circos 主要用于展示染色體上的相關(guān)數(shù)據(jù)，根據(jù)在染色上的位置進(jìn)行不同方式的可視化。
首先我們需要一個染色體的位置文件藐鹤。在circos中致燥，染色體的位置保存在一個文件當(dāng)中登疗，通過karyotype參數(shù)進(jìn)行設(shè)置，比如
染色體的位置保存在文件karyotype.human.txt中嫌蚤，部分內(nèi)容如下：
采用\t分隔辐益，共7列內(nèi)容。前兩列內(nèi)容是規(guī)定的脱吱，都是chr\t-,表示這部分內(nèi)容是定義染色體相關(guān)信息的智政，第3列是染色體的ID, ID必須是唯一的，用于區(qū)分不同的染色體箱蝠，第四列代表染色體的名字续捂，這個名字會顯示在最終生成的圖片中；第五列和第六列分別代表起始位置和終止位置宦搬，這里的長度都是染色體的總長度牙瓢，最后一列代表的是染色體的顏色，只不過采用了chr前綴來表示顏色间校，注意不要和染色體的ID和name 搞混淆了矾克。
在circos中，內(nèi)置了許多的顏色撇簿，相關(guān)的配置保存在軟件安裝目錄的etc/colors.conf文件中聂渊，其中etc/colors.ucsc.conf文件中采用RGB標(biāo)準(zhǔn)，定義了chr的各種顏色值四瘫。
從這里也能夠看出汉嗽，上面的`karyotype.human.txt``文件中抬驴，顏色是如何通過最后一列的內(nèi)容定義的等舔。
染色體的基本參數(shù)在ideogram中進(jìn)行定義。所有的參數(shù)可以分成以下3大類別
染色體的位置
染色體的顏色
染色體的標(biāo)簽
染色體的位置
circos提供了一個圓形的整體布局狡忙，用于展示染色體的數(shù)據(jù)洗做，每條染色體可以看做圓上的一段弧弓叛。通過染色體到圓心的距離來定義染色體的位置。具體的就是通過radius參數(shù)進(jìn)行定義诚纸。
在circos中撰筷，關(guān)于這個參數(shù)的值，提供了兩種定義的方式畦徘；
絕對值定義
絕對值的是通過像素定義毕籽，對應(yīng)的后綴為p,代表pixels抬闯。比如radius ?= 1000p相對值定義
相對值對應(yīng)的后綴為r,代表relative的意思。在etc/image.generic.conf文件中关筒，定義了參照的radius
radius of inscribed circle in image
radius ? ? ? ? = 1500p
所以我們在配置文件中定義的radius ?= 0.80r溶握， 實際等于0.8 * 1500 = 1200 像素。
染色體之間的間距通過spacing 這個block 進(jìn)行定義蒸播，default參數(shù)設(shè)置所有染色體之間的默認(rèn)距離
如果你希望改變某兩條染色體之間的距離睡榆，可以通過pairwise這個block, 用法如下
通過染色體的ID 指定具體的兩條染色體，之間用;分隔袍榆，然后通過spacing參數(shù)進(jìn)行定義它們之間的距離胀屿。
需要注意的是，這里采用的相對值的定義方法蜡塌，上面例子中的 20r代表的是相對default是20倍的距離碉纳，所以使用相對值時，一定要理解相對的參照是哪一個馏艾。
染色體的顏色
通過thickness定義染色體的寬度，單位和radius類似奴愉，有r和p兩種琅摩，通常情況下我們使用p,更加方便。比如thickness = 20p锭硼。
對于染色體的顯示房资，有以下兩種方式
線段模式
這個模式是默認(rèn)模式。在該模式下檀头，染色體就當(dāng)做一條線段轰异，顏色采用karyotype中的最后一列。矩形模式
在該模式下暑始，每條染色體被當(dāng)做一個可以填充的矩形搭独，所以會有邊框和填充兩部分構(gòu)成。
stroke_thickness 和 stroke_color 定義邊框?qū)挾群皖伾染怠Ｈ绻Ｍ刑畛渖栏危枰O(shè)置fill=yes, 此時會用karyotype中的最后一列定義的顏色填充這個矩形。
染色體的標(biāo)簽
在karyotype中嗤朴，我們定義了染色體的名字配椭，也叫做label, 關(guān)于label 有對應(yīng)的一系列參數(shù)，調(diào)整它的顯示雹姊。
默認(rèn)情況下股缸，這個名字并不會顯示在圖上；可以通過show_label進(jìn)行顯示吱雏，比如show_label = yes敦姻。
label 通過文字的形式展現(xiàn)在圖上瘾境，label_font設(shè)置字體，label_radius設(shè)置位置替劈，label_size設(shè)置大小寄雀， label_parallel設(shè)置label的方向，yes代表和染色體方向平行陨献，no代表和染色體方向垂直盒犹。
一個完整的ideogram例子如下：
