一.數(shù)據(jù)基本信息
數(shù)據(jù)來源：GEO GSE62533 (CLL)
sample: 12
Sample info：from mononuclear cells from peripheral blood
CLL patients were treat by DMSO or BV6
case：control 3：3：3：3 treat 4h or 20h by DMSO(對照) or BV6(實驗) (分別用DMSO和BV6治療4h和20h)
Platform：GPL570
gene：20486
二．實驗?zāi)康?br>
基于物體的相似性將物體分成不同的組
三．實驗項目
- 相似性指標(biāo)
- 層次聚類(對樣本)
x為54675*12基因表達(dá)矩陣 原文件GSE62533.matrix.txt
代碼:
y=x';
y1=pdist(x','euclidean');#計算歐式距離
z=linkage(y1); -
K-均值聚類(對基因)
代碼:
K-[idx,C]=kmeans(x,4); %分四類
figure;
plot(x(idx==1,1),x(idx==1,2),'r.','MarkerSize',12) %第一類
hold on
plot(x(idx==2,1),x(idx==2,2),'b.','MarkerSize',12) %第二類
hold on
plot(x(idx==3,1),x(idx==3,2),'g.','MarkerSize',12) %第三類
hold on
plot(x(idx==4,1),x(idx==4,2),'m.','MarkerSize',12) %第四類
plot(C(:,1),C(:,2),'kx',...
'MarkerSize',15,'LineWidth',3)
legend('Cluster1','Cluster2','Cluster3','Cluster4',...
'Location','NW') %圖例
title'Cluster Gene';
四．實驗結(jié)果
層次聚類(Q型)
image.png
image.png
K-均值聚類(R型)
image.png
