生物數(shù)據(jù)中心的年報(bào)
每到年終大家都愛(ài)做總結(jié),除了我在每日文獻(xiàn)：2018-01-08提到的比對(duì)工具年鑒更新到了2017版,各大生物數(shù)據(jù)中心也開(kāi)始紛紛做總結(jié),然后發(fā)一篇核酸研究NAR. 這三篇文章的標(biāo)題和地址如下
| 地點(diǎn) | 數(shù)據(jù)庫(kù)名 | 原文標(biāo)題 | 原文鏈接 |
|---|---|---|---|
| 美國(guó) | NCBI | Database Resources of the National Center for Biotechnology Information | https://academic.oup.com/nar/article/45/D1/D12/2605705 |
| 歐洲 | EMBL-EBI | The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5753251 |
| 中國(guó) | BIG | Database Resources of the BIG Data Center in 2018 | https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D14/4316108 |
數(shù)據(jù)庫(kù)之間每天都會(huì)交互數(shù)據(jù),保證數(shù)據(jù)同步,并且都有自己的特色.
NCBI應(yīng)該是世界上綜合性最大的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù), 并且應(yīng)該也是訪問(wèn)量最多的數(shù)據(jù)庫(kù).如同我會(huì)不自主的點(diǎn)開(kāi)百度測(cè)試一下網(wǎng)絡(luò)速度, 每當(dāng)別人給我一個(gè)生物學(xué)名詞或者一個(gè)編號(hào),我就會(huì)熟練打開(kāi)NCBI看看這個(gè)是啥.
如果NCBI訪問(wèn)速度太慢, 我會(huì)去看一下EMBL-EBI,因?yàn)楹笳叩木W(wǎng)頁(yè)設(shè)計(jì)也非常的養(yǎng)眼. 但是BIG則是我最近從某一篇標(biāo)題黨文章里面了解的, 大致意思為BIG打破了資本主義的壟斷,取代了小日本的DDBJ 躋身成為世界一流的數(shù)據(jù)中心.
當(dāng)時(shí)一看到內(nèi)容,我就特別的開(kāi)心.因?yàn)槲铱碆IG里面也會(huì)存放高通量測(cè)序結(jié)果, 而且當(dāng)我打開(kāi)他的Biosample用他們提供的案例編碼查看原始數(shù)據(jù)時(shí),我驚喜的發(fā)現(xiàn)他們直接存放Fastq,而不是SRA,簡(jiǎn)直不能太激動(dòng),感覺(jué)以后下載數(shù)據(jù)再也不用翻山過(guò)海了.我就把每日文獻(xiàn):2018-01-11里提到的擬南芥高通量測(cè)序結(jié)果的標(biāo)號(hào)SRP062811在三大數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了搜索,結(jié)果如下
看來(lái)中國(guó)科學(xué)院的北京基因組組學(xué)中心的錢(qián)不太夠,還沒(méi)錢(qián)買(mǎi)硬盤(pán)放植物的數(shù)據(jù).
