1.Color ranges
-點(diǎn)想要涂色的那個(gè)分支出現(xiàn)菜單-colored ranges-creat a new range(創(chuàng)建名稱犁珠、顏色)
(新建之后后續(xù)若想使用同色可直接選用,不必重建新顏色)
顏色可涂label,clade,full
2.Branch styles
點(diǎn)分支出現(xiàn)菜單-Branches-this node或whole clade? ? ? ?功能:可改線條顏色航夺、粗細(xì)(width factor)、實(shí)虛線(line)
此處改的粗細(xì)是在整個(gè)線條粗細(xì)的基礎(chǔ)上的崔涂。剛剛標(biāo)簽的設(shè)置按鈕-basic-Branch options框里的line style可改整個(gè)線條粗細(xì)
3阳掐、Label
功能:設(shè)置單個(gè)標(biāo)簽(基因名稱的位置)字體顏色、背景顏色、字體大戌员!(字體大小是在所有字體的大小基礎(chǔ)之上的汛闸,也就是說單個(gè)可以設(shè)的比所有字體大)、加粗艺骂、斜體
可whole clade或this node
this node 只在非collapse狀態(tài)下可編輯
collapse clade:
若點(diǎn)菜單-collapse clade之后:可編輯this node 新建新的node(this node-edit node)
整個(gè)設(shè)置里的collapse clade選項(xiàng)可編輯所有collapse clade的lable的粗細(xì)大小等mamual?
annotation tools:
注意:必須在快結(jié)束才能使用這個(gè)功能诸老,因?yàn)樗粫S著樹的放大縮小移動位置
功能:可畫圈等等
點(diǎn)fill 中的右邊那個(gè)可改成empty(無填充)
4、Using annotation templates
來自生信小王子的例子(https://zhuanlan.zhihu.com/p/42438544)
批量操作
本文以修改進(jìn)化樹的顏色為例:
# 修改類型TREE_COLORS
#分隔符類型(此處為逗號分隔钳恕,也可以使用TAB或者空格分隔别伏,具體查看官方文檔)SEPARATOR COMMADATA
# 修改標(biāo)簽顏色
NODE_ID,label,COLOR,label_style(normal為普通,bold為加粗苞尝,italic為斜體畸肆,bold-italic為加粗并且斜體),label_size
# 例如,我想修改標(biāo)簽NU_1008為藍(lán)色宙址,且加粗字體轴脐,字體大小為2NU_1008,label,#0000ff,bold,
2# 為標(biāo)簽添加背景色
NODE_ID,range,COLOR
# 例如,我想為標(biāo)簽NU_1008添加淡紫色背景
NU_1008,range,rgba(200,200,255,0.8)
# 例如抡砂,我想為NU_1008至NU_1018之間的標(biāo)簽添加淡紫色背景NU_1008|NU_1018,range,rgba(200,200,255,0.8)
# 修改分支顏色
NODE_ID,branch,COLOR,branch_style(normal為實(shí)線大咱,dashed為虛線),branch_size
# 例如,我想修改標(biāo)簽為NU_1008的分支為藍(lán)色注益,且把分支設(shè)置成寬為2的虛線NU_1008,branch,#0000ff,dashed,2