用語(yǔ)法
fix ID group-ID style args
- ID：fix命令的ID
- group-ID：該fix命令所作用的原子組的ID
- style：fix類(lèi)型名
- args：特定類(lèi)型fix命令所需要的參數(shù)
使用介紹
為一組原子施加fix約束秸侣。在LAMMPS中存筏，fix是施加在分子動(dòng)力學(xué)時(shí)間步或能量最小化過(guò)程中的某種操作∥堕唬可能是在時(shí)間積分的過(guò)程中更新原子的位置和速度椭坚，或是控制溫度，或是給原子施加約束力搏色，或是強(qiáng)制某種邊界條件善茎，或計(jì)算過(guò)程診斷，等等频轿。
fix命令會(huì)在時(shí)間步中的不同過(guò)程中執(zhí)行相關(guān)的操作垂涯。如果有2個(gè)或多個(gè)fix命令作用于時(shí)間步中的同一過(guò)程，它們會(huì)按著在輸入腳本中定義的順序依次被激活航邢。
fix命令的ID只能包含字母耕赘、數(shù)字和下劃線(xiàn)。
fix命令所施加的約束可以被unfix命令刪去膳殷。
注意：使用unfix命令是唯一用來(lái)關(guān)閉fix命令所施加的約束的方法操骡。如果只是指定一種新的類(lèi)似的fix命令并不會(huì)關(guān)閉之前的fix命令。這對(duì)于進(jìn)行積分的fix命令特別重要赚窃。舉例來(lái)說(shuō)册招，如果你先定義了fix nvt命令，然后又定義了fix nve命令勒极，這樣做并不會(huì)將先定義的NVT時(shí)間積分取消掉跨细，而是這兩個(gè)時(shí)間積分同時(shí)進(jìn)行。
fix_modify命令用來(lái)重置fix命令定義的某些設(shè)置河质。
使用舉例
fix 1 all nve
fix 3 all nvt temp 300.0 300.0 0.01
fix mine top setforce 0.0 NULL 0.0
2.18 dump命令
使用語(yǔ)法
dump ID group-ID style N file args
- ID：dump命令的ID
- group-ID：該dump命令所作用的原子組的ID
- style：dump類(lèi)型名
- N：隔多少時(shí)間步輸出一次
- file：輸出文件名
- args：特定類(lèi)型dump命令所需要的參數(shù)
Example：Fe的in.file
echo screen #將信息輸出到屏幕
units metal #單位metal
boundary p p p #周期性邊界條件
atom_style atomic #原子模式
timestep 0.01
lattice bcc 2.86 #鐵的晶格類(lèi)型及晶格常數(shù)
region box block 0 4 0 4 0 4 #id為box,style為block,x y z方向上長(zhǎng)度
create_box 1 box #只有Fe,為1
create_atoms 1 box
pair_style eam/fs #eam合金相互作用
pair_coeff * * ../potentials/Fe_mm.eam.fs Fe #相互作用勢(shì)在此文件
neighbor 0.3 bin
neigh_modify every 10 check yes #neighlist更新頻率，10步更新一次
variable N equal abs(floor(x[100])) #id為100的原子坐標(biāo)的絕對(duì)值做隨機(jī)數(shù)
velocity all create 100 ${N} dist gaussian #所有原子，對(duì)應(yīng)100K溫度下的速度掀鹅，N隨機(jī)數(shù)散休，gaussian分布
#跑平衡過(guò)程
fix 1 all nve #fix id為1,all所有原子跑nve系綜
dump 1 all custom 100 dump_bal.lammpstrj id type x y z
run 10000
undump 1
thermo 100 #100步輸出一次熱力學(xué)信息
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