除了利用ascp命令從NCBI下載SRA文件外猜欺，SRAtoolkit也提供了prefetch命令用于下載SRA文件颖低。
prefetch命令用法如下：
Usage:
prefetch [options] <SRA accession | kart file> [...]
Download SRA or dbGaP files and their dependencies
prefetch [options] <SRA file> [...]
Check SRA file for missed dependencies and download them
prefetch --list <kart file> [...]
List the content of a kart file
prefetch命令下載一個(gè)SRA文件：
prefetch SRR6232298
結(jié)果如下：
image.png
- 注意：如果安裝了Aspera，prefetch會(huì)優(yōu)先用ascp協(xié)議下載
2018-10-16T01:43:06 prefetch.2.9.2: Downloading via fasp... - 而SRA文件會(huì)默認(rèn)下載在~/ncbi/public/sra 目錄下
prefetch命令下載多個(gè)SRA文件：
1. 從NCBI網(wǎng)站下載SRA accession no.的列表文件
比如鄙早，這是一個(gè)Bioproject的相關(guān)信息頁(yè)面：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=DRP002849
在頁(yè)面下面列出了所有相關(guān)SRA文件信息
image.png
點(diǎn)accession list汪茧，將下載得到的文本文件上傳到服務(wù)器/home/Seqs目錄
2. 從NCBI網(wǎng)站下載SRA accession no.的列表文件
運(yùn)行命令:
prefetch --option-file Seqs/SRR_lists.txt
SRR_lists.txt就是剛剛從網(wǎng)站下載的accession list；運(yùn)行結(jié)果：
image.png
詳細(xì)說(shuō)明參見(jiàn)官方Documentation：
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=prefetch
