通過對Seurat 包的裝飾，提高 scRNA-seq 數(shù)據(jù)的處理和可視化能力
Scillus有兩種使用方式：
- 從原始數(shù)據(jù)開始小泉，您應該瀏覽以下所有部分曼库。
- 從數(shù)據(jù)整合好的Seurat對象禀酱，提高繪圖功能憔维，安裝好Scillus后可以直接進入Plotting涛救。
接下來我們將分四個步驟進行解讀：
- 1.Scillus安裝
- 2.配置文件準備
- 3.原始數(shù)據(jù)的處理
- 4.繪圖(可視化)
1.Scillus安裝
請使用以下代碼安裝：
if (!require(devtools)) {
install.packages("devtools")
}
devtools::install_github("xmc811/Scillus", ref = "development")
2.配置文件準備
樣本數(shù)據(jù)
示例使用的數(shù)據(jù)集來自Gaydosik AM等人的研究。它可以從此處下載數(shù)據(jù)埋同。下載后的文件解壓tar xvzf GSE128531.tar.gz州叠。單個.csv.gz文件不需要進行解壓縮棵红。為了減少計算時間凶赁，數(shù)據(jù)集僅包含 6 個樣本和每個樣本 300 個細胞。完整的原始數(shù)據(jù)可通過GEO 獲取逆甜。
樣本數(shù)據(jù)格式為：.csv.gz虱肄，但 Scillus 也適用于 10x Genomics cellranger 輸出格式，如下所示：
$ tree filtered_feature_bc_matrix
filtered_feature_bc_matrix
├── barcodes.tsv.gz
├── features.tsv.gz
└── matrix.mtx.gz
metadata數(shù)據(jù)
由于每個 scRNA-seq 對象的樣本通常不止一個交煞，Scillus 的加載和過濾函數(shù)將生成和處理 Seurat 對象列表咏窿。應向加載函數(shù)提供metadata數(shù)據(jù)。metadata數(shù)據(jù)應至少有兩列：一列名為sample素征，另一列名為file或folder集嵌，具體取決于輸入數(shù)據(jù)格式。對于示例數(shù)據(jù)御毅，metadata數(shù)據(jù)可以通過以下方式構(gòu)建：
library(tidyverse)
a <- list.files("your/path/to/sample/data/GSE128531_RAW", full.names = TRUE)
m <- tibble(file = a,
sample = stringr::str_remove(basename(a), ".csv.gz"),
group = rep(c("CTCL", "Normal"), each = 3))
| file | sample | group |
|---|---|---|
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/CTCL-5.csv.gz | CTCL-5 | CTCL |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/CTCL-6.csv.gz | CTCL-6 | CTCL |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/CTCL-8.csv.gz | CTCL-8 | CTCL |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/HC-1.csv.gz | HC-1 | Normal |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/HC-2.csv.gz | HC-2 | Normal |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/HC-3.csv.gz | HC-3 | Normal |
metada數(shù)據(jù)中的其他相關(guān)信息（例如組根欧、性別、年齡端蛆、治療）都可以加到數(shù)據(jù)表中凤粗，并且它們包含在 Seurat 對象中。此處添加group列是為了演示目的今豆。
對于 10x Genomics cellranger 輸出嫌拣，metadata數(shù)據(jù)應該有一個列命名folder（如下表）而不是file，并且每個文件夾中應該有 3 個文件呆躲，如上所示的樹結(jié)構(gòu)异逐。
| folder | sample | group |
|---|---|---|
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/CTCL-5 | CTCL-5 | CTCL |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/CTCL-6 | CTCL-6 | CTCL |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/CTCL-8 | CTCL-8 | CTCL |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/HC-1 | HC-1 | Normal |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/HC-2 | HC-2 | Normal |
| /Users/mxu3/Documents/projects/Scillus/test/GSE128531_RAW/HC-3 | HC-3 | Normal |
對調(diào)色板的設(shè)置
Scillus 的繪圖功能將結(jié)合調(diào)色板（Palette）設(shè)置，以確保不同類型繪圖中每個變量的著色方案一致插掂。
pal <- tibble(var = c("sample", "group","seurat_clusters"),
pal = c("Set2","Set1","Paired"))
| var | pal |
|---|---|
| sample | Set2 |
| group | Set1 |
| seurat_clusters | Paired |
