分化時間是宏觀進化的內(nèi)容哥攘，以某一特定類群的化石記錄作為參照點剖煌，通過基因序列間的分歧程度以及分子鐘來估計速率恒定分支間的分歧時間，同時計算系統(tǒng)發(fā)育樹上其他節(jié)點的發(fā)生時間献丑，從而推斷相關(guān)類群的起源時間和不同類群的發(fā)生時間。
分子鐘：一個特定的生物大分子（蛋白質(zhì)或DNA）在所有的演化譜系中具有恒定的演化速率侠姑。其中创橄，演化譜系是指不同類群。
Beast2軟件基于多序列比對后的結(jié)果莽红，按照mcmc（馬爾可夫蒙特卡洛方法）構(gòu)建貝葉斯進化樹妥畏，而ML（最大似然法）和貝葉斯進化樹對氨基酸/核苷酸替代模型的選擇非常敏感，故在進行進化樹或分化時間構(gòu)建之前安吁，需對氨基酸/核苷酸替代模型進行選擇醉蚁。
對氨基酸替代模型的選擇基于prottest軟件進行，對核苷酸替代模型的選擇基于jModeltest進行鬼店。在基于同源蛋白構(gòu)建進化樹并計算分化時間的過程中网棍，使用beast2軟件前，通常先使用prottest軟件對氨基酸替代模型計算AIC妇智、BIC分值或DT來尋找最佳模型滥玷，分值越小越優(yōu)氏身；隨后根據(jù)最佳模型參數(shù)，使用beast2軟件進行進化分化時間估計惑畴，在計算完成后蛋欣，對進化樹進行一系列可視化并美化的操作。
示例1：基于單拷貝直系同源基因構(gòu)建的NJ進化樹示例圖
image.png
示例2：基于beast2軟件構(gòu)建的貝葉斯進化樹和分化時間示例圖
image.png
流程：
