給你看,我用的就是這些包??

劉小澤寫(xiě)于2020.4.19
題目依然是花花幫忙起的
今天來(lái)介紹一個(gè)簡(jiǎn)單又實(shí)用的需求,就是如何自動(dòng)化給每個(gè)包添加對(duì)應(yīng)的說(shuō)明和版本信息

前言

我們首先來(lái)假設(shè)一個(gè)情境吱型,而且一定會(huì)遇到:

我自己有一個(gè)腳本帐萎,想發(fā)給別人用跟狱,但別人收到后卻產(chǎn)生某個(gè)包的報(bào)錯(cuò)扎运。于是第一步,他會(huì)問(wèn):你用的R包都是哪個(gè)版本笆颗浮闲孤?我怎么重復(fù)不出來(lái)?

這時(shí)一般我們會(huì)用sessionInfo()烤礁,得到下面的全部配置

但當(dāng)我們安裝的R包數(shù)量有點(diǎn)多時(shí)讼积,別人可能要仔細(xì)從中尋找對(duì)應(yīng)的包的版本

那么問(wèn)題來(lái)了:能不能一開(kāi)始加載包的時(shí)候,就直接標(biāo)注包的版本呢脚仔?

一個(gè)善于觀察的人寫(xiě)了一個(gè)有趣的包

這個(gè)人叫:Luis Verde Arregoitia (https://github.com/luisDVA/annotater)

他在幫助同事進(jìn)行R debug時(shí)發(fā)現(xiàn)勤众,同事的腳步中調(diào)用了大量的R包,而且錯(cuò)誤主要是由于包的依賴關(guān)系沒(méi)有搞好(可能某個(gè)依賴包的版本太舊或者太新)鲤脏,另外有很多R包已經(jīng)忘記是做什么用的了们颜,需要現(xiàn)場(chǎng)一個(gè)一個(gè)查。

最后猎醇,他利用utils::packageDescription()對(duì)每個(gè)包都查看了一下title和version窥突,最后整理出來(lái),標(biāo)注好了每個(gè)包的作用

# package load ------------------------------------------------------------
library(readr) # Read Rectangular Text Data
library(dplyr) # A Grammar of Data Manipulation
library(sensiPhy) # Sensitivity Analysis for Comparative Methods
library(tibble) # Simple Data Frames
library(weatherData) # Get Weather Data from the Web

他嫌一個(gè)一個(gè)操作太麻煩硫嘶,于是他寫(xiě)了個(gè)包阻问,對(duì)每個(gè)R包批量進(jìn)行utils::packageDescription 查看,并且一鍵式操作

我們來(lái)看看這個(gè)包

首先是安裝

# install.packages("remotes")
remotes::install_github("luisdva/annotater")

然后重啟rstudio沦疾,會(huì)發(fā)現(xiàn)插件(Addins)這里多了這個(gè)annotater包

最后一鍵式操作称近,點(diǎn)擊Annotate package calls in active file

就會(huì)看到:

來(lái)一個(gè)動(dòng)圖:

添加包的說(shuō)明信息
當(dāng)然,除了能看每個(gè)包的作用(也就是它們的標(biāo)題)哮塞,版本可能是更為關(guān)心的

再來(lái)一個(gè)動(dòng)圖:

添加版本信息

但這里需要說(shuō)明刨秆,這個(gè)插件只能在library()后面沒(méi)有注釋的情況下使用;
當(dāng)添加了標(biāo)題信息后彻桃,就不能繼續(xù)在后面添加標(biāo)題信息

除非把之前的標(biāo)題信息換行坛善,保證library()沒(méi)有注釋晾蜘,就可以繼續(xù)添加新的版本信息【就像下面這樣】

最后再回顧一下兩個(gè)常用的功能:

歡迎關(guān)注我們的公眾號(hào)~_~  
我們是兩個(gè)農(nóng)轉(zhuǎn)生信的小碩邻眷,打造生信星球眠屎,想讓它成為一個(gè)不拽術(shù)語(yǔ)、通俗易懂的生信知識(shí)平臺(tái)肆饶。需要幫助或提出意見(jiàn)請(qǐng)后臺(tái)留言或發(fā)送郵件到jieandze1314@gmail.com

Welcome to our bioinfoplanet!

最后編輯于
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末改衩,一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市,隨后出現(xiàn)的幾起案子驯镊,更是在濱河造成了極大的恐慌葫督,老刑警劉巖,帶你破解...
    沈念sama閱讀 218,122評(píng)論 6 505
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件板惑,死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異橄镜,居然都是意外死亡,警方通過(guò)查閱死者的電腦和手機(jī)冯乘,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 93,070評(píng)論 3 395
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門(mén)洽胶,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來(lái),“玉大人裆馒,你說(shuō)我怎么就攤上這事姊氓。” “怎么了喷好?”我有些...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 164,491評(píng)論 0 354
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵翔横,是天一觀的道長(zhǎng)。 經(jīng)常有香客問(wèn)我梗搅,道長(zhǎng)禾唁,這世上最難降的妖魔是什么? 我笑而不...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 58,636評(píng)論 1 293
  • 正文 為了忘掉前任无切,我火速辦了婚禮蟀俊,結(jié)果婚禮上,老公的妹妹穿的比我還像新娘订雾。我一直安慰自己肢预,他們只是感情好,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 67,676評(píng)論 6 392
  • 文/花漫 我一把揭開(kāi)白布洼哎。 她就那樣靜靜地躺著烫映,像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪噩峦。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上锭沟,一...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 51,541評(píng)論 1 305
  • 那天,我揣著相機(jī)與錄音识补,去河邊找鬼族淮。 笑死,一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的祝辣。 我是一名探鬼主播贴妻,決...
    沈念sama閱讀 40,292評(píng)論 3 418
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開(kāi)眼,長(zhǎng)吁一口氣:“原來(lái)是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼蝙斜!你這毒婦竟也來(lái)了名惩?” 一聲冷哼從身側(cè)響起,我...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 39,211評(píng)論 0 276
  • 序言:老撾萬(wàn)榮一對(duì)情侶失蹤孕荠,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎娩鹉,沒(méi)想到半個(gè)月后,有當(dāng)?shù)厝嗽跇?shù)林里發(fā)現(xiàn)了一具尸體稚伍,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,655評(píng)論 1 314
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡弯予,尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,846評(píng)論 3 336
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了个曙。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片熙涤。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 39,965評(píng)論 1 348
  • 序言:一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖困檩,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出祠挫,到底是詐尸還是另有隱情,我是刑警寧澤悼沿,帶...
    沈念sama閱讀 35,684評(píng)論 5 347
  • 正文 年R本政府宣布等舔,位于F島的核電站,受9級(jí)特大地震影響糟趾,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏慌植。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 41,295評(píng)論 3 329
  • 文/蒙蒙 一义郑、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望蝶柿。 院中可真熱鬧,春花似錦非驮、人聲如沸。這莊子的主人今日做“春日...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 31,894評(píng)論 0 22
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽(yáng)填大。三九已至戒洼,卻和暖如春允华,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間寥掐,已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開(kāi)封第一講書(shū)人閱讀 33,012評(píng)論 1 269
  • 我被黑心中介騙來(lái)泰國(guó)打工磷蜀, 沒(méi)想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道東北人蠕搜。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 48,126評(píng)論 3 370
  • 正文 我出身青樓收壕,卻偏偏與公主長(zhǎng)得像妓灌,于是被迫代替她去往敵國(guó)和親。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子蜜宪,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 44,914評(píng)論 2 355