cMap新版clue的使用——Morpheus

之前在Connectivity Map(cMap)的探索應用（二）中提到了兩種cmap在線分析網(wǎng)站男摧，一個是build2 着逐；另一個是CLUE平臺巴刻。bulid2在cMAP在線分析——舊版build2的使用那期已經(jīng)講解過狠鸳，今天就來簡單介紹下CLUE平臺的使用哈街！由于CLUE平臺的功能很多留瞳，會分多期講解。上一期cMAP新版clue的使用——Data Library已經(jīng)簡單介紹了Data Library的操作方法骚秦，今天開始 Morpheus的介紹她倘！

cMAP新版clue在線分析璧微，網(wǎng)站：https://clue.io/。

clue的主工具區(qū)（Tools）

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今天主要介紹Morpheus（Versatile matrix visualization and analysis software）硬梁，該工具主要用于網(wǎng)站數(shù)據(jù)庫或自己上傳數(shù)據(jù)庫的熱圖形式查看數(shù)據(jù)前硫，可聚類，創(chuàng)建新注釋靶溜，搜索开瞭，過濾，排序罩息，顯示圖表等功能嗤详。

數(shù)據(jù)格式介紹

首先點擊Tools—Morpheus進入如下界面，加載的數(shù)據(jù)格式可以是GCT 1.3, GCT 1.2, MAF, GMT這幾種：

GCT格式文件：是制表符分隔的文本文件格式瓷炮，可方便地分析與矩陣兼容的數(shù)據(jù)集葱色，因為它允許將有關實驗的元數(shù)據(jù)與實驗數(shù)據(jù)一起存儲。GCT文件可以存儲行和列元數(shù)據(jù)娘香。通常苍狰，每列代表特定實驗（例如，用小分子藥物處理細胞系MCF7）烘绽，每一行代表在測定中測量的特征（例如基因）淋昭。GCT文件有兩種主要格式，即GCT（文本安接，v1.3）和GCTx（二進制翔忽，v1.0）。下面顯示了一個版本1.3的GCT文件（在電子表格中打開）的示例：

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MAF格式文件：是mutation記錄文件盏檐，那么maf格式的數(shù)據(jù)是如何得來的呢歇式？在測序數(shù)據(jù)分析過程中通過snp-calling得到vcf格式的突變記錄數(shù)據(jù)文件，然后通常是對其中的somatic突變進行注釋胡野，得到MAF格式的數(shù)據(jù).
GMT格式文件：Gene Matrix Transposed file format材失，GMT文件格式是制表符分隔的文件格式，用于描述基因集硫豆。在GMT格式中龙巨，每一行代表一個基因集，GMT文件格式的組織如下：

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數(shù)據(jù)演示(以GMT格式為例)

直接將gmt文件拖入其中熊响，即展示如下頁面恭应，可以進行一系列編輯、查看耘眨、保存等基礎功能昼榛，還可以嘗試Tools中的各種分析工具。針對此c5.all.v6.2.symbols.gmt文件（源自GSEA官網(wǎng)）來說，收錄的所有功能條目胆屿，每個功能條目包含的基因奥喻。熱圖的展示便于呈現(xiàn)基因和功能分類之間的關系，一目了然的了解到基因在功能中的分布情況非迹。