日期：2019年1月6日——2019-Week1
分類：「工具」
題目：ATAC-pipe: general analysis of genome-wide chromatin accessibility
DOI: 10.1093/bib/bby056
雜志：Briefings in Bioinformatics
關(guān)鍵詞： ATAC; chromatin accessibility; transcription factor; regulatory network
摘要
ATAC-pipe是中科大Kun Qu實(shí)驗(yàn)室開發(fā)的一個(gè)打包軟件包自沧，用于分析bulk ATAC-Seq鞭铆。主要功能包括：
- 鑒定顯著差異的開放染色質(zhì)區(qū)域
- motif分析及相關(guān)的TFs對(duì)轉(zhuǎn)錄調(diào)控的影響
- TF和motif的足跡分析以及核小體占位的可視化
- 基于相關(guān)性的細(xì)胞聚類分析
- 構(gòu)建TF調(diào)控網(wǎng)絡(luò)吼渡，評(píng)估TFs和基因間的相互作用
詳細(xì)用法參考： https://github.com/QuKunLab/ATAC-pipe
或者 manual for ATAC-pipe:
https://github.com/QuKunLab/ATAC-pipe/blob/master/Manual_for_ATAC-pipe.pdf
材料和方法
1. 流程和算法
ATAC-pipe是基于其他工具和軟件包的芝薇，需要在Linux/MAC OS平臺(tái)安裝 requires Bowtie2, Picard, MACS2, HOMER, Python和R的環(huán)境漓雅，以及相關(guān)的參考基因組和DESeq R包饵隙。
- 比對(duì): Bowtie2
- 去重: Picard
- peak calling: MACS2
- count標(biāo)準(zhǔn)化和差異分析：DESeq
- 聚類和熱圖：Cluster 3.0 和 Treeview
- TF motifs分析: Homer and msCentipede
- 序列遷移丽猬，TSS富集值和分布拂铡，V-plot, TF調(diào)控網(wǎng)絡(luò)：他們自己實(shí)驗(yàn)室寫的代碼
2. 與其他工具的比較
他們的介紹是「ATAC-pipe功能多，其他工具可能只是包含QC终惑，比對(duì)绍在，peak calling等基本步驟，但是ATAC-pipe還包含樣本聚類，motif 搜索偿渡，足跡驗(yàn)證臼寄、核小體占位分析和TF調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，而且更重要的是可以鑒定顯著差異開放染色質(zhì)區(qū)域和這些區(qū)域的TF motif富集, 另外所需時(shí)間與其他工具相比較少」溜宽。
（他們介紹的優(yōu)點(diǎn)了解下即可吉拳，其實(shí)很多工具都可以實(shí)現(xiàn)相同的功能,其他工具的功能和原理也要了解一下）
結(jié)果
看一下這個(gè)流程包可以給出哪些結(jié)果
結(jié)果1：質(zhì)控
結(jié)果2：相關(guān)性和差異peaks分析
結(jié)果3：TF 富集分析
結(jié)果4：TF motif足跡分析和核小體占位分析
結(jié)果5：TF驅(qū)動(dòng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
![]()
TF驅(qū)動(dòng)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
討論
使用他人打包的工具包有人可能覺得省時(shí)方便，但是會(huì)有很多限制适揉，不夠靈活留攒。而且他們這個(gè)工具包本身需要安裝很多工具，最終是包裝成python模塊嫉嘀，使用時(shí)是需要有l(wèi)inux和python基礎(chǔ)的炼邀。他們的分析結(jié)果有很多工具和方法可以實(shí)現(xiàn)，對(duì)于這篇文章也就是了解下他們進(jìn)行ATAC-seq分析時(shí)使用的方法剪侮，同時(shí)了解下文章中做比較時(shí)提到其他工具拭宁。
如果想實(shí)現(xiàn)個(gè)性化和彈性化的分析，還是需要自己了解掌握每一步的分析流程瓣俯，具體方法可以參考之前的帖子:
-
ATAC-Seq入門加高階傳送門杰标，文末點(diǎn)擊可進(jìn)入交流群
https://mp.weixin.qq.com/s/iVMY_0Su278OfWc2r2_brQ -
第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq彩匕、RNA-Seq整合分析（內(nèi)附目錄）
https://mp.weixin.qq.com/s/7k2GEmPmnkVfmzegpxabQA -
給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn)（附上收費(fèi)視頻）
https://mp.weixin.qq.com/s/XQITfdnS6Zn6iTBtuladPw
另外記得在去年蘇州單細(xì)胞會(huì)議的海報(bào)展示在旱，Kun Qu老師實(shí)驗(yàn)室展示了一個(gè)用于sc-ATAC分析的工具包APEC（不知道發(fā)表沒）。
APEC的文章已在預(yù)印版上發(fā)出：https://www.biorxiv.org/content/early/2019/05/23/646331.full.pdf
