1創(chuàng)建數(shù)據(jù)庫(kù)的文件夾
其實(shí)這一步很簡(jiǎn)單霹琼，為了方便孤荣，就在自己的主目錄下創(chuàng)建一個(gè)db的文件夾,像這樣
/public/home/yourname/db
2從NCBI上下載數(shù)據(jù)文件
1.點(diǎn)擊這個(gè)鏈接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/
選擇你要下載的予颤，當(dāng)然你也可以用自帶的perl腳本一起下載漆诽，我是點(diǎn)了一個(gè)下載試試看的，我選了nr00。
3下載下來(lái)以后傳到服務(wù)器里面扫尺，放在剛剛那個(gè)文件夾下面，然后使用tar 解壓
特別說(shuō)明一下炊汤，nr.pal這個(gè)文件是索引文件正驻，由于我只下載了00，所以要vim 這個(gè)文件抢腐，刪去其他的姑曙，這樣才能運(yùn)行，當(dāng)然你下載了全部也可以哈迈倍。
4這樣數(shù)據(jù)庫(kù)其實(shí)已經(jīng)構(gòu)造好了伤靠，如果要更加方便的話，還要設(shè)置一個(gè).ncbirc文件
大家可以參考： http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jpt3.html
http://blog.csdn.net/flyfrommath/article/details/52945586
然而不知道為什么啼染，我設(shè)置了沒(méi)有成功宴合，我去看了NCBI上面的readme文件，2002年的時(shí)候好像不是這么設(shè)置的迹鹅，但是2017的又沒(méi)有怎么說(shuō)卦洽，不過(guò)暫時(shí)不影響使用。
5測(cè)試一下
1.先去NCBI上面隨便下載一個(gè)fasta文件的序列
2然后輸入
blastx -query test.fa -db /public/home/yourname/db/nr -outfmt 5 -out "result_test"
3 查看 result_test 文件
OK 徒欣， 這樣本地?cái)?shù)據(jù)庫(kù)就構(gòu)建好了逐样。
明天學(xué)習(xí)一下用法
